6 февраля в Белосток прибыл второй эшелон. В этот же день к полётам подготовили девять самолётов МиГ-1, а погода позволила выпустить восемь человек руководящего состава полка. Сборка всех 60 полученных истребителей завершилась к 20 февраля. К началу марта на МиГах было выпущено 36 лётчиков, и ещё шесть подготовлено к самостоятельным полётам.
После убытия бригады инструкторов переучивание лётно-технического состава 41-го авиаполка продолжилось как в месте постоянного базирования, так и на заводе №1. Одновременно с 41-м иап к программе переучивания на новую матчасть были привлечены и другие истребительные авиаполки 9-й авиадивизии – 124-й, 126-й и 129-й иап. Выпуск руководящего лётного состава этих полков также был организован и прошёл под руководством бригады инструкторов на базе 41-го иап.
Одновременно с ходом серийного производства продолжалось совершенствование истребителя МиГ-3 в части улучшения лётно-так- тических, технических и эксплуатационных характеристик, а также устранение выявленных конструктивных и производственных недостатков. На 2 апреля, то есть к моменту получения из НИИ ВВС КА отчёта по государственным испытаниям МиГ-3, не менее 70% указанных в нём дефектов были уже устранены в серийных чертежах или на самолёте. А к середине апреля по дефектам, предъявленным военным представительством, на заводе №1 провели более 1800 изменений в чертежах и на самолёте. Уже в мае 1941 г. военпреды отметили значительное улучшение качества выпускаемой продукции. В свою очередь выпуск МиГов несколько ограничивала несвоевременная поставка отдельных агрегатов, деталей и материалов. Так в июне завод №66 НКВ не додал 200 пулемётов БС, завод №355 НКВ с большими перебоями поставлял прицелы ПБП-1А и недопоставил в первом полугодии 203 комплекта, а Ижорский завод НКСП не додал в этот же период 550 бронеспинок А-61. Срыв поставок также допустили ещё шесть предприятий различных наркоматов.
В первом полугодии 1941 г. из строевых частей по истребителю МиГ-3 поступило пять рекламаций. Основным и наиболее опасным производственным дефектом считался прострел лопастей винта вследствие самопроизвольной разрегулировки синхронного привода пулемётов. Поэтому, помимо обеспечения серийного выпуска МиГов и устранения выявленных дефектов на выпускаемой продукции, завод №1 проводил большую работу по доработке в строевых частях ранее выпущенных самолётов. На этих работах до начала войны в среднем ежемесячно было занято 100-120 рабочих и ИТР. Кроме этого в военных округах постоянно находилась инспекторская группа, следившая за правильной эксплуатацией МиГов и дававшая необходимые указания лётно-техническому составу по эксплуатации и ремонту. Например, благодаря продолжительному присутствию заводского инспектора в Закавказском военном округе, последний в течение года не предъявил заводу №1 ни одной претензии и хорошо освоил эксплуатацию истребителя МиГ-3.
Наряду с контролем качества выпускаемой продукции военное представительство завода №1 также принимало непосредственное участие в подготовке лётного и инженерно-технического состава строевых частей. В первом полугодии при заводе №1 по плану и вне плана было подготовлено более 1000 человек для ВВС КА и около 230 человек для Управления морской авиации ВМФ.
Всего в первом полугодии авиазавод №1 выпустил 1363 истребителя МиГ-3. В этот же период военное представительство ГУ ВВС КА приняло 1289 самолётов, из которых 1236 отправили в строевые части (в период с 22 по 30 июня отправлено 104 самолёта МиГ-3).
Начавшаяся Великая Отечественная война внесла в деятельность авиазавода №1 свои коррективы. Для условий военного времени были внесены некоторые изменения в технологический процесс выпуска серийной продукции. В частности разработали и внедрили сокращённый вариант техпроцесса по защитным покрытиям. Освоили малоцианистое цинкование вместо кадмирования, быстросохнущие покрытия для внутренних поверхностей агрегатов, а также внедрили предварительную пропитку деревянных конструкций антисептиком для защиты от грибковых разрушений. При этом качество самолётов не снизилось. Если в июле из строевых частей поступило три рекламации, то с августа таковых уже не было.
С целью обороны завода от воздушных налётов на его территории организовали 10 импровизированных зенитных установок с 12,7 мм пулемётами БС, а для их обслуживания была подготовлена команда местной противовоздушной обороны (МПВО) из 35 человек. Кроме этого для обороны с воздуха из заводских лётчиков-испытателей приказом начальника МПВО г. Москвы сформировали дежурную эскадрилью под командованием Н.Н. Иноземцева. Большую помощь в организации эскадрильи оказало военное представительство, которое не только выделило трёх воентехников для обслуживания истребителей МиГ-3, но и помогло в налаживании её работы. Наряду с этим из лётчиков-испытателей военного представительства сформировали ещё одну эскадрилью. В её задачу входила перегонка принятых военпредами самолётов МиГ-3 непосредственно в строевые части ВВС КА. Продолжалось и переучивание лётного и инженерно-технического состава – в период с 22 июня по 1 октября 1941 г. при заводе №1 был подготовлен 971 человек.
Между тем в ходе первых месяцев войны высокую эффективность в борьбе с бронетанковыми частями противника показали штурмовики Ил-2. Вот, например, как эту машину оценивало командование 8-й иад в отчёте о боевой работе дивизии в составе Северного и Ленинградского фронтов с 15 августа по 15 сентября 1941 г.: «Самолёт Ил-2 – отличный штурмовик с богатейшим вооружением – первоклассная мировая машина. Вооружённый пулемётами, пушкой, РСами, бомбами калибра от АО- 2,5 до ФАБ-50 с возможностью применения ампул КС, бронированный, этот самолёт представляет из себя самое грозное оружие для действия по войскам и аэродромам противника».
Однако штурмовиков ещё не было в должном количестве, поэтому наряду с Ил-2 для уничтожения противника на земле привлекали и истребители. К примеру, в той же 8-й иад в период с 15 августа по 15 сентября 1941 г. воевавшие на МиГах лётчики 15-го иап из 778 боевых вылетов 243 совершили на штурмовку войск и аэродромов противника. В то же время лётчики 46-го иап, воевавшие на ЛаГГ-3, на штурмовку выполнили 138 боевых вылетов из 509. Всего же в 8-й иад в указанный период из 1601 боевого вылета 504 приходилось на штурмовые действия, то есть практически треть. Причём доля Ил-2 составляла всего 75 вылетов. Это наглядно показывает, что авиация Красной Армии остро нуждалась в штурмовиках.
В связи с нехваткой штурмовиков Постановлением ГКО №594 от 27 августа и последовавшим на следующий день приказом НКАП №921 директору авиазавода №1 предписывалось немедленно приступить к выпуску самолётов Ил-2 по образцу, выпускаемому заводом №18. В соответствии с утверждённой программой до конца года из сборочного цеха должно было выйти 420 штурмовиков, в том числе 20 в октябре, 150 в ноябре и 250 в декабре. Одновременно с освоением и выпуском Ил-2 программа производства истребителей МиГ-3 в оставшиеся четыре месяца 1941 г. сокращалась и устанавливалась в размере 920 машин. При этом по мере роста выпуска штурмовиков производство истребителей должно было уменьшаться и составить в сентябре 420, в октябре 250, в ноябре 150 и в декабре 100 машин.
8 сентября по просьбе трудового коллектива заводу №1 присвоили имя И.В. Сталина. В этот же день Постановлением ГКО №647 был принят новый план выпуска самолётов и моторов на 1941 год и мобилизационная программа на четыре месяца войны. В связи с этим последовавшим 1 1 сентября приказом НКАП №968 программу выпуска штурмовиков на заводе №1 увеличили до 600 машин с поставкой 40 в октябре, 200 в ноябре и 360 в декабре. План производства МиГ-3 в 1941 г. заводу утвердили на уровне 3341 самолёта, при этом утверждённую ранее программу выпуска истребителей в оставшиеся четыре месяца сохранили.
