богословия Реформации создали атмосферу, благоприятствовавшую шотландской Реформации.

В это время человек, которому предстояло положить начало Реформации в Шотландии, готовился для исполнения своей задачи. Джон Нокс (ок. 1514–1572) был отважным, иногда даже суровым, и не боялся никого, кроме Бога. Он получил образование в университете святого Андрея и был рукоположен на священство в 1536 году. Он стал последователем Висхарта и проповедовал протестантским солдатам в гарнизоне святого Андрея, пока французы не взяли его в плен. В течение 19 месяцев он был гребцом на галерах, на каторжных работах, пока не был освобожден при обмене пленниками. Английский король Эдуард VI предложил ему епископство в Рочестере, но Нокс отказался и стал королевским капелланом. Когда Мария Тюдор взошла на английский трон, он бежал в Европу, где служил у религиозных ссыльных во Франкфурте. Большое влияние на Нокса оказал Кальвин, который стал для него «выдающимся слугой Бога».

Представители шотландского дворянства, которому не нравилось влияние Франции на Шотландию и идолопоклонство «конгрегации сатаны» (так они называли Церковь в Риме), встретились в Эдинбурге в декабре 1557 года. Эти лорды заключили союз, по которому их жизни и имения должны были использоваться, чтобы утвердить Слово Божие в Шотландии. После заключения этого союза Нокс в 1559 году вернулся в Шотландию, став там усердным провозвестником кальвинистской мысли. Когда Мария Стюарт и ее муж стали правителями Франции и французские солдаты были введены в Шотландию, шотландцы обратились к Елизавете, новой королеве Англии, за помощью. Елизавета, искусный дипломат, колебалась, стоит ли помогать народу в восстании против их правителя. Вдобавок она не любила Нокса из- за того, что в 1558 году он опубликовал трактат против шотландской женщины-регента и Марии Тюдор, озаглавленный «Первый удар трубы чудовищного правления женщин», в котором он утверждал, что иметь женщину правителем противоречит природе, Богу и Слову Божию, поскольку это значит «подрывание доброго порядка, всей справедливости и равенства». Однако из-за того, что французские войска в Шотландии представляли угрозу безопасности Англии, Елизавета оказала денежную поддержку и в 1560 году послала на помощь флот. Договор в Эдинбурге в 1560 году предусматривал, что лишь безобидные символические вооруженные силы в виде 120 французских подразделений могут находиться в Шотландии и что Франциск II, муж Марии Стюарт, не должен вступать в войну с Англией. Тем самым было покончено с французским контролем над Шотландией и лорды из конгрегации, как называлось шотландское дворянство, заинтересованные в реформе, получили свободу в осуществлении религиозной Реформации.

Шотландский парламент был созван в 1560 году и, возглавляемый Ноксом, приступил к Реформации. Он покончил с правлением папы римского над Церковью в Шотландии. Он постановил, что месса является незаконной и аннулировал все санкции против еретиков. Он принял «Шотландское исповедание веры», которое «шесть Иоаннов» — Нокс и пять других людей по имени Джон — выработали менее чем за неделю. Это исповедание было определенно кальвинистским по настроению и оставалось основным шотландским исповеданием до принятия Вестминстерского исповедания в 1647 году. Позже были составлены первая «Книга наставлений» и в 1561 году «Книга общего порядка». В шотландской Церкви были организованы пресвитериаты, синоды и национальная ассамблея с системой представительного управления Церковью пресвитерами, как в реформатских церквах Женевы. Таким образом, Реформация была бескровно завершена декретом шотландского законодательства, но Нокс и его друзья столкнулись с жестокими испытаниями, прежде чем она прочно утвердилась.

Мария Стюарт (1542–1587) после смерти мужа, короля Франции, в 1561 году переехала в Шотландию. Это была красивая и умная женщина, преданная католичка. Суровый и прямой, Джои Нокс имел с ней много бурных бесед, но он ни в коей мере не отказался от своих взглядов, несмотря на ее слезы и лесть. Внутренние проблемы привели к окончательному поражению Марии Стюарт. В 1565 году она вышла замуж за своего двоюродного брата, красивого, но тщеславного и завистливого Дарили, который убил ее итальянского секретаря в ее присутствии, которого, как ему показалось, Мария полюбила. От этого брака родился сын, который стал Яковом VI в Шотландии и Яковом I в Англии. После убийства секретаря Мария отошла от Дарили и вступила в связь с лордом Ботвеллом. Дарили был убит в своем доме в Эдинбурге. В 1567 году Мария вышла замуж за Ботвелла, который, как полагают, и убил Дарили. Это вызвало такую ярость в шотландском парламенте, что он принудил Марию отречься от престола. Она бежала в 1569 году в Англию, где обратилась за помощью к Елизавете. Елизавета заключила Марию в тюрьму на время, пока заговорщики, пытавшиеся возвести Марию на английский престол, угрожали Елизавете убийством. Затем Елизавета облегченно согласилась на казнь Марии в 1587 году.

Джон Нокс умер в 1572 году, когда средний класс уже твердо обосновался в политическом управлении Шотландии и пресвитерианская система управления и кальвинистское богословие стали общепринятыми. Навсегда было покончено с французской угрозой Англии через Шотландию, и были устранены религиозные преграды к политическому единству Шотландии и Англии, так что эти две территории были объединены под одним правителем в 1603 году, а в 1707 году стали одним королевством с одним парламентом. Косвенным образом шотландская Реформация повлияла на Америку, так как многие шотландские пресвитериане в начале XVII века эмигрировали в Северную Ирландию, а оттуда в первой половине XVIII века 2 тыс. человек эмигрировали в Америку. Таким образом, пресвитериане Америки являются линейными наследниками шотландского пресвитерианства.

В 1572 году были предприняты попытки создать епископское церковное управление в Шотландии. Сражение против прелатства (епископского управления) пришло на смену войне против папства. Эндрю Мельвилль (1545–1622), глава университета святого Андрея, повел войну за реставрацию пресвитерианской системы церковного управления. В 1581 году пресвитерии снова утвердились в качестве эксперимента. В 1592 году, несмотря на оппозицию короля Якова VI, пресвитерианство стало государственной религией Шотландии. Ранние Стюарты безуспешно пытались воссоздать епископскую систему между 1603 и 1640 годами, но в 1690 году пресвитерианство окончательно обосновалось в Шотландии.

Хотя англичане смогли объединиться с Уэльсом и в конечном счете с Шотландией, они не смогли привести коренных ирландцев к объединению, кроме как на короткие периоды. Но даже и тогда объединение навязывалось силой. Это было результатом ненависти завоеванной нации к завоевателю, а также результатом экономической зависимости Ирландии от Англии и неудачными попытками обратить Ирландию в протестантизм.

Когда ирландцы восстали против Англии во время Реформации, Парламент в 1557 году законодательным образом конфисковал земли побежденных восставших и даровал две трети из них английским поселенцам. Это было началом политики колонизации, обусловившей впоследствии разделение Ирландии, которое существует в настоящее время. Заговоры испанцев с ирландцами привели к восстанию 1598–1603 годов, которым омрачился конец правления Елизаветы. Когда Яков I взошел на английский престол, он решил колонизировать Северную Ирландию протестантами. Большинство протестантов были шотландскими пресвитерианами, и они в результате стали основной частью населения в северных графствах. Ольстер стал пресвитерианским графством, и Белфаст стал пресвитерианским городом. Эти шотландско-ирландские пресвитериане были предшественниками тех, которые живут сейчас в Северной Ирландии. Когда Англия сделала невыгодным их экономическое положение, лишив их к 1700 году экономических прав, примерно двести тысяч их эмигрировало в Северную Америку. К 1750 году они положили начало пресвитерианству в Америке, особенно вокруг Питтсбурга. Эта колонизация Ирландии шотландскими пресвитерианами была также одной из причин, по которым северная часть Ирландии сегодня объединена в союз с Англией и Шотландией под одной короной, в то время как южная часть является свободной республикой. Южная Ирландия не признала Реформации и оставалась подчиненной папе римскому.