В начале 1992 г. завершилось переоборудование самолета с бортовым № 5240 под требования Таиланда. Основным отличием L-39ZA/ART стало прицельно-навигационное оборудование израильской фирмы ELBIT Кроме того, машина получила возможность нести под крылом устройства для буксировки воздушной мишени Dart, которая напоминала сильно увеличенный дротик для одноименной игры. Буксировочное устройство подвешивалось на внешний пилон левой консоли, а под правой находился барабан с 700 м стального троса С 25 февраля по 1 марта 1992 г. самолет демонстрировался в Сингапуре на авиакосмической выставке Asian Aeiospase. Контракт на сумму 200 млн USD. предусматривавший поставку 40 самолетов, стороны подписали в 1993 г., а уже в следующем году он был выполнен.
В 1994 и 1995 гг. на таиландской авиабазе Угапао прошли испытания L-39ZA ART с мишенью, в которых участвовали чешские, израильские и местные специалисты В июле-августе 1994 г. проводились рулежки и пробежки, а 1 сентября состоялись три полета. В первом выполнялся выпуск мишени с последующим отсеканием троса, в двух других отрабатывалась посадка с ней 12 и 14 июня следующего года прошли полеты со сбрасыванием мишени над морем. Результаты испытаний полностью удовлетворили заказчика.
В общей сложности -Аэро-Водоходы- построили 265 самолетов L-39ZA. включая экспортные варианты.
Появление боевых самолетов четвертого поколения требовало новых подходов к обучению летчиков и существенного расширения возможностей учебно-тренировочных самолетов. Влчек это прекрасно понимал и. не дожидаясь официального заказа от основного заказчика, решил приступить к радикальной модернизации -Альбатроса-. Изюминкой проекта стал электронный борт, включавший прицельно- навигационную систему PES местной разработки В ее состав входила цифровая ЭВМ. с которой сопрягался ряд приборов и устройств, включая индикатор на лобовом стекле (ИЛС) Летчик-инструктор получил возможность при помощи бортового компьютера задавать на индикаторе курсанта различные вводные. Кроме того, система могла действовать как наземный тренажер и позволяла отрабатывать даже элементы воздушного боя, что сулило немалые экономические выгоды. PES дополняли другие новые элементы БРЭО радиокомпас фирмы Tesla. радиостанция фирмы Mesil, а также бортовой регистратор параметров PARES, созданный НИАИ. который фиксировал 150 разных показателей: от скорости полета до физического состояния экипажа.
Для самолета разработали бустерную систему управления, а также новое шасси Планер Альбатроса- претерпел меньшие изменения. Наиболее существенные коснулись кабины Для улучшения обзора увеличили превышение места инструктора над обучаемым, а вместо двух крышек фонаря теперь применили одну сплошную. Открываться она стала назад-вверх, что упрощало ее аварийный сброс в воздухе за счет воздействия набегающего потока. Повышению безопасности летчиков при аварийном покидании машины способствовали и новые катапультные кресла VS-2. разработанные в -Аэро-Водоходах-. Они позволяли спасти экипаж в нештатной ситуации при нулевых значениях скорости и высоты полета, в диапазоне перегрузок от -2д до 14д. Были усилены некоторые элементы конструкции планера, что позволило увеличить назначенный ресурс до 4500 ч с перспективой его дальнейшего продления до 6000 ч. Обьем крыльевых баков увеличили почти в 2.5 раза (до 230 л каждый) Крыло оснастили модернизированными закрылками, отклонявшимися в посадочном положении на 55 От L-39ZA самолет унаследовал пушку ГШ-2-23 и четыре пилона, на которых теперь можно было подвесить до 1500 кг боевой нагрузки
Все это неизбежно привело к увеличению взлетной массы, что требовало установки более мощного двигателя Таковым стал ДВ-2 (DV-2) с тягой до 2150 кгс. разработанный в ЗМКБ -Прогресс- под руководством В.А. Лотарева. Лицензия на его серийный выпуск была предоставлена предприятию ZVL (г. Поважска Быстрина) Доводку двигателя партнеры вели в тесной кооперации: из почти 10000 доработок 3000 выполнила чехословацкая сторона. Первые 16 экземпляров ДВ-2 были выпущены в Запорожье, но половину узлов к ним изготовили в ЧССР.
Новый самолет получил обозначение L-39MS. Его первый прототип Х-21 (борт ОК-002) взлетел в 1983 г. и был еще оснащен двигателем АИ-25Т/1 Он оказался последней машиной, созданной при жизни Яна Влчека. 2 января 1984 г. конструктор, с именем которого был связан большой этап в истории всего чехословацкого самолетостроения, скончался. Дальнейшее совершенствование -Альбатроса- проходило под руководством главного конструктора Властимила Гавелки Ведущих конструкторов по самолету стало несколько, в том числе Алоиз Бенетка и Эмилиан Постл.
30 сентября 1986 г. поднялся в воздух прототип Х-22 (ОК-184). на котором уже стоял DV-2 В 1987 г. в полет отправились еще две опытные машины: 26 июня Х-24 (ОК-182) и 6 октября Х-25 (ОК-186). Для проведения прочностных испытаний был построен Х-23. Испытания самолетов проходили успешно, и в 1989 г. начался выпуск установочной партии из трех экземпляров (серийные №№ 001. 0101 и 0102). 1 октября первый серийный L-39MS уже поднялся в воздух. Однако будущее самолета становилось все более туманным. Главный заказчик не проявлял особого интереса к машине. ВВС СССР располагали огромным парком L-39C. которые пока удовлетворяли училища. Кроме того, ОВД трещала по всем швам, и в Советском Союзе крепло мнение, что пора отказаться от услуг -оборонки- неверных союзников. Вскоре московские ОКБ приступили к разработке собственных УТС нового поколения.
Затем политическая ситуация и вовсе изменилась коренным образом. Рухнула ОВД, а за ней перестал существовать СССР. Главный заказчик -Альбатроса- исчез, что вообще поставило под вопрос производство реактивных УТС в Чехословакии, Тем не менее, водоходовцы не опустили рук и предприняли воистину титанические усилия для продолжения совершенствования L-39 и поиска новых рынков его сбыта. Поначалу помощь оказало правительство страны, закупившее в 1991-92 гг. пять L-39MS: все летные прототипы и предсерийную -единичку-. Две машины остались в распоряжении -Водоходов-. Там их стали использовать в качестве летающих лабораторий. Так. одна из машин в настоящее время участвует в программе испытаний новой модификации катапультного кресла VS-2.
На внешнем рынке самолет стали рекламировать под обозначением L-59 (интересно, что этот индекс носил нереализованный проект легкого штурмовика, разработанный Влчеком в начале 1960-х гг.). Активный маркетинг вскоре принес первые результаты: новинкой заинтересовался старый клиент чехословацкой - оборонки- Египет. Каир подписал с -Аэро-Водоходами- контракт на закупку 48 самолетов, получивших обозначение L-59E. По требованию заказчика эту версию -Альбатроса- оснастили БРЭО западного производства, а подкрыльевые пилоны приспособили для подвески как западных. так и советских образцов вооружения Прототипом стал переоборудованный самолет 0101, который облет али после доработок 22 апреля 1992 г. Поставки начались 29 января 1993 г. и завершились в начале 1994 г. К тому времени Чехо- Словакия уже распалась, и при разделе имущества два L-39MS достались Братиславе.
