Основным элементом будущего серийного самолёта был, конечно, новый ракетный двигатель Вальтера R II-211, получивший серийное обозначение HWK 109-509А. Двигатель работал по «горячему циклу» и, как тогда предполагалось, должен был иметь регулируемую тягу в диапазоне от 100 до 1500 кг. Согласно расчётам предполагалось, что расход топлива на форсаже не будет превышать 3 кг в секунду. Практически полностью изменив внутреннюю компоновку, Липпиш разместил во внутренних баках самолёта, сохранившего свои основные размеры, свыше 1660 литров топлива и окислителя, что теоретически обеспечивало 12 минут моторного полёта. Предполагалось, что на взлёт и набор высоты 12.000 м уйдёт три минуты, после чего тягу предполагалось уменьшить, переведя двигатель на маршевый режим, что обеспечивало 30-минутный полёт на скорости около 950 км/ч. В результате боевой радиус действия ракетного перехватчика на бумаге получался 240 км, что практически соответствовало аналогичному параметру Bf109, но при почти вдвое большей крейсерской скорости!
Правда, когда началась разработка серийного варианта Ме163, которому даже присвоили обозначение Lil63S, в распоряжении Липпиша не имелось даже макета двигателя HWK 109-509А. Единственно на что могли рассчитывать его сотрудники, так это на то, что конструкторское бюро Вальтера не выйдет за пределы геометрических и весовых ограничений, согласованных в последней декаде декабря 1941 г. Впрочем, такая «мелочь», как отсутствие силовой установки, конечно, не смутила Липпиша, и постройка серийных образцов продолжалась довольно высокими темпами, хотя и не такими, как планировалось вначале, что и привело к сокращению финансирования программы.
Последний факт обычно связывают с самоубийством Эрнста Удета, которое произошло 17 ноября 1941 г. Сменивший его Эрхард Мильх имел куда более высокий уровень технического образования, и уже поэтому многие научно-технические достижения рассматривал с точки зрения экономики государства, ввязавшегося в войну на истощение. Однако отказываться от перспективных разработок (а то, что реактивные двигатели являются недалёким будущим авиации, понимали уже многие) Мильх не собирался, он лишь с большей эффективностью старался использовать имеющиеся в его распоряжении средства.
Проверка ряда технических решений, заложенных в конструкцию Ме163В, осуществлась на десяти прототипах Ме163А-0, которые строил завод Вольфганга Хирта. Два из них были использованы для безмоторных тренировок. Как и ранее вместо топлива в баки заливали воду, и планер с балластом поднимался на буксире в воздух. Позже восемь машин были оснащены ЖРД HWK R II- 203Ь. Наращивавшая интенсивность испытательная программа потребовала привлечения новых сотрудников в «подразделение Липпиша». Одним из них был лётчик-испытатель, опытный планерист Рудольф Опиц, до этого длительное время работавший в Институте планерной техники (DFS). Однако в начале 1940 г. в связи с необходимость наращивания численности лётного состава строевых частей Опица перевели в 4-й лётную школу Люфтваффе. Теперь же осенью-зимой 1941 г. его опыт безмоторных полётов снова оказался востребован, и Опиц получил назначение на фирму Мессершмитта, где он вместе с Хайни Дитмаром приступил к испытаниям Ме163. Как выяснилось, это решение было принято весьма вовремя, так как в конце ноября 1941 г., проверяя эффективность посадочных щитков Ме163А-0 на малой высоте, Дитмар попал в серьёзна аварию и надолго обосновался в госпитале.
Произошло это на глазах у Липпиша, который хотел посмотреть на работу новых закрылков. Конструктор стоял возле одного из ангаров, мимо которого пронёсся в заходящем на посадку Ме163А-0 Диттмар. В тот день было ветрено, и Диттмар пилотировал с учётом силы и направления бокового воздушного потока. Однако, напротив ангара на малой высоте находилась «непродуваемая» спокойная зона, попав в которую ракетный «мессер» с отклонённым вертикальным рулём направления и элевонами буквально выбросило с траектории посадочной глиссады в сторону. Пытаясь парировать эту внезапно возникшую нештатную ситуацию, Диттмар отработал рулями, но выйдя из «мёртвой зоны» самолёт снова попал под воздействие бокового ветра. В результате, прочертив короткую «змейку» на предельно малой высоте, ракетоплан врезался в крышу следующего бетонного ангара. Смонтированная на самолёте подфюзеляжная опускаемая лыжа имела гидравлические амортизаторы, которые погасили лишь часть энергии вертикального удара, значительная доля которой всё же передалась на жёсткую бронированную чашку пилотского кресла…
К счастью, испытания проводились на безмоторном прототипе, а в ангаре не было заправленных самолётов, в противном случае знаменитый лётчик-испытатель попросту сгорел бы. Впрочем, последствия аварии и так оказались существенными – серьёзная травма позвоночника вывела из строя Диттмара на два года. В результате вся тяжесть испытаний Ме163 легла на плечи Опица. Правда, как вскоре выяснилось, необходимость внесения различных доработок заметно снизили темп испытательных полётов и Опиц смог сравнительно спокойно вести программу тестирования опытных образцов.
Первоначально предполагалось, что готовый к установке на летательный аппарат двигатель HWK 109-509А будет готов весной 1942 г., но при проектировании столь мощного ЖРД конструкторское бюро Вальтера столкнулось со значительными трудностями. В результате сроки готовности были сдвинуты на осень 1942 г. И всё же отсутствие двигателей было отнюдь не единственной проблемой. Конструкторы прекрасно сознавали, что в различных перипетиях воздушного боя пилоты строевых частей далеко не всегда смогут приземлиться на своей авиабазе, а посадочные характеристики Ме163 были таковы, что сесть «в чистом поле», как это часто делали пилоты «мессеров» и «фокеров», на нём было практически невозможно. В то же время гарантировано покинуть в воздухе самолёт обычным образом можно было только на приборной скорости не более 450 км/ч.
Однако Ме163 летал на существенно более высоких скоростях и поэтому напрашивающимся вариантом был тормозной парашют. В ходе испытаний не обошлось без неожиданностей. Испытывая прототип Ме163А-0, оснащённый этим устройством, Опиц в одном из полётов должен был на практике проверить возможность покидания ракетоплана. Взлёт был произведён на безмоторном аппарате, который был поднят на высоту 8000 м буксировщиком Bf1lO. Отцепившись от двухмоторного истребителя, Опиц в пологом снижении быстро разогнался до 800 км/ч и на высоте 2500 м выпустил тормозной парашют. Отстрелив фонарь, Опиц попытался сбросить и парашют, но система не сработала, и спасительный купол продолжал висеть за вертикальным оперением. Покидать самолёт было также опасно, так как, угодив в парашютный купол, пилот рисковал запутаться в нём, как муха в паутине и погибнуть вместе с самолётом. К счастью, машина сохранила управление, а аэродром находился буквально под ним, и после аккуратной «коробочки» Опиц подвёл машину к границе ВПП, но, к его удивлению, несмотря на очевидный тормозящий эффект, создаваемого выпущенным куполом парашюта, ему не удалось посадить ракетоплан на бетонку. «Дельта» Липпиша пронеслась над полосой, затем под крыльями мелькнула граница аэродрома с оградой из колючей проволоки и лишь затем машина, словно устав держаться в воздухе, плюхнулась на свекловичное поле.
В апреле 1942 г. из состава JG54 «Грюн Херц», находившейся на северном фланге Восточного фронта отозвали ещё одного аса планеризма гауптмана Вольфганга Шпёте
Вскоре к группе опытных фронтовиков присоединилась и знаменитая немецкая лётчица Ханна Рейч, имевшая значительный опыт полётов на планерах. Быстро пройдя курс учебной подготовки, она вскоре получила допуск к полётам на Ме163А и Ме163В, но, впрочем, также быстро, хотя и не по своей воле, покинула ряды испытателей ракетопланов. Во время одного из полётов в момент взлёта на буксире за Bf110, который пилотировал Опиц, на Ме163В-05 не отделилась двухколёсная тележка. Поскольку взлётно- посадочная полоса была длинной, а высота полёта небольшой, Рейч отцепила буксировочный фал и попыталась приземлиться. Однако механизм фиксации шасси, видимо, уже был частично приведен в
