Баптистская Церковь в Нью-Порте, в соответствии с источниками, появилась в 1648 году. Церкви в Нью- Порте и в Провиденсе до сих пор спорят между собой за право называться самой старой Баптистской Церковью в Америке. Вильямс позже отошел к церкви в Провиденсе, но он продолжал приносить пользу колонистам, поскольку помог получить временную хартию для Род-Айленда в 1644 году. Эта хартия была подтверждена хартией 1663 года, дарованной Карлом II. Самый большой вклад Вильямса — то, что он настаивал на отделении Церкви от государства и на свободе совести. Великое баптистское братство современности распространилось благодаря его ранней деятельности на Род-Айленде.

Центральная и Южная Америка получили однородную латинскую авторитарную римско- католическую культуру от Испании и Португалии, но в Северной Америке, за исключением Квебека и Луизианы, развивалась плюралистическая англосаксонская протестантская культура, пришедшая из Северной и Западной Европы. В 1565 году испанцы ввели во Флориде, Аризоне и Калифорнии, а позже в Нью-Мексико недолго продержавшееся там католичество. Французы принесли католичество в Квебек, но оно пустило корни в тринадцати колониях лишь в 1634 году в Мэриленде. Большинство ирландцев и немцев, приехавших после 1850 года, были католиками.

Лорды Балтиморы — Джордж Кальверт (ок. 1580–1632) и его сын Сесл Кальверт (1605–1675) — были владельцами земель, которые стали известны как Мэриленд. В отличие от идеалистического Роджера Вильямса Кальверты были заинтересованы в выгоде. С 1634 года, когда появилась колония, они проводили политику религиозной терпимости, и в колонии могли селиться не только протестанты, но и католики. Строгий политический контроль Кальвертов был сбалансирован религиозной терпимостью, пока Мэриленд в 1692 году не стал королевской колонией. Англиканство стало государственной религией в 1702 году, когда английское правительство окончательно признало акт Колониальной ассамблеи 1692 года.

Квакеры появились в Бостоне в 1656 году, но вскоре обнаружили, что пуритане Новой Англии им не рады из-за их идеи о разделении Церкви и государства и их безразличия к вероучению. После 1674 года Нью-Джерси был разделен на восточную и западную части до 1702 года, и Западный Джерси стал пристанищем квакеров. Пенсильвания же стала главным убежищем квакеров благодаря усилиям Вильяма Пенна. Чарльз II одолжил 16 тысяч фунтов отцу Пенна и в 1681 году дал Вильяму Пенну право управлять Пенсильванией, с тем чтобы выплатить этот долг. Пени сделал колонию убежищем, где могли найти укрытие все гонимые за любую веру. Это объясняет большое разнообразие сект, которое совершенно ясно видно при изучении религиозной истории Пенсильвании. В 1683 году большое количество немецких меннонитов поселились в Германтауне около Филадельфии. В 1740 году много моравских братьев поселилось в Пенсильвании. После недолгой жизни в Джорджии с 1735 по 1740 год Цинцендорф, глава моравов, поселился в Пенсильвании в 1741 году и безуспешно пытался объединить немецкие секты. Вифлеем стал ведущим центром моравов. Хотя американское лютеранство имело свое начало в голландской колонии Новый Амстердам и в шведской колонии на берегах реки Делавар, оно не имело определенной организации, пока Генри Муленберг (1711–1787) не высадился в 1742 году в Америке. Он смог образовать лютеранский Синод в Пенсильвании в 1748 году. Ко времени революции в одной только Пенсильвании уже было примерно 75 тысяч лютеран. Разнообразие было основной характеристикой религии в Пенсильвании и центральных колониях, Англиканская Церковь доминировала в южных колониях, а конгрегационалистская — в северных.

В первой половине XVII века шотландские пресвитериане по указу Якова I (вытеснить коренных ирландцев) переселялись в Северную Ирландию. Много ирландских шотландцев уезжало в колонии после 1710 года из-за экономической дискриминации против Ирландии в торговых законах Англии. К 1750 году примерно 200 тысяч этих переселенцев прибыло в Америку. Многие после небольшой остановки в Новой Англии переехали в Нью-Джерси и в Нью-Йорк, где они населили графства Ольстер и Ориндж. Большее их количество отправилось в центральную и западную Пенсильванию и начало оказывать влияние на район Питсбурга, который стал ведущим центром американского пресвитерианства. Другие отправились на юг в Вирджинию в долину Шенандо.

Фрэнсис Мэйкмай (1658–1708), ирландец, который прибыл в колонии в 1683 году, стал отцом американского пресвитерианства. К 1706 году он организовал пресвитерию в Филадельфии, и в 1716 году был созван первый Синод колоний. В 1729 году Синод принял Вестминстерское исповедание как образец веры. Пресвитериане вместе с англиканцами, конгрегационалистами и баптистами представляют самые большие Церкви в колониях.

Методизм появился в Тринадцати колониях в результате усилий Роберта Стробриджа в Мэриленде, Филиппа Эмбери и капитана Уэбба в Нью-Йорке после 1760 года. Джон Весли послал Ричарда Бордмана и Джозефа Пилмора в качестве официальных миссионеров в 1768 году. Выдающийся священник, объезжавший на лошади своих прихожан, Фрэнсис Асбери (1745–1816) прибыл в Америку в 1771 году, и в 1784 году, когда методизм был формально организован в колониях, он стал первым епископом.

Таким образом различные Церкви, созданные Реформацией, были перенесены из Европы в Америку. Мостом для этого послужила Англия в течение первых 150 лет колонизации. За исключением небольшого периода в Мэриленде и в центральных колониях, государственная Церковь обладала ведущей ролью в период до Американской революции. После революции отделение Церкви от государства сделало религиозные течения Америки зависимыми от добровольных пожертвований и от успехов благовестия, приводившего в общины людей, не принадлежащих к Церкви, и детей прихожан.

После того как были построены дома и возведены Церкви, сформировано гражданское управление и обеспечены средства существования, образование стало одной из забот колонистов. Этот интерес был в традициях Реформации, поскольку Кальвин и Лютер настаивали на системе обучения, чтобы простой человек мог читать Библию, а руководители Церкви и государства получили соответствующее их служению образование. Библия занимала первое место в их программе обучения и в программе образовательных учреждений ранней Америки, а классическое образование, подкреплявшее знание Библии, стояло на втором месте. Профессиональное обучение в колониях велось в традиции системы ученичества Англии. В соответствии с этой системой человек являлся подмастерьем в каком-то ремесле, пока сам не постигал это ремесло. Начальное образование по закону было заботой правительства в северных колониях, а в южных колониях оно давалось лишь в благосостоятельных семьях, способных нанять частного учителя. Средние школы, называемые латинскими или грамматическими, были образованы для того, чтобы подготовить человека для университета. Они обучали основам классических языков. В колледжах должны были готовиться гражданские и церковные руководители.

Гарвард был основан в 1636 году, для того чтобы «развивать знания» и обеспечить должное служение, которое могло передавать культурную и религиозную традицию современного поколения тем, кому предстоит ее наследовать. Основной целью жизни и учебы было знать Бога и Его Сына Христа так, чтобы Он стал единственным основанием знаний. Джон Гарвард, по имени которого назван колледж, завещал примерно восемьсот фунтов и свою библиотеку, состоявшую примерно из четырехсот книг, этому молодому колледжу.

Колледж Вильям в Вильямсбурге был основан в 1693 году с таким счетом, что одной из его основных функций будет воспитание, хороших служителей. Вскоре после этого в 1701 году пуритане Коннектикута открыли Йельский колледж, который должен был давать молодежи либеральное и религиозное образование, обеспечивая достаточное количество руководителей Церкви. В 1726 году Вильям Теннет- старший (1673–1746), ирландский служитель, основал Логколледж около Филадельфии, чтобы обучить своих сыновей и других детей служению. Джонатан Дикинсон получил в 1746 году хартию на образование школы, желая продолжить его усилия. Эта школа, известная как колледж в Нью-Джерси, переехала в Принстон и в конечном счете стала известна как Принстонский университет. Королевский колледж