12 сентября в 1 час ночи вышли из Петрозаводска. Подойдя к острову Климецкий, заградители «Березина» и «Яуза» отделились и подошли к Гарницкому маяку, откуда они должны были по сигнальной ракете открыть огонь по Сенной Губе. Остальная часть флотилии с транспортами отправилась в Вой-Губу. Десант был высажен на южную оконечность мыса Вой-Наволок, что стало полной неожиданностью для белых. В первый момент они попытались оказывать слабое сопротивление, но после первых же выстрелов с судов бежали в деревню Коссельга, откуда открыли ружейный и пулеметный огонь, а также стрельбу из 37-мм пушек.
В это же время заградители вели обстрел Сенной Губы. Белая батарея открыла огонь по заградителям, которые при падении первых же снарядов снялись с якоря и вышли за Гарницкий маяк.
Красный десант встретил сильное сопротивление только при занятии деревни Коссельга, но после обстрела дивизионом канонерок деревня была взята, и наступление десанта продолжилось, почти не встречая сопротивления. 14 сентября уже весь остров был занят красными, а белые отступили на полуостров Ледиковский.
Для обстрела деревни Вегрукса (у входа в Уницкую Губу), где находилась белая батарея, 15 сентября был послан заградитель «Яуза», подошедший ночью к группе островов Сосковцы и застопоривший машину. «Яуза» с дистанции 15 кабельтовых открыла огонь из 102-мм орудий и заставила замолчать батарею противника, при этом был взорван склад боеприпасов. Деревню Вегрукса из-за плохой видимости обстрелять не удалось, и заградитель вернулся в Петрозаводск.
На следующий день эсминец «Сторожевой», имея задание обстрелять деревню Вой-Наволок (в Лижемской Губе), проходя мимо группы островов Сосковцы, был обстрелян батареей белых, но благополучно проскочил на полном ходу. Выполнив задание, эсминец на обратном пути также успешно проскочил батарею, при этом интенсивно обстреливая ее из своих орудий.
17 сентября отряд в составе заградителей «Яуза» и «Березина», а также транспорта «Роза Люксембург» с 26-ю десантниками на борту, вышел из Петрозаводска для ликвидации батареи на островах Сосновиы. После непродолжительного обстрела батарея замолчала, и транспорт, подойдя к острову, высадил десант. Однако орудийные расчеты белой батареи уже успели на шлюпке перебраться на мыс Лиж-Наволок. Тогда десантники взорвали орудия на острове, замки, ручное оружие и другое имущество белых погрузили на суда, после чего отряд вернулся в Петрозаводск. Во время этой операции английские самолеты несколько раз пытались нападать на отряд, но каждый раз отгонялись артиллерийским огнем заградителей.
В начале сентября англичане начали передавать свои самолеты белым и обучать их летчиков. «Под занавес» англичане произвели несколько налетов с химическими бомбами на железнодорожные станции большевиков. Особого эффекта это не дало, да и не могло дать, поскольку отравляющие вещества эффективны лишь при массированном применении. 29 сентября англичане совершили свой последний боевой вылет на Онежском озере. Капитан Парк и русский летчик лейтенант Моторин в качестве наблюдателя летали на разведку и бомбардировку судов красных в заливе Лима.
Английские гидросамолеты на Онеге налетали в общей сложности 616 часов, сбросили 1014 бомб общим весом 28 тонн, 321 химическую бомбу, 25 тысяч листовок и расстреляли 47,5 тысяч патронов. В разведывательных полетах они произвели фотографирование позиций общей площадью 250 квадратных миль.
16 сентября белые части заняли железнодорожную станцию Лижма, поэтому командование Онежской флотилии было вынуждено перенести корабельный дозор отЛижмы в район Сарь-Носа.
24 сентября приказом начальника 1-й стрелковой дивизии на Онежскую флотилию была возложена задача высадить в деревне Лижма в тыл белым десант. Командующий Онежской флотилией Э. С. Паниержанский, сменивший Федотова еще в ноябре 1918 г., разработал план большой десантной операции. Во исполнение плана флотилия в составе заградителей «Яуза» и «Березина», плавбатареи № 1, дивизиона канонерских лодок № 1, № 4, № 5, № 6, № 7 (под флагом командующего) и № К, сторожевых судов № 2 и № 4, сторожевых катеров № 5 и № 6, эсминца «Сторожевой», четырех транспортов с десантом (около 500 десантников) и трех буксиров вышла ночью 25 сентября из Петрозаводска.
В 9 ч. 20 мин. флотилия в кильватерной колонне вошла в Лижемскую Губу. В 11 ч. 30 мин. сторожевые суда № 2 и № 4 вошли в Лижемскую бухту и открыли огонь по деревне Лижма. Вскоре за ними в бухту вошли и остальные суда. Одновременно группа судов обстреливала деревню Вой-Наволок, а плавбатарея № 1 — станцию Лижма. В 11 ч. 45 мин. транспорты и канонерки подошли к пристани и начали высадку десанта. Белые сопротивления не оказывали, если не считать нескольких выстрелов с бронепоезда и налетов гидросамолетов, которые обстреливали красный десант из пулеметов и сбрасывали бомбы. Около 13 часов высадка 500 десантников закончилась, и они продвинулись на несколько сот метров вглубь.
27 сентября суда флотилии доставили второй эшелон десанта, привезенного из деревни Кандопога. Кроме того, в северной части Губы Чорго для занятия 7-го разъезда железной дороги был высажен отдельный десант из моряков флотилии. Вскоре эти моряки объединились с красными частями, наступавшими вдоль полотна железной дороги.
Десант в Лижме имел большое значение в отражении наступления белых на Петрозаводск. После Лижменской операции сухопутный фронт в районе побережья Онежского озера шел на восточном берегу — в 20–30 км севернее города Пудож, все Заонежье было в руках белых (красные занимали только остров Климецкий), на железнодорожном участке фронт располагался южнее станции Кяппесельга.
Приказом начальника 1-й стрелковой дивизии от 6 октября на Онежскую флотилию возлагалась задача: 1) уничтожить все батареи противника; 2) уничтожить флотилию противника; 3) высадить десант в Медвежью Гору. Все эти три задачи должны быть решены в ходе одной операции.
8 октября флотилия в составе заградителей «Яуза» и «Березина», канонерок № 1, № 4, № 5, № 6, № 7 и № 8, сторожевых судов № 2 и № 4, плавбатареи № 2 и транспортов с десантом в составе 840 человек приступила к операции.
Дойдя до параллели Кузаранды, корабли флотилии, согласно плану, заняли следующие позиции: дивизион канонерок и плавбатарея легли на створ острова Мег, заградители шли, придерживаясь побережья Заонежья, а за ними шли транспорты. Когда дивизион канонерок приблизился к острову на 20 кабельтовых, а заградители — на 25 кабельтовых, белые открыли сильный артиллерийский огонь из шести орудий, расположенных по всей длине южной части острова. Корабли флотилии энергично отвечали на огонь, при этом постоянно маневрируя. Стрельба красных судов сильно затруднялась из-за плохой видимости и большой волны. После двух часов артиллерийской дуэли красное командование поняло, что заставить замолчать батареи противника не удастся, а снаряды и запас топлива на судах подходили к концу, поэтому флотилия на-чапа отход. У канонерок № 4 и № 6 от интенсивной стрельбы вышли из строя 75-мм пушки, и обе канонерки были отправлены в Петрозаводск. Остальные суда вернулись в Кузаранду, где по настоянию командира полка был высажен и десант.
Пополнив запасы снарядов и дров, флотилия 10 октября вновь двинулась к острову Мег. На остров белым была послана радиотелеграмма с предложением сдаться. Ответ пришел неожиданным: «Мы красные, не стреляйте…» Как потом выяснилось, в этот момент снарядами была повреждена береговая радиостанция. Суда флотилии прекратили обстрел, а командование отправило на остров еще одну радиотелеграмму с предложением прислать делегацию с затворами от орудий. И действительно, через несколько часов прибыли «делегаты» с двумя пулеметами и заявили, что гарнизон деморализован.
Через некоторое время на остров Мег был высажен отряд моряков. Но остров оказался пуст. Офицеры и часть гарнизона на шлюпках перебрались на косу Западная Челмужская, на восточном берегу озера, и ушли к белым. Другая же часть гарнизона перешла на остров Клим (на западном берегу), который был уже занят сухопутными частями красных.
Моряки-десантники захватили на острове Мег две еще не установленные 120-мм пушки, две 76-мм полевые и две 76-мм горные пушки, а также две 47-мм пушки Гочкиса.
12 октября командование Онежской флотилии решило высадить десант в деревне Челмужи, в тыл белым, действовавшим в Пудожском направлении. После разоружения острова Мег 50 десантников посадили на буксир «Химера». Конвоируемый четырьмя канонерками, буксир пошел в Челмужскую бухту, где и высадил десант, быстро занявший деревню. У белых в Челмужах была одна рота и нестроевая команда, которые сопротивления не оказывали и быстро отступили. Красные захватили в деревне много обмундирования и продовольствия, три походные кухни, одну 37-мм пушку со снарядами и винтовки.
14 октября база Онежской флотилии была перенесена в деревню Толвуй, куда перебрался и штаб
