Однако главной ударной силой преобразованной армии Алексея Михайловича стали солдатские и драгунские полки (в особенности первые, поскольку численность драгунских полков всегда была небольшой). Опыт, полученный при их формировании в годы Смоленской войны и позднее, послужил хорошей основой при начале их массового формирования накануне русско-польской войны 1654–1667 гг. К весне 1654 г. в столице и в Подмосковье (например, в Коломне) было создано не менее 15 солдатских и 2 драгунских полков. На Белгородской черте летом 1653 г. было начато формирование еще 4 солдатских полков. Вместе с созданными ранее солдатскими и драгунскими полками на южной и северо-западной границах к началу летней кампании 1654 г. в состав армии «новой модели» входило, по приблизительным расчетам, 22 солдатских и 9 драгунских полков общей численностью до 37 тыс. солдат и начальных людей ⁷⁷⁴.

Продолжение войны потребовало дальнейшего наращивания военного потенциала России, что способствовало росту числа солдатских полков. В 1662 г. русская пехота включала в себя 33 солдатских и 3 драгунских полка, а к 1680 г. число солдатских и драгунских полков выросло до 41⁷⁷⁵. Сокращение числа драгунских полков вовсе не означало, что драгуны как род войск стали выходить из употребления. Практика посадки на коней солдат для повышения их подвижности осталась. Так, в осенней кампании 1658 г. приняли участие две выборных шквадроны (условно говоря, «тысячи») майоров Д. Дурова и В. Баранчеева из состава выборного солдатского полка А. Шепелева, посаженные на казенных лошадей.

Не менее серьезными и глубокими были преобразования в организации русских вооруженных сил, причем на всех уровнях. Система управления вооруженными силами, структура частей, организация полевых армий – везде явственно просматриваются черты нового, присущего новой эпохе в развитии военного дела.

Прежде всего необходимо отметить перемены, произошедшие в центральном аппарате управления вооруженными силами. Выше уже говорилось, что, поскольку временно-контрактная армия как форма организации вооруженных сил в России не существовала, то государство было вынуждено изначально взять на себя вопросы, связанные с набором, снабжением и управлением войсками как в мирное, так и в военное время. Поэтому в этом вопросе Россия шла на шаг впереди Европы. Главную роль в управлении войском играли московские приказы, система которых, сформировавшаяся в общих чертах во 2-й половине XVI в., в XVII в. получила дальнейшее развитие. Наряду со старыми Разрядным, Стрелецким, Пушкарским и Оружейным приказами, существовавшими или появившимися в начале XVII в., в 20-х – начале 50-х гг. возникает целый ряд новых – Иноземский (1623 г.), Рейтарский (1649 г.), Сбора даточных людей (1632 г.), Сбора ратных людей (1637 г.), Ствольных дел (1646 г.). Некоторые приказы, такие как Ратных дел (1632 г.) и Мушкетного дела (1653 г.), создавались на короткое время для решения конкретных вопросов. Помимо этих приказов, вопросами военного строительства занимались и некоторые другие. Так, Новгородский приказ долгое время ведал артиллерийским делом и фортификацией в подчиненных ему городах и волостях, Устюжская четверть – ведала пушкарским чином в Устюге и Устюжне, Конюшенный и Монастырский приказы участвовали в обеспечении новых полков лошадьми, приказ Тайных дел заведовал гранатными «промыслами» и пр.⁷⁷⁶. Характерной чертой приказного управления во 2-й половине XVII в. стало объединение нескольких приказов под руководством одного человека для координации их действий. Например, царский тесть боярин И.Д. Милославский с конца 40-х гг. и до 1666 г. руководил Иноземским, Рейтарским и Стрелецким приказами.

К концу русско-польской войны сложилась новая система управления вооруженными силами, характерной чертой которой была определенная ее децентрализация, выразившаяся в переносе части управленческих функций на места, в разрядные полки (позднее разряды – военно-административные округа). Эта новая тенденция была обусловлена, по мнению П.Н. Милюкова, необходимостью оперативнее откликаться на возникающие угрозы со стороны потенциальных противников и иметь на предполагаемом театре военных действий достаточно крупные армейские группировки, способные быстро отмобилизоваться и перейти к активным действиям⁷⁷⁷.

Первоначально разрядные полки стали возникать на западной и южной границах, там, где политическая и стратегическая ситуация была наиболее взрывоопасной и напряженной. Еще в 1646 г., во время строительства Белгородской черты, предпринималась попытка создания единого центра управления военными формированиями на юге России в Белгороде. Однако тогда дело доведено до конца не было, и только в 1658 г. был образован Белгородский разрядный полк. Затем последовали другие и к концу 70-х гг. их было уже 10 – Белгородский, Северский (Севский), Новгородский, Смоленский, Казанский, Тобольский, Томский, Енисейский, Рязанский и Украинный (Тульский). Свой окончательный вид система военно- административных округов приобрела в 1680 г., когда вместо расформированного Тульского разряда были образованы Московский, Владимирский и Тамбовский разряды. Типичным разрядом может считаться Белгородский. В феврале 1667 г. он включал в себя 7 рейтарских, 2 драгунских, 5 солдатских полков и 1 стрелецкий приказ с 8320 рейтарами, 1654 драгунами, 4556 солдатами, 657 стрельцами, а также 274 донских казака и на городовой службе детей боярских и прочих служилых людей 25 452 чел.⁷⁷⁸.

С постепенным складыванием разрядной системы изменилась и организация полевой армии. Старая система деления полевого войска уходит в прошлое. Если в начале войны с Речью Посполитой, во время похода 1654 г., мы еще видим традиционное полковое деление русского войска, то к началу 70-х гг. оно уже практически исчезло. Полевые армии, действующие на определенном стратегическом направлении, включали в себя отдельные корпуса – разрядные полки. Последние, в свою очередь, обычно делились на большой воеводский полк и полки его «товарищей», состоявшие из солдатских, драгунских, рейтарских полков, сотен поместной конницы и приказов стрельцов. Примером такого нового деления может служить роспись походного войска Белгородского полка 1658 г. «Полк» общей численностью 19 252 чел. под общим руководством воеводы князя Г.Г. Ромодановского был поделен на «большой» полк (название осталось традиционным, хотя от старого большого полка прежних московских ратей в нем практически ничего не осталось) численностью 10 227 ратных людей. В него вошли 1000 всадников поместной конницы, рейтарский полк полковника Я. Фанрозербаха (1200 человек), драгунские полки полковников Р. Корсака и Х. Гундертмарка (соответственно 1329 и 1299 чел.), солдатские полки полковников Ф. фон Бокховена, Я. Лесли и Я. Ронарта (соответственно 1601, 1623 и 1575 чел.) и приказ московских стрельцов стрелецкого головы К.А. Иевлева (600 стрельцов). Помимо «большого» полка, были образованы и 2 полка воеводских «товарищей». В одном было 5232 ратных человека – 500 всадников поместной конницы, 600 рейтаров полка полковника И. А. Шепелева, 1251 драгун полка полковника В. Фанзейда, 1481 солдат полка полковника Ф. Вормзера и 1400 солдат полка полковника Я. Инвалта; в другом – 3743 ратных человека: 500 всадников поместной конницы, 600 рейтаров полка полуполковника С.С. Скорнякова-Писарева, 1121 драгун полка полковника Я. Зангера и 1522 солдата полка полковника В. Фангалена⁷⁷⁹.

От старой полковой организации остался лишь особый отборный Государев полк, элита поместной конницы. Разрядные полки и их составные части представляли вполне самостоятельные, состоявшие из трех родов войск, «корпуса» и «дивизии», способные действовать как отдельно, так и в составе более крупных, стратегических группировок войск. С точки зрения организации полевой армии по новой разрядной системе интерес представляет роспись армии, которую предполагалось направить во главе с князем Г.Г. Ромодановским в 1676 г. в Крым. Армию должны были составить помещики Севского полка, 8 стрелецких приказов, выборный московский солдатский полк А. Шепелева, калмыки, смоленская шляхта, Севский и Белгородский полки, выставляемые соответствующими разрядами, 1000 башкир и украинские казаки. Сбор армии предполагалось осуществить к Пасхе, а начало похода – к моменту, когда в степи взойдет трава и станет возможно обеспечить коней фуражом⁷⁸⁰.

Своего рода венцом преобразований в системе управления армией в XVII в. стал царский указ от 24 ноября 1681 г. о созыве в Москве специального совещания думных и ратных начальных людей «для лучшаго своих государевых ратей устроения и исправления» с учетом полученного в прежних кампаниях опыта⁷⁸¹. Это совещание не успело сделать многого из-за преждевременной смерти царя Федора Алексеевича и начавшейся полосы внутриполитических неурядиц и смут. Однако по его инициативе было подготовлено и обнародовано 12 января 1682 г. «Соборное деяние об уничтожении местничества»⁷⁸². Этим указом было ликвидировано местничество, столь немало вредившее военным усилиям Российского государства еще с конца XV в.