Вместе с обозом гружёным серебром Ледебур и Мейер прибыли в Москву, а оттуда 4 февраля — в Дерпт. 19 марта они представили Совету университета отчёт о путешествии и сдали собранные коллекции. В дополнение к 10 тысячам рублей Ледебур испросил ещё тысячу ассигнациями на приобретение коллекций волжских рыб и тысячу — на погашение долга П.К. Фролову, который ссудил учёному эту сумму на обратную дорогу до Дерпта. В Алтайском краевом архиве хранится донесение ректора Дерптского университета Эверса Фролову от 29 января 1827 года (полученное в Барнауле 5 марта 1827 года) о том, что начальнику Колывано–Воскресенских заводов пересланы деньги (1000 рублей), взятые у него Ледебуром.
Вся остальная жизнь Ледебура была подчинена обработке собранных коллекций. 2 января 1836 года окончился его 25-летний срок службы в Дерптском университете, и с 21 января он ушёл в отпуск с полной пенсией и в звании заслуженного профессора. До 14 июня он ещё продолжал выполнять обязанности университетского профессора и директора ботанического сада, а затем уехал в Мюнхен, где провел остаток лет своей жизни, работая над последним капитальным трудом по флоре России.
Карл Ледебур скончался в Мюнхене 4 июля 1851 года. Труды Ледебура связали ботанические исследованияXVIII и XIX веков. «Флора Алтая» и «Флора России» были главными ботаническими трудами почти на целое столетие. «Флора России» содержала 6500 видов, из них 3150 были сибирскими растениями. Таким образом, далёкая Сибирь, благодаря трудам неутомимых путешественников оказалась изучена лучше, чем другие регионы России.
Д.И. Литвинов в книге
Главный труд К.Ф. Ледебура — 4-томная «Флора России»
Новые поколения учились ботанике по «Флорам» Карла Ледебура. Можно ли автору желать большего?
КРУГ ТРИНАДЦАТЫЙ. ЛЕДЕБУР, БУНГЕ, МЕЙЕР
Ботаника — особая наука. Можно учиться по книгам, можно выучить названия всех растений. Можно научиться идентифицировать растения в гербарии с их названиями, но ботаником так и не стать. Нужен Учитель — человек, который проведёт через лабиринт практического знания и научит различать хотя бы 300–500 видов растений. Только после этого начинается осознанная работа со справочником– определителем. С этого момента дополнительные знания увеличиваются с головокружительной быстротой. И чем больше знания, переданные учителем, тем быстрее ботаник узнает все растения, которые ему будут доступны. Именно таким Учителем был Карл Ледебур. Даже если бы он не написал «Флору России», а только остался в памяти как наставник таких ботаников, как А.А. Бунге и К.А. Мейер, то он всё равно прославил бы своё имя.
Александр Андреевич Бунге (1803—1890) родился в Киеве 24 сентября 1803 года. Род Бунге происходил из Швеции. Ещё в раннем возрасте Бунге вместе с семьей прибыл в Дерпт, где и поступил в местную гимназию и окончил её 18-летним юношей. В 1821 году он был зачислен на медицинский факультет университета и проучился 4 года. Его успехи в изучении наук были отмечены золотой медалью. В начале января 1826 года Бунге по просьбе начальника Колывано–Воскресенских заводов П.К. Фролова и по рекомендации К.Ф. Ледебура получил назначение на должность врача Колывано–Воскресенских заводов. Его назначение было спланировано Ледебуром, чтобы Бунге смог участвовать в знаменитом Алтайском путешествии. Однако к своим прямым обязанностям врача Бунге не приступил, поскольку сразу по прибытии был зачислен в штат экспедиции.
Выехав 16 января 1826 года из Дерпта, К.Ф. Ледебур, А.А. Бунге и К.А. Мейер 9 марта были уже в Барнауле. Пробыв там некоторое время в ожидании П.К. Фролова, а также занимаясь закупкой продуктов на дорогу, Бунге и Мейер лишь 18 марта выехали в Змеиногорск, откуда должны были отправиться по своим маршрутам. Согласно плану экспедиции, Бунге предназначалось ехать на восток, в горы, к деревне Чечулихе — крайнему русскому поселению, граничащему с областью кочевников–алтайцев. Здесь он намерен был подняться на вершины окрестных гор, побывать на Чуе, Телецком озере и Саянских горах. Однако для поездки в Саянские горы требовалось разрешение енисейского губернатора, открытое предписание с его подписью и рекомендательные письма. Ледебур обратился к нему с соответствующей просьбой, но ответ задержался настолько, что Бунге был вынужден уехать на Чую, договорившись встретиться с Ледебуром в деревне Уймон.
