Из-за отсутствия реального противника формирование флотилии велось вяло. До закрытия навигации 1918 года моряки флотилии приняли от водного транспорта семь пароходов, из которых три были вооружены артиллерией, а остальные — пулеметами.

Тем временем «нельсоны» из Морского штаба на Северном участке задумали перевести суда Онежской флотилии по системе каналов из Онеги в Котлас для усиления Северодвинской флотилии, а на Онегу перевести Ильменскую флотилию. В результате Онежская флотилия вышла 22 октября 1918 г. из Петрозаводска в Вытегру, но после получения ряда поломок и из-за боязни раннего ледостава была возвращена обратно в Петрозаводск.

Что же касается судов Ильменской флотилии, состоявшей из буксирных пароходов канальной системы, то командование Онежской флотилии резонно заявило, что они не в состоянии действовать на озере.

Зимой 1918/19 г. в Петрозаводске продолжалось вооружение и ремонт судов, а также набор личного состава. 1 февраля 1919 г. Онежская флотилия перешла из подчинения сухопутному командованию к Морскому ведомству.

В кампанию 1919 г. в состав флотилии входили дивизион канонерских лодок, дивизион заградителей и два дивизиона сторожевых судов, а также отряд транспортных судов.

В дивизион канонерских лодок входили канонерки:

№ 1 «Приемщик» — бывший колесный пароход, построенный в Голландии в 1910 г. Водоизмещение его составляло 196 т. Длина 30,1 м; ширина без колес 5,2 м; осадка 1,5 м. Машина мощностью 350 л.с. позволяла развивать скорость 8 узлов. Вооружение состояло из одной 75/50-мм, одной 47-мм и одной 37-мм зенитных пушек, и двух пулеметов;

№ 2 «Сильный» (до 12 марта 1919 г. № 2) — бывший колесный пароход, построенный в Петербурге в 1913 г. Водоизмещение 280 т. Длина 36,6 м; ширина без колес 6,44 м; осадка 1,51 м. Машина мощностью 485 л.с. Скорость 10 узлов. Вооружение: две 75/50-мм пушки и четыре пулемета;

№ 3 «Сосна» — бывший колесный пароход, построенный в Финляндии в 1913 г. Водоизмещение 300 т. Длина 34,67 м; ширина без колес 5,64 м; осадка 1,8 м. Машина мощностью 450 л.с. Скорость 8 узлов. Вооружение: две 75/50-мм, одна 37-мм пушка и два пулемета;

№ 4 «Сергей» — бывший колесный пароход, построенный в Петербурге в 1912 г. Водоизмещение 250 т. Длина 37,2 м; ширина без колес 5,64 м; осадка 1,65 м. Машина мощностью 320 л.с. Скорость 10 узлов. Вооружение: одна 75/50-мм, одна 37-мм пушки и два пулемета;

№ 5 «Григорий» — бывший колесный пароход, построенный в Финляндии в 1902 г. Водоизмещение 265 т. Длина 33,2 м; ширина 5,5 м; осадка 1,6 м. Машина мощностью 340 л.с. Скорость 10 узлов. Вооружение: одна 75/50-мм и две 37-мм зенитные пушки;

№ 6 «Восток» — бывший колесный пароход, построенный в Сормово в 1904 г. Водоизмещение 225 т. Длина 31,7 м; ширина 5,47/ 10,67 м; осадка 1,2 м. Машина мощностью 320 л.с. Скорость 11 узлов. Вооружение: пушки — одна 75/50-мм, одна 76-мм Лендера и одна 47-мм, а также два пулемета;

№ 7 «Петр Пименов» — бывший колесный пароход, построенный в Петербурге в 1913 г. Водоизмещение 200 т. Длина 30,4 м; ширина без колес 5 м; осадка 2 м. Машина мощностью 332 л.с. Скорость 11 узлов. Вооружение: одна 47-мм, две 37-мм зенитные пушки, два пулемета;

№ 8 «Стенька Разин» (до 9 апреля 1919 г. «Приход») — бывший колесный пароход, построенный в Финляндии в 1913 г. Водоизмещение 180 т. Длина 30,2 м; ширина без колес 5,7 м; осадка 2,1 м. Машина мощностью 430 л.с. Скорость 9 узлов. Вооружение: одна 76-мм пушка Лендера, две 47-мм пушки и два пулемета.

Машины всех этих пароходов работали на дровах.

Дивизион заградителей состоял из трех сетевых заградителей.

Однотипные «Березина» и «Яуза» были построены в Коломне в 1917–1918 гг. и 12 мая 1919 г. прибыли с Волги в состав Онежской флотилии. Их водоизмещение составляло 450 т. Длина 50,5 м; ширина 16,7 м; осадка 2 м. Два дизеля общей мощностью 600 л.с. позволяли развивать скорость 8,5 узлов. Вооружение состояло из двух 102/60-мм, двух 75/50-мм пушек и двух пулеметов.

Заградитель «Шексна» — бывший колесный буксирный пароход, построенный в Сормово в 1904 г. Водоизмещение 450 т. Длина 68,6 м; ширина 16,7/12 м; осадка 1,6 м. Машина мощностью 400 л.с. Скорость 8 узлов. Вооружение: две 102/60-мм пушки, одна 76-мм пушка Лендера и две 47-мм пушки. 3 сентября 1918 г. «Шексна» перечислена из Балтийского флота и весь период боевых действий Онежской флотилии стояла в ремонте.

Во второй дивизион сторожевых судов вошли четыре однотипных малых колесных пароходов из Волхово-Ильменской флотилии. Это были сторожевые суда № 13 (бывший пароход «Вечер»), № 14 (бывший пароход «Заря»), № 16 (бывший пароход «Ночь»), № 18 (бывший пароход «Триумф»).

Все пароходы были построены в 1914 г. в Петрограде. Водоизмещение их 90 т. Длина 19,5 м; ширина без колес 4,1 м; осадка 0,8 м. Машина мощностью 140 л.с. Скорость 8 узлов. Вооружение: одна 37-мм пушка и один пулемет.

Кроме того, в состав флотилии входили посыльные суда:

№ 1 («Петрозаводск») — построен в 1913 г. в Риге. Водоизмещение 180 т. Длина 41,5 м; ширина 5,7 м; осадка 2,1 м. Машина мощностью 326 л.с. Скорость 10 узлов. Вооружение: две 37-мм пушки и два пулемета.

№ 4 («Баян») — построен в 1912 г. в Финляндии. Водоизмещение 180 т. Длина 27,5 м; ширина 4,8 м; осадка 1,4 м. Машина мощностью 290 л.с. Скорость 10,5 узлов. Вооружение: одна 37-мм пушка и два пулемета.

Также в состав флотилии входили несамоходные плавбатареи № 1 и № 2. Они были мобилизованы 28 августа 1919 г. и вошли в состав флотилии лишь в конце кампании. Водоизмещение их 188 т. Длина 46,3 м; ширина? м; осадка 1,5 м. Вооружение: одна 203/45-мм пушка и одна 76-мм пушка Лендера.

9 мая 1919 г. союзные войска заняли железнодорожную станцию Медвежья Гора на берегу Большой Губы Онежского озера. Это дало возможность союзникам создать базу для судов и гидросамолетов на озере.

28 мая в Мурманск прибыл британский авиатранспорт «Наи-рана» с четырьмя поплавковыми гидросамолетами «Фэйри IIIC» на борту. Вскоре туда же прибыл авиатранспорт «Пегасус» также с четырьмя «Фэйри IIIC». Из восьми машин был сформирован авиаотряд под командованием майора Бона. Первые четыре гидросамолета 6 июня прибыли на станцию Медвежья Гора.

В июне по железной дороге в Медвежью Гору доставили семь моторных катеров-истребителей «Безжалостный», «Беззаветный», «Безупречный», «Боевой», «Буйный», «Бурный» и «Безрассудный». Вся они были построены в Англии. Водоизмещение их составляло 25 т. Длина 15,3 м; ширина 3,3 м; осадка 1 м. Мотор мощностью 120 л.с. развивал скорость 18 узлов. Два из этих катеров были вооружены двумя 57-мм и одной 37-мм пушками каждый, остальные — одной 57-мм и одной 47-мм пушкой. Каждый катер имел по два пулемета.

Также в Медвежью Гору по железной дороге были доставлены десять английских малых моторных катеров, вооруженных одной 47-мм, одной 37-мм пушками и одним пулеметом каждый.

Кроме того, белые вооружили два малых буксирных парохода «Светлана» и «Азот» 76-мм и 47-мм пушками. Командующим белой Онежской флотилией стал капитан 1-го ранга А. Д. Кира-Динжан, бывший командир дивизиона сторожевых катеров Балтийского флота.

18 мая для огневой поддержки частей Красной Армии в район станции Медвежья Гора из Петрозаводска были отправлены канонерские лодки № 1 и № 5, но, встретив в Заонежском заливе лед толщиной 1–1,5 м и не будучи в состоянии пробиться через него, канонерки повернули обратно. 23 мая они вторично попытались пройти Повенецкий залив, но и на этот раз безрезультатно. Таким образом, красным не удалось воспрепятствовать созданию белой флотилии.

«Противник, использовав это природное препятствие, энергично работал над устройством и