Значительное сокращение военного бюджета страны привело к тому, что в 1991 году 725-я эскадрилья была расформирована. Оставшиеся 'Дрокены' использовались до начала 1994 года, пока не были полностью заменены самолетами F-16.
В процессе эксплуатации самолеты неоднократно модернизировались. В первой половине 70-х антенны обнаружения обручения РЛС были установлены на законцовках крыла и киля. Автомат отстрела ложных целей был установлен в хвостовой части фюзеляжа за воздухозаборником охлаждения форсажной камеры.
Самая амбициозная программа модернизации 'Дракенов', получившая обозначение WDNS (Weapone Delivery and Navigation System) была осуществлена датскими ВВС в середине 80-х. Модернизированные самолеты, получившие новый прицельно-навигационный комплекс, можно безошибочно опознать по измененной носовой части, внешне очень похожей на RF-35.
После окончания службы в ВВС шесть самолетов (четыре TF-35 и два RF-35) были проданы в США, где они до сих пор используются в Центре подготовке пилотов (National Test Pilot School) в Калифорнии, для тренировки летчиков и на фирме 'Flight Reasearch Inc' для проведения испытаний авиационных систем и вооружений.
Возможность приобретения истребителя для замены безнадежно устаревшего Saab J 29F рассматривалась военным руководством страны с 1966 года. Наряду с J 35D изучались предложения американских фирм 'Дугллас' (A-4F 'Skyhawk'), 'Нортроп' (F- 5А) и французской 'Дассо' ('Mirage' IIIC). В июле 1967 года было объявлено о намерении приобретения 24 Saab J 35 и 12 самолетов Saab 105
для формирования двух истребительных и одной учебной эскадрилий. Этим планам не суждено было осуществиться и вместо истребителей австрийские ВВС получили 40 учебных Saab 1050 (О означает Osterreich — древнее название Австрии).
Социал-демократическая партия (Social Democratic Party of Austria), пришедшая к власти и сформировавшая правительственный кабинет в 1970 году, исходя из своих политических соображений, отложила рассмотрение вопроса о приобретения истребителя для ПВО страны на несколько лет. Военные (Austrian Federal Army) в 1974 году выступали с предложениями о закупке истребителей второго поколения типа 'Mirage' 50, 'Mirage' F. 1C или израильского 'Kfir' С2. В 1975-76 годах в качестве возможного варианта предлагался истребитель F-16A. Но в итоге, в 1984 году, было принято решение о приобретении недорого истребителя второго поколения (как временной меры) с последующей заменой его в середине 90-х годов истребителем четвертого поколения. Контракт на поставку 24 Saab J 35D был подписан 21 мая 1985 года. Определяющими факторами, повлиявшими на выбор 'Дракена', были давние добрососедские отношения двух стран и традиционный политический нейтралитет Швеции.
Австро-шведское соглашение включало поставку самолетов, запасных частей, флайт-симулятора, наземного оборудования и подготовку австрийских пилотов на базе шведских ВВС. Совместная комиссия отобрала 24 строевых самолета J 35D, которые для поставки в Австрию были переделаны на заводе Saab в Линчепинге, В период с 25 июня 1987 года по 18 мая 1989 года самолеты поступили на вооружение двух эскадрилий австрийских ВВС. Таким образом австрийские ВВС стали последними эксплуатантами 'Дракенов'. Модернизированные истребители получили новые серийные номера (351401 -351424) и обозначение J 350Е. Самое заметное внешнее отличие — установка каплевидного фонаря кабины, аналогичного используемому на варианте J 35F. Кроме этого на самолетах было модернизировано электронное оборудование и гарантирован дополнительный ресурс планера не менее 1000 летных часов.
Подготовка австрийских летчиков началась в ноябре 1986 года в Швеции, При этом необходимо отметить, что пилоты встретили сообщение о предстоящих полетах на 'Дракене' без особого энтузиазма. Их можно было понять: на вооружение страны принимался истребитель 'сэконд хэнд', за которым тянулся шлейф слухов о тенденции к сваливанию в штопор, унесшей жизни нескольких пилотов. Не способствовала повышению настроения и гибель австрийского пилота, совершившего ошибку при выполнении тренировочного полета в ноябре 1986 года. Летчики чувствовали себя обманутыми, и те, кому позволял стаж, уходили в отставку, предпочитая службе в ВВС работу на гражданских авиалиниях. В результате в январе 1990 года на двадцать четыре самолета приходилось только девять подготовленных пилотов. Необходимо отдать должное командованию ВВС — оно сумело преодолеть этот кризис. Используя шведский опыт подготовки личного состава, прекрасное техническое обслуживание и материальное стимулирование, удалось обеспечить эффективную и безаварийную эксплуатацию самолетов в течение восемнадцати лет.
Командир одной из эскадрилий Доро Коватч так отзывался о летных характеристиках Дракена: 'Самолет очень хорошо реагирует на малейшее движение ручки управления. На низких скоростях устойчив и прекрасно управляем, но специфика дельтовидного крыла, работающего при посадке на непривычно больших углах атаки, требует от пилота определенных навыков. Дельтовидное крыло малого удлинения, с одной стороны делает самолет малочувствительным к турбулентности, с другой стороны, нужно быть предельно внимательным к предупреждению о выходе на большие углы атаки и возможном сваливании. В этом режиме самолет становится аэродинамически нестабильным и навыки, полученные при полетах на двухместных самолетах, становятся жизненно необходимыми'.
Первоначально австрийские 'Дракены' имели только пушечное вооружение, т. к. после окончания Второй мировой войны Австрия, как бывший союзник Германии, попадала под запрет принятия на вооружение управляемых ракет. Всем было понятно, что данное соглашение не должно распространяться на ракеты класса 'воздух-воздух', но на момент подписания документа такого класса ракет не было, и формально запрет распространялся на все виды управляемых ракет. Ситуация изменилась после того, как в 1991 году во время Балканского конфликта югославские самолеты несколько раз вторгались в воздушное пространство Австрии. 21 июня 1991 года 'заблудившийся' МиГ-21 на малой высоте пролетел прямо над авиабазой Гратц. Такого оскорбления военные вынести не смогли, самолеты подняли в воздух для патрулирования границы и перехвата нарушителей, а в январе 1993 года был подписан контракт на поставку партии ракет AIM-9P3 и Р5. Модернизированные самолеты, получившие обозначение Saab J 350Е Mk.ll, кроме ракетного вооружения получили приемники предупреждения о радиолокационном облучении и кассеты отстрела ложных целей, поставленные финской фирмой 'Valmet'.
Планировалось снятие J 350Е с вооружения в 1996 году, но рассмотрение вопроса выбора преемника затянулось. К 2002 году в летном состоянии еще находилось девять самолетов. Продление летного ресурса австрийских 'Дракенов' до 2008 года, предложенное Saab, было отклонено по экономическим соображениям. Также не получило одобрения предложение о лизинге нескольких JAS 39 'Gripen'. В связи с задержкой поставки истребителей Еврофайтер 'Typhoon', было подписано соглашение о лизинге 12 F-5E 'Tiger' до 2008 года. Официальная церемония окончания эксплуатации J 350Е, прошедшая 25 ноября 2005 года, ознаменовала конец 45-летней службы 'Дракена' в ВВС Швеции, Дании, Финляндии и Австрии.
Подполковник Доро Коватч, осуществивший первый полет на австрийском 'Дракене' в 1987 году, 22 декабря 2005 поднял J 350Е (серийный номер 351408)у в последний полет, после которого самолет занял свое почетное место в музее.
