В дни новгородского разгрома Грозный уведомил митрополита Кирилла об «измене» новгородского архиепископа. Митрополит и епископы поспешили публично осудить жертвы опричнины. Они отправили царю сообщение, что приговорили «на соборе Новгородцкому архиепископу Пимену против государевы грамоты за его безчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине головой. Но высшее духовенство переусердствовало, угождая светским властям. В новом послании Кириллу царь предложил не лишать Пимена архиепископского сана «до подлинного сыску и до соборного уложения».
Иван IV не ждал противодействия со стороны запуганного духовенства. Однако накануне суда он предпринял шаги, которые послужили новым предостережением для недовольных церковников. Опричники обезглавили рязанского архимандрита и взяли под стражу еще нескольких членов священного собора. Всем памятно было, что Пимен председательствовал на соборе, осудившем Филиппа. Теперь он шел по его стопам. Покорно следуя воле царя, высшие иерархи церкви лишили новгородского архиепископа сана и приговорили к пожизненному заключению. Прибыв к месту заточения в небольшой монастырь под Тулой, Пимен вскоре же умер там.
Арестованные в Новгороде ^сообщники» Пимена в течение нескольких месяцев томились в Александровской слободе. Розыск шел полным ходом. Царь делил труды с Малютой Скуратовым, проводя дни и ночи в тюремных застенках. Опальные подвергались мучительным пыткам и признавались в любых преступлениях. Как значилось в следственных материалах, «в том деле с пыток (!) многие (опальные) про ту измену на новгородцкоео архиепископа Лимина и на его советников и на себя говорили». Полученные на пыточном дворе материалы скомпрометировали многих высокопоставленных лиц в Москве.
Кровавый погром Новгорода усилил раздор между царем и верхами земщины. По возвращении из новгородского похода Грозный имел длительное объяснение с государственным печатником Иваном Висковатым. Выходец из низов, Висковатый сделал блестящую карьеру благодаря редкому уму и выдающимся способностям. С первых лет Казанской войны дьяк возглавлял Посольский приказ. Иван IV, как говорили в Москве, любил старого советника, как самого себя. Печатник отважился на объяснение с Грозным после того, как опричники арестовали и после жестоких пыток казнили его родного брата. Он горячо убеждал царя прекратить кровопролитие, не уничтожать своих бояр. В ответ царь разразился угрозами по адресу боярства. «Я вас еще не истребил, а едва только начал,- заявил он,- но я постараюсь всех вас искоренить, чтобы, и памяти вашей не осталось!» Дьяк выразил вслух настроение земщины, и это встревожило Грозного. Оппозиция со стороны высших приказных чинов, входивших в Боярскую думу, явилась неприятным сюрпризом для царских приспешников. Чтобы пресечь недовольство в корне, они арестовали Висковато-го и нескольких других земских дьяков и объявили их «советниками» Пимена. Так новгородский процесс перерос в московское дело. Суд над московской верхушкой завершился в течение нескольких недель. 25 июля 1570 года осужденные были выведены на рыночную площадь, прозывавшуюся в народе Поганой лужей. Царь Иван явился к месту казни в окружении 1500 конных стрельцов. Приготовления к экзекуции и появление царя с опричниками вызвали панику среди столичного населения. Люди разбегались по домам. Такой оборот дела озадачил Грозного, и он принялся увещевать народ «подойти посмотреть поближе». Паника понемногу улеглась, и толпа заполнила рыночную площадь. Обращаясь к толпе, царь громко спросил: «Правильно ли я делаю, что хочу покарать своих изменников?» В ответ послышались громкие крики: «Живи, преблагой царь! Ты хорошо делаешь, что наказу ешь изменников по делам их!» Всенародное одобрение опричной расправы было, конечно, фикцией.
Стража вывела на площадь примерно 300 опальных людей, разделенных на две группы. Около ISO человек были отведены в сторону и выданы на поруки земцам. Царь «великодушно» объявил народу об их помиловании. Вслед затем дьяк стал громко вычитывать вины прочим осужденным, и начались казни. Печатника Внскова-того привязали к бревнам, составленным наподобие креста. Распятому дьяку предложили повиниться и просить царя о помиловании. Но гордый земец ответил отказом. «Будьте прокляты, кровопийцы, вместе с вашим царем!ъ- таковы были его последние слова. Печатника разрезали на части живьем. Государственный казначей Никита Фуников также отказался признать себя виновным и был заживо сварен в кипятке. Затем палачи казнили главных дьяков московских земских приказов, бояр архиепископа Пимена, новгородских дьяков и более 100 человек новгородских дворян и дворцовых слуг.
Казнь московских дьяков была лишь первым актом московского дела. За спиной приказных людей маячила боярская знать. Висковатый и Фуников получили свои чины от бояр Захарьиных, сосредоточивших в своих руках управление земщиной и распоряжавшихся при дворе наследника царевича Ивана, их родственника по материнской линии.
Опричники готовились учинить в Москве такой же погром, как и в Новгороде. В день казни Висковатого царь объявил народу с Лобного места, что в «мыслях у него было намерение погубить всех жителей города (Москвы), но он сложил уже с них гнев». Перспектива повторения в столице новгородских событий пугала руководителей земщины. Возможно, Захарьины пытались использовать свое влияние на наследника, чтобы образумить царя и положить предел чудовищному опричному террору.
Отношения между царем и наследником были натянутыми. Вспыльчивый и деспотичный отец нередко поколачивал сына. Меж тем царевичу исполнилось 17 лет, и он обладал нравом не менее крутым, чем отец. Грозный давно не доверял Захарьиным и боялся, как бы они не впутали его сына в придворные распри.
Подозрения царя насчет тайных интриг окружавшего царевича боярства зашли столь далеко, что за месяц до московских казней он публично объявил о намерении лишить сына прав на престол и сделать своим наследником сливонского короля» Магнуса. Достаточно проницательные современники отметили, что царь хотел лишь нагнать страху на земских бояр и припугнуть строптивого сына. Однако его опрометчивые заявления, сделанные в присутствии бояр и послов, вызвали сильное раздражение в ближайшем окружении наследника.
В памяти народа сохранилось предание о том, как грозный царь разгневался на сына. Из уст в уста передавали народные сказители древнюю историю о том, как царь Иван Васильевич вывел измену из Пскова и из Новгорода и призадумался над тем, как бы вывесть измену из каменной Москвы! Малюта – злодей Скуратов сказал тогда государю, что не вывести ему изменушку до веку, пока сидит супротивник (сын) супротив его. Поверив Малюте, Грозный велел казнить наследника, но за него вступился боярин Никита Романович: «Ты, Малюта, Малюта Скурлатович! Не за свой ты кус примаешься, ты етим кусом подавишься!» Благодаря заступничеству дяди царский сын был спасен.
Издатели «Сказов» считали фабулу песни «О гневе Грозного» вымышленной. Но они были не правы. В основе фабулы лежали реальные факты. Бежавший в Польшу слуга царского лейб-медика, осведомленный обо всех дворцовых тайнах, сообщил полякам, что после новгородского похода в царской семье начался глубокий раздор: «между отцом и старшим сыном возникло величайшее разногласие и разрыв, и многие пользующиеся авторитетом знатные люди с благосклонностью относятся к отцу, а многие к сыну, и сила в оружии!» Так как сила была на стороне царя, он подверг сторонников сына жестоким гонениям. В новгородском судном списке значилось, что изменники-новгородцы «ссылались к Москве… с печатником с Ываном Михайловым Висковатого и с Семеном Васильевым сыном Яковля…». Боярин С. В. Яковлев-Захарьин состоял в родстве с наследником. Опричники убили его вместе с малолетним сыном Никитой. Московское дело скомпрометировало также земского боярина В. М. Юрьева-Захарьина. Сам Юрьев несколько лет как умер, но царь выместил гнев на членах его семьи. Он велел убить дочь Юрьева и его внука и не позволил похоронить их тела по христианскому обычаю. Для царевича Ивана казнь троюродной сестры должна была послужить грозным предостережением. Многие годы при дворе наследника в качестве «близкого человека» и дворецкого служил опричный боярин В. П. Яковлев-Захарьин. Он был забит палками насмерть вместе с братом земским боярином И. П. Хироном-Захарьиным. Знаменитый земский боярин И. В. Большой- Шереметев, ближайшая родня Захарьиных, спасаясь от царского гнева, уехал на Белое озеро и постригся в монахи.
«Московское дело;- служило повторением прошедших ранее политических процессов. Его жертвами стали нетитулованная знать и высшая приказная бюрократия. После крушения суздальской знати и многократной смены боярского руководства земщины влиятельное положение в верхах сохранила лишь одна боярская группировка, а именно: та, которая заправляла делами в опричнине. На эту группу и обрушились последние удары террора. Круг политического развития таким образом замкнулся.
Московско-новгородское дело встревожило тех деятелей опричнины, которые не утратили способности сообразовывать свои действия, помимо соображений карьеры, также и со здравым смыслом.