В 1811 году герцог де-Ришелье из Анапы взял крепость Суджук-Кале. Тогда же был заложен город Новороссийск.
По указу 1811 года Анапа была причислена к разряду второстепенных крепостей; в крепости был поставлен Анапский полк.
Турки особенно упорно настаивали на возвращении им Анапы и Поти. Приближавшаяся война с Наполеоном вынудила Россию уступить. 16 мая 1812 года по Бухарестскому миру Анапу вернули туркам, вновь разрушив.
После очередного разрыва России и Турции началась очередная военная кампания. Военную группировку, созданную для взятия Анапы возглавил вице-адмирал А.С. Грейг. Сухопутным Таманским отрядом командовал генерал-адъютант А.С. Меньшиков. 2 мая эскадра из 20 судов встала на Анапском мысу. Парламентеры предложили туркам сдать крепость, последовал отказ. 3 мая к Анапе подошел Таманский отряд, состоявший из четырех батальонов, егерей и артиллерии. Гарнизон Анапы насчитывал около 6000 человек, у крепости собралось 8000 горцев, 5000 воинов было в Таманском отряде.
Началась перестрелка русского отряда с гарнизоном. 6 мая морская пехота с эскадры А.С. Грейга высадилась на берег. 7 мая началась бомбардировка крепости, по которой было произведено 8000 выстрелов. Анапа отвечала огнем; потом на эскадре насчитали 250 повреждений, было убито 6 матросов. В крепости было разрушено много зданий, но бастионы стояли. Началась осада Анапы.
Корабли постоянно бомбардировали крепость, мешая обороняющимся, перехватывали суда, идущие из Турции с помощью гарнизону; были уничтожены несколько турецких кораблей с войсками, взято в плен более тысячи турок.
Осадный отряд готовился к штурму, установил батареи и сделал редут. Русским постоянно мешали горцы, из крепости несколько раз выходили янычары. Таманский отряд вынужден был построить укрепленную линию, обеспечивавшую тыл осаждающих от нападений горцев. Часть корабельных пушек свезли на берег и поставили новую мощную батарею, также ставшую обстреливать крепость.
28 мая в 4 часа утра большой турецкий отряд вышел из крепости и напал на русские полки. С тыла бросились черкесы. Русские встали в несколько каре, отбились, отбросили горцев и отрезали турок от крепости. Из полутора тысяч турок осталось в живых меньше пятисот человек. Турки больше не выходили из крепости, а русские войска поставили третью батарею из 8 корабельных пушек 3 июня.
10 июля все было готов к штурму. А.С. Грейг вновь послал парламентера с предложением о сдаче Анапы. 12 июля комендант Сефир-бей сдал крепость на следующих условиях:
«Гарнизон крепости сдается военнопленным и будет отправлен в Россию.
Паше и чиновникам дозволяется сохранить оружие, прочее же оружие должно быть сложено в том месте, где будет назначено.
Частная собственность, исключая оружие, остается неприкосновенной, но все казенное имущество должно быть выдано.
Жителям, которые пожелают остаться в крепости будет оказано всякое покровительство».
В полдень 12 июня на стенах был водружен русский флаг. В крепости были взяты трофеи: 66 медных пушек, 11 чугунных пушек, 3 единорога, 3 фальконета, 17000 ядер, 3000 гранат, 3200 ружей, 163 пистолета, 2000 сабель, ятаганов и кинжалов, 114000 патронов, 1890 пудов пороха, большие запасы продовольствия. В плен взято 120 офицеров и 4000 солдат, знамена.
После окончания военных действий Анапа по Адрианопольскому миру вошла в состав Российской империи.
Часть горских племен ушла в Турцию. Турецкая летопись фиксировала:
«Свыше трех тысяч местных жителей, отрекшихся от ислама, во время дружбы с гяурами, пали под ятаганами янычаров у дворца анапского паши. Остальных погрузили на турецкие корабли. Люди в трюмах стояли так тесно, что никто из них не мог даже сесть. Перед уходом из Анапы воины ислама истребили все сады и виноградники, и колодцы забили тюками овечьей шерсти и засыпали землей, чтобы русским не досталось ни домов, ни плодов земли, ни чистой воды, которой славилась Анапа.
Когда турецкие суда ушли далеко в море, за их кормой еще долго багровело огненное зарево – это горела Анапа».
Город Анапа был восстановлен и заселен семьями военных, переселенцами – колонистами.
В 1830 году была построена Черноморская береговая линия укрепления заняли все устья речек и рек, для того, чтобы не давать пристанища турецким судам, привозившим горцам оружие и порох.
В 1836 году Анапу описал участник поездки Кавказского наместника графа М.С. Воронцова из восточных берегов Черного моря на корвете «Ифигения».
«Анапа имеет вид большой малороссийской деревни. Дома большею частью мазанки, покрыты камышом; улиц почти нет и жилье разбросано по азиатскому образцу, там и сям. Для турецкого коменданта сильно пострадал от нашего флота во время осады и теперь пуст. Жители отправляются с конвоем брать воду в речке Анапе, в расстоянии двух верст от крепости. Крепостные лошади пасутся за крепостью под прикрытием пушки».
В сентябре 1837 года во время путешествия по Кавказу Анапу посетил император Николай I. В июле этого года М.Ю. Лермонтов, переведенный в Нижегородский драгунский полк, писал своей бабушке Е.А. Арсеньевой: «Эскадрон нашего полка, к которому барон Розен велел меня причислить, будет находиться в Анапе на берегу Черного моря при встрече государя, тут же, где отряд Вельяминова. Пришлите мне денег, милая бабушка, на прожитье здесь мне достанет, а если вы пришлете поздно, та в Анапу трудно доставить».
В августе 1843 года об Анапе писал побывавший там барон А. фон Гакстгаузен: «Местечко это жалко, не обстроено, и только новые дома русских чиновников и офицеров напоминают некоторый европейский комфорт. Здешний комендант поручик фон Рот развел себе красивый садик. Между его гарнизонной командой находилось также около 100 черкесов, составляющих отряд, который он приучил к порядку своего рода. Это были частью волонтеры, частью пленные, определившиеся на службу. Они были люди красивые, невысокого роста, немногие из них выше среднего; стройные нежные, но нервные. Господин фон-Рот приказал показать нам несколько упражнений в их конских ристалищах. Удивительная легкость лошадей, необыкновенной проворство всадников, рыцарское вооружение и одежда представляли оригинальное и прекрасное зрелище».
В 1846 году Анапа стала городом.
Во время Крымской войны 1853–1856 годов, когда Черноморская береговая линия была снята из-за блокады, Анапа ненадолго оставлялась русскими войсками. Крепость взорвали 25 мая 1854 года, войска ушли на Кубанскую линию. Развалины Анапы стали турецким военным лагерем. Туда приезжали французские, английские и турецкие офицеры, призывая горцев к борьбе против русской армии. 10 июля 1856 году Анапу вновь заняли русские войска.
В марте 1860 года города Анапа и Новороссийск были упразднены. Анапа стала поселком, но ненадолго – с 1866 года Анапа – город-курорт.
Во второй половине XIX – начале XX века Анапа – в составе Темрюкского отдала Кубанской области.
Курортное строительство в Анапе началось в конце XIX века. Первый санаторий доктора В.А. Будзинского был открыт в 1898 году, в 1902 году при нем открылась грязелечебница. С начала XX века Анапа – известный морской курорт с великолепными пляжами, теплым морем и солнцем. Общество по изучению Черноморского побережья Кавказа писало в 1916 году о курорте:
«В 1866 г. высочайшим указом Анапа была признана торговым городом и присоединена к Кубанской области.
Анапа (44° 54° широты, 37° долготы) – широко раскинулась у устья р. Бугур (Бугур по-черкесски, или р. Анапка), на мысе, который вдался в море на 590 саж.; поэтому город с трех сторон окружен морем.
Берега этого мыса круты и представляют каменные утесы высотою от 7 до 15 саж. Мыс этот представляет собою окончание приподнятой равнины, которая на юге и юго-востоке ограничена невысокими горными хребтами. Равнина эта тянется до станицы Раевской в 19 верстах к северо-востоку от Анапы; здесь равнину замыкает новый более высокий горный хребет, и только перевалив его, попадаешь на станцию Тоннельную Владикавказской ж.д.
