Двухлонжеронное крыло кессонной конструкции стреловидностью по 1/4 линии хорд 55° состояло из центроплана и отъемных частей, Крыло устанавливалось по отношению к строительной горизонтали самолета с углом 2°. Относительная толщина крыла составляла около 7%. На крыле размещались элероны и щитки-закрылки, на каждой полуплоскости имелись аэродинамические гребни. Так как крыло имело сравнительно небольшие строительные высоты в своей отъемной части, поэтому для размещения топлива использовался только центропланный кессон (два бака №2). Стреловидное хвостовое оперение выполнялось по нормальной схеме: вертикальное оперение достаточно большой площади с килем и рулем направления, занимавшим приблизительно треть всей площади оперения; низкорасположенное горизонтальное оперение с неуправляемым стабилизатором и рулем высоты (в дальнейшем по опыту испытаний самолета '98', на '128-ой' машине и первых опытных самолетах '105' и '105А' будут введены управляемые стабилизаторы с сохранением руля высоты, а затем на серийных Ту-22 управляемый стабилизатор без руля высоты).

Впервые в практике ОКБ А.Н.Туполев согласился на внедрение на своем самолете необратимых бустеров во всех каналах управления (бустера были разработаны под руководством Главного конструктора Т.М.Башта в специализированном ОКБ). Всей авиапромышленности было известно 'великое' изречение Андрея Николаевича: 'Лучший бустер это тот, который стоит на земле', однако переход на сверхзвук настоятельно потребовал внедрения столь нелюбимых им (и законно – на том этапе первые отечественные бустеры имели очень низкую надежность, и кроме того, управленцы еще не умели грамотно строить системы управления самолетов с необратимыми гидроусилителями). Одновременно с переходом на необратимые бустеры в системе управления были установлены пружинные загружатели и рулевые демпферы. Следует отметить, что новой системе управления на основе необратимых гидроусилителей на самолетах 'Ту' еще предстояло пройти долгий путь доводок – сначала на опытных самолетах '98' и '105', а затем на серийных Ту-22. Многие летчики пали жертвами различных трагических нюансов новой системы управления, прежде чем она стала отвечать необходимым требованиям по безопасности.

Шасси самолета выполнено по трехопорной схеме с носовым колесом. Носовая стойка с двумя спаренными колесами убиралась в отсек под кабиной экипажа назад по потоку. Основные стойки шасси крепились к мощным бимсам бомбоотсека и убирались назад в фюзеляжные отсеки, при этом четырехколесные тележки шасси вместе со стойками занимали горизонтальное положение в этих отсеках. Подобное новаторское конструктивное решение позволило получить аэродинамически чистое крыло, свободное от агрегатов шасси. Однако шасси такой конструкции имело небольшую колею и было очень сложным для летной эксплуатации в ВВС, прежде всего из-за значительных ограничений по боковому ветру и необходимости подготовки высококвалифицированных летчиков (стандартная фраза всех отчетов по летным заводским испытаниям – 'доступен летчикам средней квалификации' – к данной машине уже явно не подходила). Как инженерное решение подобная конструкция шасси была оригинальной и интересной, и в последствии, когда вторая машина попала в ЦАГИ на статиспы- тания, конструкция шасси самолета '98' вызывала живой интерес у специалистов других отечественных самолетных ОКБ, но прямых повторений этот конструкции не было.

К важным конструктивно-технологическим особенностям самолета '98' можно отнести широкое использование в конструкции планера элементов выполненных из длинномерных профилированных панелей. Прежде всего они были использованы в конструкции крыла для образования мощного центрального кессона. В крыле были применены прессованные совместно со стрингерами панели из алюминиевого сплава, которые вместе с двумя лонжеронами образовывали кессон. В ходе отработки технологии изготовления подобных панелей, конструктора, прочнисты и технологи ОКБ столкнулись с большими трудностями. Панели из-за малой относительной толщины крыла (по сравнению с предыдущими конструкциями ОКБ) были необычно высоко нагружены, что впервые потребовало применения обшивки с толщиной доходившей до 8-10 мм. Возник вопрос о конструкции панели и в первую очередь о силовой связи стрингеров с обшивкой такой толщины. Моделирование и расчеты, проведенные в ОКБ с различными толщинами обшивки и размерами стрингеров, показали, что для крепления стрингеров без существенного перетяже- ления панели нужны дюралевые заклепки малых диаметров, для которых в авиапроме нет необходимого оборудования. Это обстоятельство заставило пойти по новому смелому пути: внедрить новый технологический процесс, при котором панель прессовалась целиком вместе со стрингерами.

Реализацией этого предложения стало прессование панели в виде трубы, с последующим разворачиванием ее в требуемую поверхность панели крыла или фюзеляжа. Одним из достоинств такой технологии было резкое снижение трудоемкости изготовления планера самолета, так как при этом исключался большой объем клепальных работ. Для того чтобы при разворачивании трубы в панель 'не рвать стрингера', приняли решение делать их с внешней стороны трубы. После необходимых отработок и проверок, в ходе которых было подтверждено, что данная технология не влияет на прочность панелей, она была принята для самолета '98', а затем для опытного самолета '105' и серийных Ту-22 (' 105А').

Впервые в практике ОКБ на самолете '98' было предложено использовать кормовую дистанционную