При Елизавете в 1559 году парламент принял «Акт о Превосходстве», по которому королева делалась «единственным верховным правителем» в духовных и церковных, а не только в светских делах. Этот титул был менее оскорбительным, чем титул «верховного главы Церкви», на котором настаивал Генрих VIII: хотя первый титул давал королеве административную власть, он предполагал, что дела веры и моральных нравов должны разрешаться самой Английской Церковью.

«Акт о Единообразии» 1552 года разрешал использовать «Книгу молитв», внеся в нее лишь небольшие модификации. Непосещение церкви должно было наказываться штрафом в 1 шиллинг. Были пересмотрены «Сорок две статьи» и в них опущены статьи об осуждении антиномии, анабаптистов и милленариев. Также были пересмотрены другие статьи. Оставшиеся в результате «Тридцать девять статей» были утверждены парламентом в 1563 году как символ веры Англиканской Церкви. От всех пасторов требовалось подписаться под этим символом веры, который, с небольшими модификациями 1571 года, является символом веры Англиканской Церкви с того времени.

Эти шаги, хотя и несколько умеренные, вызвали глубокую враждебность папы римского. К 1570 году папа Пий V издал буллу, отлучившую Елизавету и освободившую ее подчиненных от необходимости подчиняться ей. Елизавета отомстила за это казнью 125 иезуитов, которые хотели вернуть Англию папству (в 1568 году Вильямом Алленом была образована семинария в Дуаи, во Фландрии, где люди могли получать у иезуитов образование, с тем чтобы потом тайно служить папе римскому в Англии). Тогда папа заручился поддержкой испанского короля Филиппа, желая вернуть Англию Римской Церкви. Филиппу было лишь приятно вступить в такой союз, поскольку он был послушным сыном Римской Церкви и знал, что Елизавета тайно помогает голландским подданным в восстаниях против него. В 1588 году он собрал большой флот, известный под названием испанская Армада, и отплыл в Англию. Его флот потерпел позорное поражение от английского флота, состоявшего из более мелких и более маневренных судов, которыми командовали хорошо обученные моряки. Эта победа утвердила Англию как чемпиона протестантизма в Европе и лишила папу последней надежды на возвращение Англии Римской Церкви.

Реформация принесла английскому народу Библию на родном языке. Англия встала во главе протестантизма в Европе и помогала голландским и французским кальвинистам в борьбе против их католических правителей. Была образована государственная Церковь. Углубилась враждебность ирландцев к Англии из-за того, что Ирландия оставалась в подчинении папства. Ирландское восстание в конце правления Елизаветы до предела истощило ее финансы. Распродажа и раздаривание среднему классу земель, взятых у Римской Церкви, привели к появлению нового тюдорианского дворянства. Аббаты, потерявшие свои монастыри, больше не участвовали в деятельности палаты лордов. Потребность в работниках, которые заботились бы о благополучии церковных дел, привела к расширению участия государства в этой области. Действия Елизаветы повернули Англию на путь величия будущей империи, но впереди было много сложностей. Поражение Испании и папы римского дало возможность английской короне уделить больше внимания проблеме пуританизма. С 1567 по 1660 год пуритане были главной силой в английских внутренних делах. Они пытались преобразовать, а не уничтожить Англиканскую Церковь.

Победив папство, королева не добилась спокойной жизни. Набирало силу движение пуритан, которые угрожали переделать епископальную государственную Церковь в пресвитерианскую или конгрегационалистскую. Пуритане утверждали, что в Англиканской Церкви все еще остается слишком много «отбросов папства», и хотели «очистить» ее в соответствии с Библией, которую они признавали непогрешимым правилом веры и жизни. Это желание привело к тому, что после 1560 года их стали называть пуританами (лат. purus — «чистый»). Вплоть до 1570 года их главные усилия были направлены против продолжавшегося использования в литургии Церкви обрядов и одеяний, которые казались им папистскими. Они возражали против святых дней, духовного отпущения грехов, против креста, обычая при крещении иметь крестных, опускаться на колени во время причащения и использовать стихарь служителями. Они также отрицали плохое соблюдение воскресения англиканами. Они шли в русле толкований Кальвина, сделанных Вильямом Эймсом (1576–1633) и Вильямом Перкинсом. Кембридж стал университетским центром, где пуритане приобрели самое большое влияние.

Пуританизм продолжал расти и получил поддержку многих адвокатов, купцов и сельского дворянства. После того как исчезла угроза со стороны папы, Елизавета в 1593 году приняла акт против пуритан. Этот акт давал властям право заключать в тюрьму пуритан за непосещение Англиканской Церкви. Следует помнить, что пуритане были не сектантами, а партией в Англиканской Церкви, которая в случае с Картрайтом и его последователями стремилась создать пресвитерианскую государственную Церковь, а Джекоб и его последователи стремились к конгрегационалистской государственной Церкви. Последняя группа сформировала группу пуритан известную как индепенденты (независимые). Индепендентов следует отличать от сепаратистов, которые хотели разделения церкви и государства и конгрегационного управления Церковью. Обе группы продолжали расти, несмотря на оппозицию короны, и вели здоровую критику Английской Церкви. Ими осуждались излишества в одеяниях, отсутствие усердия в соблюдении воскресения и отсутствие осознания греха. Корни английских конформистских сект и конгрегационализма Новой Англии уходят в пуританское движение.

За несколько лет до смерти Ричард Хукер (ок. 1554–1600), пытаясь противостоять угрозе пуритан государственной Церкви, сочинил «Трактат о законах церковной политики», работу, по сути, философскую, где утверждал, что закон, данный Богом и обнаруживаемый рассудком, является верховным. Подчинение правителю, который правит по согласию народа и в соответствии с законом, является необходимым, ибо правитель является главой как государства, так и Церкви. Граждане государства также являются членами государственной церкви и в обеих сферах подчинен Божественному закону. Епископы, подчиненные королю, должны осуществлять надзор над государственной Церковью. Хукер выражал несогласие как с тенденцией пуритан отделить Церковь от государства, так и с папскими претензиями на власть над государством. Не стоит удивляться, что пуританские богословы осуждали его взгляды, поскольку полагали, что люди, находящиеся под Богом, являются источником суверенности в Церкви.

Благодаря Томасу Картрайту (1535–1603), профессору богословия Кембриджского университета, примерно в 1570 году пуританские усилия переместились с реформы литургии на реформу в богословии и церковном управлении. Утверждение Картрайтом конечного авторитета Писаний привело его последователей к признанию кальвинистического богословия, что сделало «Тридцать девять статей» еще более кальвинистическими. В своих лекциях по книге Деяний в 1570 году Картрайт осуждал управление епископами. Управление Церковью должно находиться под контролем пресвитериата из епископов или пресвитеров, которые исполняли одни только духовные функции. Эта система является, по сути, своей кальвинистической системой церковного управления пресвитерами, которые избираются конгрегацией. Позже Картрайт перевел сочинение Вальтера Траверса «Церковные наставления», который выступал за образование пресвитериата в каждом диоцезе церкви. Картрайт заложил основы английского пресвитерианства, которое было довольно влиятельным с 1643 по 1648 год. Пресвитерианство современной Англии обязано своим существованием его работе. Первая Пресвитерианская Церковь образовалась в Вондсворте в 1572 году.

Часть пуритан, которые не последовали пресвитерианскому образцу Картрайта, приняли взгляды Джекоба (1563–1624). Джекоба можно считать основателем индепендентов, или пуританских конгрегационалистов. Индепенденты были не так склонны к сепаратизму, как последователи Роберта Брауна, который делал упор на церковный завет как звено, связывающее вместе христиан. Джекоб был одним из тех, кто подписал «Тысячелетнюю петицию» Якову I в 1603 году, которая просила отказаться от епископата в Англии. Его бросили в тюрьму за убеждение, что каждая конгрегация должна быть свободна в государственной церкви выбирать своего собственного пастора, определять свою политику и управлять