Восстание семи северных провинций Нидерландов, а позже Голландии против папы римского нельзя отделять от политического восстания Нидерландов против испанского владычества. В этой борьбе Англия оказала помощь во время правления Елизаветы для того, чтобы устрашить Филиппа II, который поддерживал Римскую Церковь и предъявлял претензии на английский трон через свою умершую жену Марию Тюдор, бывшую королеву Англии. Голландцы окончательно завоевали свою свободу и признали Реформацию.
Лютеранству не удалось найти в голландцах союзников, хотя оно способствовало религиозному восстанию в Голландии. Однако то, что Лютер настаивал на главенстве короля, выступая против крестьянского восстания, не понравилось голландцам, которые собирались начать восстание против своего испанского правителя. Более демократичный кальвинизм был им ближе как способ избежать коррупции римской системы.
Следует также помнить, что это была страна Эразма Роттердамского и «Братства общинной жизни». Первый голландский Новый завет был опубликован в 1523 году, и голландцы могли сравнивать Римскую Церковь в своей стране с новозаветной церковью.
Все эти силы составили коалицию в политическо-церковном восстании против доминирования испанского короля и папы римского. Голландия была единственной землей, обратившейся к протестантизму после начала Реформации в католичестве.
К 1525 году те, кто принял Реформацию, следовали за Лютером. Анабаптисты имели большое количество последователей с 1525 примерно до 1540 года. С 1540 года Реформация в Голландии шла в русле кальвинизма. К 1560 году большинство протестантов было кальвинистами, а меньшинство анабаптистами, во главе которых стоял Менно Симонс, и небольшое меньшинство следовало за Лютером. Ни пассивное повиновение лютеранства, ни революционный дух анабаптистов не устраивали независимых голландских бюргеров, тогда как кальвинизм привлекал их тем, что настаивал на свободе от тирании. Протестантство распространялось, несмотря на инквизицию, начавшуюся к 1524 году и пытавшуюся искоренить его в этих ценных для испанцев владениях.
Когда Филипп II, искренний и благочестивый католик, взошел на испанский престол вслед за своим отцом Карлом V, отказавшимся от престола в 1555 году, он решил вернуть испанские Нидерланды папе римскому. Метания от терпимости к дикарской жестокости вызвали в Нидерландах восстание против Филиппа. Дворянство Нидерландов образовало «Компромисс Бреды» в 1565 году и представило петицию, просившую приостановить инквизицию и отменить законы против еретиков. Выступив во Фландрии в 1565 году и в Голландии в 1566 году, протестанты разрушили 400 католических церквей и надругались над гостиями (облатками), используемыми в мессе. Это святотатство заставило Филиппа принять крайние меры. Он использовал для этого герцога Альбу, которого сделал регентом Нидерландов в 1569 году. Альба образовал особый трибунал и при поддержке 10 тысяч испанских солдат начал правление террора. Между 1567 и 1573 годами он казнил примерно 2 тысячи человек. К концу века 40 тысяч человек переселились в другие страны. Жестокие налоги испанцев угрожали привести к обнищанию Нидерландов.
Во главе оппозиции испанской политике стал Вильгельм Оранский, известный как Тихий. Флаг восстания был поднят в 1568 году, но армия Вильгельма не могла совладать с обученными солдатами Альбы. Ему пришлось отойти в Германию. Из-за того, что война на суше была безнадежной, голландцы стали «нищими морей». К 1569 году они вышли в море и охотились за испанскими торговыми судами. После долгих осад Альба взял восставшие города и учинил там полное уничтожение людей. Нападение испанцев на один город было остановлено путем разрушения дамбы и затопления полей морской водой. В 1576 году Антверпен был разграблен, и 7 тысяч человек было убито испанскими солдатами, которыми руководили последователи Альбы. Это деяние, известное как «испанская жестокость», возбудило такой националистический дух, что Голландия и Зеландия, которые были явно кальвинистическими, объединились с другими провинциями в Гентский союз в 1576 году, чтобы изгнать испанцев.
Различия расы, языка, образа жизни и более всего религиозные привели к разделению между католическими фламандцами (современные бельгийцы) на юге и кальвинистическими голландцами в северных провинциях. Семь северных провинций подписали Утрехтский союз в 1579 году и в 1581 году формально отказались подчиняться испанскому королю. Основания современного государства Голландии были заложены Вильгельмом Оранским. Голландцы в конечном счете выиграли в борьбе за свободу, но в ходе этой борьбы они потеряли своего великого предводителя Вильгельма, который нашел смерть от кинжала убийцы в 1584 году. Английская помощь и победа Англии над испанской Армадой в 1588 году сделали голландцев относительно свободными от испанских попыток вновь взять власть, но конец войны и независимость Голландской республики не были формально признаны до Вестфальского договора 1648 года. Голландия стала мощной морской державой в XVII веке, создала процветающие страны на Дальнем Востоке и в Западном полушарии и в 1685 году дала Англии короля.
Голландцы не отрицали развития церковной организации и богословия во время борьбы за национальную независимость. На национальном соборе в Эмдоне в 1571 году было решено, что Церковь должна принять пресвитерианскую систему церковного управления. Консистория, классис и синод должны были стать подразделениями этой организации. Синод принял также «Бельгийское исповедание», подготовленное Гвидо де Бре (1527–1567) в 1561 году и пересмотренное Фрэнсисом Юнием, кальвинистским пастором в Антверпене. Исповедание было принято синодом в Антверпене в 1566 году и было одобрено на национальном синоде в Дорте в 1574 году. Оно и Гейдельбергский катехизис стали богословскими нормами Реформатской Церкви в Голландии. Лейденский университет, образованный в 1575 году в благодарность за освобождение города от осады, стал центром кальвинистского богословия. Голландские кальвинисты всегда были стойкими защитниками и провозвестниками христианства.
Победоносный кальвинизм, однако, нашел своего первого противника в Голландии в лице арминианства. Джеймс (Яков) Арминий (1559–1609) — его выразитель — получил образование на деньги, собранные его друзьями. Позже ему помогали гражданские власти Амстердама. Он обучался в Лейдене и в Женеве у Безы и много путешествовал по Италии. В 1603 году, через 15 лет после того, как он начал служить пастором в Амстердаме, он стал профессором богословия в Лейдене. Арминий попытался модифицировать кальвинизм, сделать так, чтобы Бог не считался первопричиной греха и чтобы человек не считался рабом в руках Бога. Это вызвало осуждение со стороны его коллеги Фрэнсиса Гомара. Арминий упросил правительство созвать национальный синод по этому вопросу, но умер, не дождавшись синода. Союзники Арминия (среди которых был, например, Гуго Гротий, автор трудов о международном праве) обобщили его взгляды в «Ремонстрации» 1610 года.
Как Арминий, так и Кальвин учили, что человек, который наследовал грех Адама, находится под гневом Божиим, но Арминий верил, что человек может встать на путь спасения после того, как Бог даровал ему начальную благодать, чтобы его воля смогла сотрудничать с Богом. Кальвин полагал, что воля человека настолько извращена падением, что спасение является полностью делом рук Божественной благодати. Арминий признавал избирательность ко спасению, но верил, что указания о спасении одних и проклятии других имеет «основание в предвидении Божием». Таким образом, избрание было обусловленным, а не безусловным. Кальвин в свою очередь признавал безусловное избрание всемогущим Богом ко благодати и осуждению. Арминий также верил, что смерть Христа являлась достаточной для всех, но что она является действенной лишь для верующих. Кальвин ограничивал примирение теми, кто избран ко спасению. Арминий учил, что люди могут сопротивляться спасительной благодати Божией, а Кальвин учил, что благодати нельзя избежать. Арминий ответил на утверждение Кальвина о сохранении святых утверждением, что Бог дал святым благодати настолько, что им не нужно было грешить, и что Писания учат о возможности человека избежать спасения. Арминий не хотел делать Бога Творцом греха, а человека автоматом. Он полагал, что эти модификации кальвинизма устранят опасность заблуждений.
С 1618 по 1619 год в Дорте состоялся синод. Это была действительно международная ассамблея кальвинистов, поскольку 28 из 130 присутствующих были кальвинистами из Англии, Бремена, Гессы, Палатината, Швейцарии и Франции. Арминиане уже до начала встречи выступили в качестве защищающихся.
Были выработаны пять кальвинистских статей — каноны Дорта, — противостоявшие «Ремонстрации» 1610 года, и клерикальные последователи Арминия были развенчаны. До 1625 года не прекращались гонения на арминиан. Арминианство оказало значительное влияние на одну из
