Помимо трудностей, связанных с внедрением конструктивных улучшений, завод №1 испытывал проблемы со своевременным обеспечением производства готовыми агрегатами, таких, как двигатели РД-20, маслорадиаторы, пушки Н-37 и НС-23К, радиополукомпасы РПКО-10 и ряд других. Так, отсутствие у поставщика пушек Н-37 и НС-23К привело к тому, что заводу приходилось сдавать ВВС машины без пушек. И только после получения последних в строевые части отправлялись заводские бригады для их установки на самолеты. Только с июля 1947 г. все МиГ-9 стали выпускать с пушками НС- 23К, а с сентября – и с Н-37. Всего в частях ВВС силами завода №1 было оснащено пушками Н-37 и НС-23К соответственно 47 и 37 ранее построенных самолетов. Кроме того, выпущенные к 1 мая 49 истребителей были переданы ВВС и ОКБ-155 с макетным вооружением, а так как они были оборудованы под пушку Н-57, то пушку Н-37 на них не устанавливали.

В 1948 г. ситуация с выпуском МиГ-9 также оставалась напряженной, так как продолжали сказываться и скоротечный запуск машины в серию, и отсутствие достаточного опыта как в производстве, так, особенно, и в эксплуатации. В начале года представители ВВС из-за множества недостатков вновь прекратили приемку машины. Основными причинами этого решения были ограничение при стрельбе из всех пушек на высотах более 10000 м, отсутствие на самолете катапультного кресла, бронестекла и прицела АСП- 1Н. К моменту выхода 15 марта 1948 г. Постановления Правительства №790-255 о приемке самолетов ВВС, все облетанные и поступившие на аэродром истребители МиГ-9, в количестве 70 машин, были возвращены в цех окончательной сборки, где их подвергли доработке, после чего они вновь прошли весь цикл отработки.

Главными мероприятиями по доводке матчасти, предписанные вышеупомянутым Постановлением, были: установка газоотводных труб-глушителей на пушки Н-23, доработка системы торможения, а также установка двигателей с увеличенным ресурсом (75 часов). В части установки бронестекол стоит отметить, что уже с 1 сентября 1947 г. все машины выпускались с фонарями, позволявшими их установку. Однако Министерство химической промышленности не обеспечило своевременную поставку бронестекол. Лишь в январе 1948 г. изготовленные первые 10 комплектов были получены заводом №1 для примерки. В это же время еще 10 комплектов поступили в ГК НИИ ВВС на испытания. Установка прицела АСП-1Н была запланирована с марта 1948 г.

Повторный облет и оформление самолетов по боевой готовности после переделок начали в марте. Правда, при облете машин, с доведением скорости до максимально допустимой, завод №1 также встретился с рядом новых трудностей. Устранение и изучение всех вопросов, возникших при отработке самолетов, вызвало их неравномерный выпуск и не позволяло организовать ритмичную работу производственных цехов завода. Так, например, следует отметить работу завода над тягой и оборотами двигателя. Зависимость этих параметров от температуры наружного воздуха изучалась одновременно с работой по выпуску самолетов. Это явлений вызвало проведение большого количества повторных полетов, созыва специальных комиссий для выработки температурных поправок на больших скоростях.

Кроме конструктивных улучшений внедряемых в серийном производстве коллектив завода №1 также обеспечивал доработку уже выпущенных самолетов. В течение года в строевых частях ВВС на истребителях МиГ-9 были проведены следующие мероприятия: установлены глушители на пушки НС- 23 и крепление для бронестекла, прицел ПКИ-1 заменен на АСП-1Н, доработаны шасси и пневмосистема, замены деревянные обтекатели на хвостовом оперении, усилена верхняя обшивка крыла в районе нервюр №10-11 и нижняя в зоне нервюр №6-8 и ряд других весьма крупных работ. Также в частях ВВС было перекрашено 211 самолетов, в связи с тем, что ранее применявшаяся краска оказалась непригодной для истребителей с высокими скоростями полета.

Тем не менее, несмотря на предпринимаемые МАП меры к улучшению качества истребителя МиГ-9, из ВВС продолжали поступать жалобы и упреки. Последствия не заставили себя долго ждать, и на рубеже 1947-1948 гг. у авиастроителей стали назревать серьезные проблемы, основой которых стал доклад Министра государственного контроля Л.З.Мехлиса о поставке авиационной промышленностью недоброкачественных реактивных самолетов МиГ-9. При этом совершенно не учитывалось, как и в каких условиях проходило освоение его в серийном производстве. Стоит отметить, что Министр авиационной промышленности М.В.Хруничев попал в ту же ситуацию, в которой оказался директор завода №381 В.И.Журавлев, когда в 1946 г. его обвинили в выпуске опытной партии истребителей И-250 с комбинированной силовой установкой низкого качества. А ведь И-250 запускался в опытную серию в еще худших, по сравнению с МиГ-9, условиях. Но тогда Хруничев не поддержал Журавлева, а теперь и сам оказался в подобном положении.

В связи с возникшей ситуацией в феврале 1948 г. Министром авиационной промышленности был направлен обстоятельный доклад на имя В.М.Молотова, Н.А.Булганина и М.З.Сабурова, в котором были указаны все аспекты и условия, связанные с запуском самолета МиГ-9 в серию, а также освещены мероприятия, направленные на улучшение конструкции самолета. В докладе было отмечено, что по совместному решению МАП и ВВС, впоследствии утвержденному Правительством, запуск в производство реактивных двигателей и самолетов был произведен до окончания государственных испытаний с целью скорейшего освоения в серии, так как предполагалось, что доводка самолета и двигателя будет осуществляться в ходе серийного выпуска на основе опыта их эксплуатации.

Также отмечалось, что конструктивные и производственные недостатки, указанные в докладе Мехлиса, относятся в большей части к самолетам первых серий, выпущенных в экстренном порядке для обеспечения воздушных парадов 7 ноября 1946 г. и 1 мая 1947 г. Причем недостатки были выявлены в процессе эксплуатации и устранялись, как только завод получал об этом информацию. Таким образом, Министерство госконтроля, обобщив конструктивные недостатки первых серий, совершенно оставило без внимания мероприятия, проводимые МАП по устранению дефектов на последующих сериях самолетов и двигателей. В свою очередь высокие скорости истребителя МиГ-9 потребовали разрешения ряда сложных