Испытательная программа проходила без происшествий до 27 июня 1949 г., когда во время 64-го вылета на большой скорости и малой высоте возникли проблемы с управлением. Пилоту удалось справиться с неполадками и совершить вынужденную посадку. Правда, при этом поломалось шасси и получил незначительные повреждения фюзеляж. Но эта авария не повлияла на дальнейшую судьбу 'Скорпиона', поскольку еще в мае фирма 'Нортроп' подписала контракт на постройку второго прототипа в доработанном предсерийном варианте YF-89A и на выпуск сорока восьми серийных F-89A.

Отремонтированный после аварии XF-89 вновь приступил к полетам 15 октября 1949 г. Эта машина разбилась 22 февраля 1950 г. во время 102-го полета из-за разрушения хвостового оперения в результате флаттера, спровоцированного реактивными струями от двигателей. Пришлось срочно внести изменения в конструкцию хвостового оперения, установив наружные балансировочные грузы на YF-89А и на все серийные 'Скорпионы'.

Серийные машины отличались от прототипа и другими доработками. Начиная с YF-89A, самолет получил двигатели Аллисон J35-А-21 с форсажной камерой и тягой 2268 кгс. За счет увеличенной носовой части длина самолета достигла 16,31 метров. Баки на законцовках крыла выполнили с меньшим объемом - 1136 литров.

Предполагалось использовать самолет не только для перехвата воздушных целей, но и в качестве штурмовика. Поэтому F-89A, кроме шести пушек М-24, получил два крыльевых пилона, на которые при необходимости подвешивались бомбы по 726 кг. Под крылом появились направляющие для 16 неуправляемых ракет HVAR калибром 127 мм.

Первый серийный F-89A поднялся в воздух 28 сентября 1950 г., но командование ВВС не спешило принимать самолет на вооружение, все еще находясь под впечатлением катастрофы прототипа из-за флаттера. Фирма 'Нортроп' была вынуждена провести всесторонние испытания серийных машин. Шесть из 18 выпущенных F-89A (так был сокращен с 48 машин первоначальный заказ) прошли придирчивую проверку специалистов ВВС. Одновременно с полетами на флаттер еще три 'Скорпиона' проходили сервисные испытания, а на девяти самолетах отрабатывали тактику применения нового перехватчика.

В процессе этих напряженных и многочисленных испытаний в конструкцию были внесены различные изменения - так появился самолет F89B, который планировали сделать массовым вариантом для ВВС. Впервые 'Скорпион' с литерой 'В' полетел 2 мая 1951 г. Он отличался от F-89A новым автопилотом Лиар F5 (Lear) и улучшенным оборудованием, но локатор оставался прежний - AN/ARG-33.

Первоначальный контракт на F-89B составлял 64 экземпляров. Вскоре последовал заказ на дополнительные 100 самолетов, но практически все машины второй партии выпустили в варианте F-89C. Если на F-89 'А' и 'В' от флаттера избавились с помощью специальных грузов, установленных на стабилизаторе снаружи, то на F-89C грузы стояли внутри, не портя аэродинамику. В отличие от первых моделей, пилот F89C мог, при необходимости, сбросить топливные баки, расположенные на концах крыла (например, в воздушном бою). Более совершенными стали система кондиционирования воздуха и топливная система.

В июне 1951 г. самолеты 'Скорпион' F-89B получила 84-я эскадрилья 78-й группы истребителей- перехватчиков в Гамильтоне, подчиненная командованию ПВО. В США авиация ПВО не имеет отдельного статуса и входит в состав военно-воздушных сил.

С января 1952 г. переучивалась на новые самолеты 74-я эскадрилья, получившая F-89C.

Со временем на F-89C стали использовать доработанный двигатель J35-A-21A с тягой на форсаже 3084 кгс (без форсажа - 2313 кгс), а затем еще более мощные J35-A-33 и ЗЗА (тяга на форсаже - 3357 кгс. без форсажа - 2450 кгс). Двигатель J35-A-ЗЗА отличался от А-33 не только наличием противообледенительной системой на входе, но еще и специальными створками, защищавшими от попадания посторонних предметов во время рулежки по ВПП.

Такие же двигатели поставили на очередную модификацию 'Скорпиона-, получившую индекс F-89D. Этот вариант имел принципиально иную систему вооружения. Как планировалось еще в 1945 г., главным оружием F-89D стали ракеты, которые полностью заменили пушки. Сто четыре неуправляемые ракеты 'Майти Маус' FFAR калибром 70 мм с раскладным оперением размещались по 52 штуки в каждом из контейнеров на законцовках крыла.

В ранних вариантах весь объем этой подвески занимал топливный бак. Теперь в передней части разместились ракеты в направляющих цилиндрах, а объем топлива уменьшился до 1166 литров в каждом контейнере. Керосин отделялся от ракетного отсека противопожарной перегородкой, отводившую реактивную струю от ракет вбок. В освободившейся носовой части фюзеляжа вместо пушек поставили дополнительный 992- литровый бак, на пилонах под крылом можно было подвесить еще два бака по 1136 литров - при этом общий вес керосина составил бы 10728 литров.

Заказ на сто девяносто три экземпляра F-89D поступил в апреле 1951 г. После начала войны в Корее это число увеличили до 862 - таким образом, 'Скорпион' с литерой D- стал самым массовым вариантом. Кроме чистого ракетного вооружения самолет получил радар AN/APG-40 и компьютер управления огнем AN/APA-84, связанный с автопилотом. Ракеты можно было запускать по одной или же залпами. В одном залпе все 104 'Майти Мауса' меньше чем за полсекунды огненным смерчем устремлялись к цели. В двухзалповом выстреле ракеты делились на партии - по 62 и 42, а в трехзалповом - на 42, 32 и 30 штук.

К ноябрю 1952 г. ВВС США получили первые пять серийных F-89D, однако в сентябре того же года всем 'Скорпионам' запретили подниматься в воздух. Поначалу эксплуатация самолетов в строевых частях не вызывала нареканий. Перехватчик имел отличную устойчивость и управляемость в любую погоду - особых сложностей в пилотировании летчики не испытывали.

Первая катастрофа F-89C случилась 25 февраля 1952 г., за ней последовали еще пять - последняя произошла 15 сентября того же года. Пока выясняли причину гибели самолетов, полеты всех 'Скорпионов' (включая и новейший - F-89D) прекратили. Выводы комиссия по расследованию летных происшествий были очень неприятными для конструкторов фирмы 'Нортроп': во время энергичных разворотов и вращений с большой перегрузкой разрушались силовые элементы крепления крыла к центроплану. Пришлось срочно пересчитывать слабые узлы, а на всех выпущенных самолетах проводить доработки. Для этого 'Скорпионы' доставляли на завод в Лос-Анджелес, где до января 1954 г. прошли модернизацию 194 машины вариантов 'А', 'В' и 'С-. Из-за этой неожиданно возникшей проблемы массовая эксплуатация перехватчика в ПВО началась с запозданием почти на год.

Естественно, что на F-89D тоже провели усиление крыла, поскольку в момент обнаружения причины катастроф около сотни самолетов находилось на сборочной линии. Поставки варианта 'D' в ВВС продолжились лишь в январе 1954 г., когда 'Скорпионы' с ракетным вооружением получила 18-я эскадрилья в Миннеаполисе. Однако ТРД 35-й серии оказался недостаточно надежным на высоте свыше 9000 метров, не выдавая расчетной тяги. Вскоре перешли на более совершенные J35-A-47, и такие же двигатели получили все летавшие F-89 'В' и 'С', а также часть F-89D, выпущенных первоначально с J35-A-35.

Кроме проблем с ТРД, на самолетах F-89D возникали сложности с вооружением. В открытые снаружи направляющие для ПТУРСов проникала влага, и образующаяся коррозия привела к нескольким авариям и пожарам во время учебных пусков. Пришлось опять доработать конструкцию: на контейнерах спереди установили обтекатель -он предотвращал попадание воды, а во время пуска пробивался пушенными ракетами.

Появлявшиеся при эксплуатации технические проблемы не влияли на выпуск 'Скорпионов'. В 1954-1955 гг. заводы 'Нортропа' вышли на максимальный темп сборки - 25 самолетов в месяц.

Настала очередь новой модификации - самолету F-89H, вооруженному новейшей управляемой ракетой 'воздух-воздух' Хьюз GAR-1 'Фалкон'. Самолет нес шесть GAR-1, размещенных по три на каждом контейнере с ракетами 'Майти Маус'. 'Фалконы' располагались снаружи по окружности на специальных узлах подвески, при этом количество НУРСов в каждом контейнере сокращалось до 21.

27 января 1955 г. впервые был успешно выполнен учебный пуск GAR-1: специально переоборудованный F-89D (на нем отрабатывали установку новой ракеты) сбил мишень QB-17 (беспилотная 'летающая крепость'). Для эффективной стрельбы 'Фалконами' использовалась более совершенная система управления огнем Е-9 (на первых вариантах F-89 стояла система Е-6), помогающая оператору попасть в цель.

В сентябре 1955 г. серийные F-89H начали поступать на вооружение 445-й эскадрильи в Вуртсмите. К