Он также наложил на них штраф более 118 тысяч фунтов. В 1532 году он снова наложил на них штраф и вынудил духовенство на конвокации — национальном соборе Римской Церкви в Англии — принять «Подчинение духовенства», где обещалось не следовать никаким папским буллам в Англии без согласия короля. Таким образом, духовенство признало Генриха своим главой, и его брак с Катариной был объявлен недействительным в 1533 году Кранмером в его церковном суде. В тот же год Генрих вступил в брак с Анной.
Затем Генрих обратился к парламенту за помощью. Парламент запретил английскому духовенству жить за пределами страны. Другим актом была запрещена выплата аннатов папе римскому. Парламент запретил обращение из церковных судов Англии в папский суд в Риме. Самый важный шаг в отделении Церкви в Англии от папства был сделан «Актом о Превосходстве» 1534 года. Этот акт гласил, что король является «верховным главой английской Церкви». Это означало политический разрыв с Римом. Парламент в том же самом году провел Акт о престолонаследии, который передавал трон детям Генриха и Анны. Подчиненные должны были давать клятву, соблюдать статут и отвергать папскую власть. Когда отважный Томас Мор отказался это сделать, он был казнен. Теперь Генрих являлся главой Английской Церкви.
Генрих, очевидно, полагал, что его преобразования будут окончательными только при поддержке их средним классом Англии, и хотел сделать его экономически заинтересованным в этих изменениях. Он бросал жадный взор на имущество Римской Церкви и заставлял Кромвеля собирать свидетельства (некоторые из них являются подлинными) о грешной жизни монахов. В 1536 году парламент приказал закрыть все монастыри, насчитывавшие менее 200 фунтов годового дохода. В общей сложности было закрыто 376 монастырей. Их имущество отошло к короне. В 1539 году более 150 самых больших монастырей были закрыты по указу парламента. Из палаты лордов было отозвано 28 аббатов. Часть земли и богатства король присвоил себе, оставшуюся часть отдал или дешево продал «новому дворянству» среднего класса. Эти люди стали новой знатью и поддержкой короля в церковных преобразованиях, которые проводили Генрих и парламент. Генрих получал доход приблизительно в 100 тысяч фунтов ежегодно. Поскольку лишенные имущества монахи должны были как-то существовать, государство в первое время начало оказывать некоторым из них материальную помощь.
«Шесть статей», утвержденные парламентом в 1539 году, были доказательством того, что Генрих разорвал лишь церковные узы между Английской Церковью и Римом. Эти статьи подтвердили истинность пресуществления, причащение лишь одним элементом, безбрачие и тайну исповедания. В богословии Церковь Англии осталась на позициях Рима. Генрих сделал уступки реформе в 1536 году, издав «Десять статей», утвердив английский перевод Библии. Вследствие этого была выпущена «Великая Библия» в 1539 году как пересмотренный перевод Тиндейла и Кавардейла. Кранмер написал к ней предисловие. Она также известна как «прикованная Библия», поскольку ее приковывали цепями к столу во многих церквах. Когда пришла опасность иноземного нашествия, Генрих снова привел в силу реакционные «Шесть статей» 1539 года.
В это самое время Генриху уже наскучила Анна Болейн, особенно из-за того, что их ребенком была девочка, которой дали имя Елизавета. В 1536 году Анну призвали в суд и ей отрубили голову по обвинению в супружеской измене, после чего Генрих вступил в брак с Джейн Симор, которая родила ему желанного сына, прежде чем умерла. Позже Генрих женился на Анне Клевской, с которой он развелся, затем на Катерине Ховард, которую он казнил, и в конце концов на Катерине Парр, которой единственной удалось пережить его.
Генрих освободил Церковь от папства и поставил ее под королевскую власть как национальную Церковь. В завещании он указал, что после смерти трон должен занять его сын Эдвард. За Эдвардом должна следовать Мария, дочь Катерины Арагонской, а за Марией следует Елизавета, дочь Анны Болейн. Когда Генрих умер, английская Церковь была национальной Церковью, главой которой был король, но по вероучению она была католической. Библия, однако, была доступна народу на его родном языке. Сыну Генриха Эдварду предстояло осуществить протестантскую фазу Реформации, начатой Генрихом как церковное движение с 1527 по 1547 год.
Поскольку Эдварду VI было лишь девять лет, когда он вступил на трон, брат его матери герцог Самерсет был назначен регентом. Затем через два с половиной года его сменил герцог Нортумберлендский. Самерсет питал симпатии к протестантам и помогал молодому королю проводить изменения, которые сделали бы Реформацию в Англии религиозной и богословской. В 1547 году парламент даровал мирянам чашу во время причащения, отменил законы о заговоре и ересях и «Шесть статей», легализовал вступление в брак священников в 1549 году и в 1547 году приказал упразднить индивидуальные часовни, где совершалась месса для людей, за счет которых эти часовни существовали.
Позитивные преобразования осуществлял и Самерсет. Церковные службы должны были вестись на родном языке, а не на латыни. «Акт о Единообразии» в 1549 году учредил использование «Книги общих молитв», и это было заслугой Кранмера. Книга делала упор на использовании английского языка во время службы, на чтении Библии и не участии конгрегации в поклонении. Второе и более протестантское издание, вышедшее в 1552 году, отражало кальвинистское влияние Бусера. Церквам было приказано использовать ее по второму «Акту о Единообразии». Эта книга молитв с небольшими модификациями, принятыми в правление Елизаветы, используется в англиканской церкви с того времени. Кранмер также участвовал в создании символа веры, используя советы различных богословов, таких, как Джон Нокс. Получившиеся в результате «Сорок две статьи» стали в 1553 году с королевского согласия символом веры Англиканской Церкви. Статьи были кальвинистическими по направленности, особенно в отношении к предопределению и во взглядах на причастие. После утверждения этого акта Эдвард VI умер.
Мария, правившая с 1553 по 1558 год, была дочерью Генриха VIII от Катерины Арагонской. Ее правление совпало с развитием контрреформации в Римской Церкви на континенте и может рассматриваться как английская параллель этому движению. Под влиянием кардинала Реджинальда Мария, убежденная католичка, вынудила парламент восстановить религиозную практику в Англии, которая существовала там до смерти ее отца в 1547 году, и отменить изменения, сделанные при Эдварде. Парламент согласился с необходимыми мерами, но не захотел вернуть земли, которые были взяты у Римской Церкви в правление Генриха VIII. Мария вышла замуж за Филиппа II Испанского в 1554 году, но этот брак не получил поддержки у английского народа, и Филипп не отвечал взаимностью на любовь Марии.
Примерно 800 служителей английского духовенства отказались признать эти изменения и оставили свои приходы. Они были вынуждены бежать в Женеву и во Франкфурт, если не хотели пасть от гонений, которые начала Мария. Приблизительно 300 человек, в основном из торговых районов юго-восточной Англии, были замучены за свою веру. Главными и наиболее известными среди них были Лейтимер и Кранмер. Лейтимер пытался ободрить Ридли перед казнью словами о том, что костер зажжет свечу в Англии, которая по благодати Божией никогда не будет потушена. Кранмер поначалу отрекся от своих взглядов, но позже изменил свое мнение: когда его сжигали, он сделал рукой жест, который означал отказ от отречения; с этим жестом он и был сожжен. Ничто так не усилило протестантизм, как смерть этих храбрых мучеников. Их искренняя убежденность и отвага убеждали англичан в истинности их взглядов. Сочинение Фокса «Книга мучеников» (1563) описывало эти гонения во всех кровавых деталях и будило симпатии к протестантизму. Величайшими ошибками Марии были испанское замужество, реставрация власти папы римского и это гонение. Англичане никогда не склонялись к крайностям, и они выражали протест против крайностей Марии, точно так же как некоторые из них возражали против крайних протестантских реформ Эдварда VI. С приходом к престолу Елизаветы уже наметился путь к компромиссу.
Взойдя на престол в возрасте 25 лет, Елизавета столкнулась со многими проблемами. Мария Стюарт предъявила свои законные претензии на престол. Испания была готова начать вторжение, поддерживая претензии Филиппа на английский престол как мужа прежней королевы Марии Тюдор, а Англию раздирали противоречия между протестантизмом и католичеством. Елизавета вряд ли могла отречься от протестантизма, потому что римское духовенство не признало бы законность брака ее родителей, но она не хотела рисковать и идти на открытый конфликт с силами, поддерживавшими папу римского. По этой причине она благоприятствовала курсу, который был приемлем большинству народа Англии, — умеренное разрешение религиозных проблем и отсутствие крайних отклонений в любую сторону.