Летом на семинаре ПИНа Ефремов сделал первый доклад о методике тафономических исследований. Он продолжил свои наблюдения и мысли 1929 года над осадочными толщами Казахстана и Киргизии, в которых встречаются лишь разрозненные фрагменты костей динозавров, и пришёл к выводу, что Монгольская Гоби должна дать более полную картину истории динозавровых фаун Центральной Азии. Появилась и статья в «Известиях АН СССР». Так был проложен ещё один мостик к осуществлению будущей Монгольской экспедиции.

Из Москвы, куда уже уехал Ю. А. Орлов, пришли радостные вести о защите Д. В. Обручевым докторской диссертации по палеонтологии. Это означало, что научная работа в ПИНе, несмотря на военные условия, не заглохла. Успешная защита товарища сняла обычное напряжение московской жизни.

Академия выделила на ПИН несколько мест для аспирантов и докторантов. Так, сразу по окончании института был принят в аспирантуру «на позвоночных» Анатолий Константинович Рождественский, которому суждено будет стать учеником Ефремова.

К августу из столицы начали писать о необходимости скорейшего возвращения: опасались, что другие учреждения, оставшиеся без крова из-за бомбёжек, займут пустующие помещения. Так же обстояло дело и с квартирами сотрудников: пустые квартиры занимали жители, чьи дома были разбиты бомбами; при возвращении хозяев их переселяли в другие пустые квартиры. Ясно было, что тот, кто вернётся последним, будет иметь право на свою квартиру, но жить ему будет негде.

Москвичи волновались, узнав от Обручева, что сахар, масло и другие продукты во Фрунзе дешевле в два, три, а то и в четыре раза. Во Фрунзе масло стоило 300 рублей, а в Москве его можно было достать только из-под полы — уже за 1200 рублей.

Приезжающие рассказывали, что если близ Аральского моря купить соль (за 20–25 рублей ведро), то в районе между Волгой и Рязанью её можно обменять на масло и яйца. За четыре килограмма соли дают килограмм масла! Баснословная выгода!

Москвичи стали с оказией передавать во Фрунзе деньги и тару.

В начале августа А. А. Борисяк, узнав, что на 20 сентября намечена сессия Академии наук, решил срочно возвращаться. Все пиновцы были в поле, во Фрунзе оставались лишь Ефремов и больной Родендорф. Ефремов был назначен уполномоченным по укладке вещей и организации переезда.

13 августа произошло важное событие — открытие Киргизского филиала Академии наук, ставшее итогом двухлетнего пребывания сотрудников академии в эвакуации. Столичные учёные за годы эвакуации существенно двинули вперёд науку среднеазиатских республик.

25 августа закончилась научная работа в учреждениях Академии наук. К 1 сентября всё имущество институтов было в ящиках. Похудевшие научные работники возвращались из экспедиций.

Сотрудники собирали урожай на личных огородах, укладывались, готовясь к дальней дороге. Иван Антонович перечитывал и правил готовую «Тафономию», в свободное время обдумывая сюжеты новых рассказов.

Тревожным звоночком в письмах пиновцев из Москвы прозвучал рассказ о книге Т. Д. Лысенко «Наследственность и её изменчивость». На семидесяти трёх страницах автор догматически высказывает одни и те же положения, несколько раз полемически перефразирует их, но не доказывает. Написанная неряшливо, порой даже безграмотно, без чётких формулировок, эта книга принадлежала перу академика, директора Института генетики!

ПИН теперь относился не к геологическому, а к биоотделению Академии наук, и если подобные книги поднимаются на щит, надо быть начеку…

В начале сентября А. А. Борисяк и ещё несколько академиков и членов-корреспондентов с семьями выехали в Москву в отдельном вагоне. К 18 сентября они уже были в Москве, где, казалось, ничего не изменилось: те же стенографистки, те же аппаратчики, та же «холодноватая», официозная атмосфера.

Оставшимся во Фрунзе пиновцам удалось выехать в одном поезде только в начале октября. Поезд вёз на фронт бойцов, выздоровевших в далёких госпиталях. До Аральского моря ехали весело — питались в вагоне-ресторане, пели, рассказывали истории, ели дыни.

По мере приближения к Аралу путешественников охватывало волнение. Выходили из вагонов, тревожно осматриваясь по сторонам. И вот на одной из станций к поезду подъехали телеги, наполненные крупной коричневой солью. Многие, схватив вёдра и сумки, кинулись покупать соль. Брали, сколько могли унести, чтобы обменять потом на масло и яйца. Паровоз давал гудки, но толпа возле телег была так велика, что отправление пришлось надолго задержать.

Иван Антонович кипел возмущением. Нельзя же задерживать отправление поезда, везущего на фронт бойцов, ради наживы! Он не пустил Елену Дометьевну покупать соль, а вернувшимся коллегам, только что пережившим «соляную лихорадку», резко и категорично высказал своё неприятие.

Он недоедал так же, как все, он понимал желание обеспечить пропитание себе и семье, но импульсы жадности и наживы, в которые переросло это желание, были ему отвратительны.

Все чувствовали справедливость слов Ефремова, но, как часто бывает, стыдясь собственной слабости, долго не могли простить этого тому, кто оказался её лишён.

Ехали 16 дней. В Москву, где было уже восстановлено вечернее освещение, вернулись в середине октября. Однако не все приехали здоровыми — некоторые заболели желтухой и малярией.