Торквемада тут же назначил на место двух погибших трех новых инквизиторов, а служащие инквизиции переселились из старого здания в Альхаферийский замок, где находились под вооруженной охраной. Были произведены аресты и допросы подозреваемых с применением пыток, и вскоре несколько человек дали показания против заговорщиков.
Педро Санчесу удалось бежать из Испании. Его чучело было сожжено во время аутодафе вместе с живыми заговорщиками, убившими Арбуэса. Эсперандэу пронесли в клетке по улицам до входа в собор. Там ему отрубили руки, наносившие удары, после чего он был оскоплен и четвертован.
Надежды заговорщиков не сбылись. Аутодафе стали происходить в Арагоне так же часто, как и в Кастилии, инквизиция хотела показать людям свою власть. Когда один из новообращенных иудеев, убедившись, что никто из его единомышленников не может быть в безопасности в Арагоне, бежал в Наварру и нашел там убежище у принца Жаймэ, последнего, хотя он был сыном королевы Наваррской, арестовали и отдали под суд инквизиции. Его обвинили в противодействии Святой палате, а это считалось равнозначным подозрению в ереси. Жаймэ приговорили к наказанию кнутом (не на улице, поскольку он был королевского происхождения, а на церковном дворе), причем его позор был усилен тем, что при экзекуции присутствовал его незаконнорожденный двоюродный брат. Эта история всем показала могущество инквизиции, послужив предупреждением тем, кто бы хотел бросить вызов ее власти. Но ей были нужны новые жертвы. Один из заговорщиков, Гаспар де Санта-Крус, чье чучело было сожжено во время аутодафе, поскольку он бежал в Тулузу, умер, прежде чем инквизиторам удалось вернуть его в Испанию. Сын Гаспара, помогавший отцу бежать, был арестован. В наказание он должен был немедленно отправиться в Тулузу, откопать останки отца и сжечь публично. Чтобы самому избежать сожжения на костре, молодой человек выполнил этот приказ.
Что касается Педро Арбуэса, то его стали рассматривать как святого, и имя его было теперь окружено легендами. Рассказывали, что, когда он умер, колокола зазвонили сами по себе, а также, что двенадцать дней после его убийства кровь, пролитая в церкви, не высыхала и оставалась теплой. Арбузе был похоронен в той же церкви, где его убили, и ему поставили памятник. Он был причислен к лику блаженных в XVII в. и канонизирован Пием IX в XIX в. Но его гибель могла бы иметь и иное значение в истории инквизиции. Если бы народ Арагона забыл старую вражду в отношении иудеев и поднялся вместе с ними против инквизиции, то он мог бы предотвратить ее усиление и отстоять свободу мысли. Но если бы это случилось в Арагоне, то и в Кастилии последовали бы примеру арагонцев, и тогда инквизиция превратилась бы в слабое учреждение и постепенно исчезла бы, как в других европейских странах. Преследования еретиков достигли высшей точки к 1490 г., когда началось десятилетие, знаменательное для испанской истории. В 1492 г. Колумб открыл Америку, Торквемада изгнал иудеев из Испании, а Фердинанд и Изабелла изгнали мавров из Гранады, завершив тем самым Реконкисту в Испании.
В 1490 г. произошло событие, которое ускорило изгнание иудеев из Испании.
Началось с того, что некий новообращенный купец Бенито Гарсиа отправился в поездку по торговым делам и остановился на ночлег на постоялом дворе в деревне Асторга. Там в это время было много народу, и купец не смог получить отдельной комнаты, поэтому ему пришлось ночевать с соседями. Соседи эти были нечестными людьми и, обратив внимание на богатый наряд постояльца, сговорились обворовать его, как только он заснет. Когда это произошло, они стали рыться в его дорожной сумке в поисках ценных вещей, но были поражены внезапным открытием, которое заставило их отказаться от первоначального замысла. Они нашли в сумке церковную облатку, а так как их сосед был мирянином, крещеным евреем, то он должен был, скорее всего, украсть ее из церкви, совершив кощунственное преступление. Перед лицом столь тяжкого деяния ночные воры сразу забыли о собственном преступном намерении и, разбудив Гарсиа, потащили его в магистрат.
Главой магистрата был Педро де Вильяда, сотрудничавший с инквизицией, которому обещали назначение инквизитором. Поэтому задержание Гарсиа предоставляло ему хорошую возможность выдвинуться. Он потребовал, чтобы Гарсиа сознался в тайном отправлении иудейских ритуалов и краже облатки в преступных целях.
Гарсиа испугался. Он знал, что иудеев обвиняют в совершении ритуальных убийств, в похищении и распинании христианских мальчиков, и для этого они в святотатственных целях будто бы похищают «Тело Христово» из церквей. Поэтому он стал настаивать на своей невиновности. Де Вильяда приказал дать ему сто плетей. Так как Гарсиа снова не признал себя виновным, его подвергли пытке водой. После этого арестованный признал, что он тайно исповедовал иудаизм.
Однако от него требовали, чтобы он обвинил и других.
Тогда Гарсиа рассказал, что пять лет назад познакомился с новообращенным Хуаном де Оканьей, который тайно исповедовал иудаизм и убедил Гарсиа делать то же самое, но при этом умело маскироваться. Гарсиа последовал совету этого человека и тайно вернулся к иудаизму, хотя заставлял детей ходить в христианскую церковь, чтобы не быть заподозренным. Он также лживо исповедовался у священника и тайно плевал на святое причастие. Кроме Оканьи Гарсиа назвал как сообщников также Сан-Франко и его сыновей Мозеса и Юзефа, иудеев, с которыми он имел общие торговые дела.
Вильяда тут же арестовал Оканью, восьмидесятилетнего Франко-старшего и его двадцатилетнего сына Юзефа. Мозес к тому времени уже умер. Всех их доставили в тюремный замок в Сеговии. Там Юзеф тяжело заболел и, не надеясь дожить до суда, попросил, чтобы к нему допустили врача-еврея и раввина, чтобы они могли вместе помолиться.
Инквизиторы решили воспользоваться такой возможностью. Они заявили, что не могут отказать в исполнении просьбы умирающему, и решили направить к Юзефу одного из своих шпионов. Вместе с врачом к заключенному явился переодетый доминиканец Энрике, назвавшийся раввином Авраамом. С помощью притворной симпатии и ласковых слов ему удалось обмануть Юзефа. «Раввин» стал расспрашивать юношу об обстоятельствах его ареста. Юзеф, который, очевидно, знал о том, что была найдена церковная облатка, ответил, что его арестовали за то, что он замешан в ритуальном убийстве христианского мальчика.
Это сообщение придавало делу новый оборот, так как хотя все и началось с облатки в сумке Гарсиа, но ритуальное убийство в этом деле упоминалось впервые.
Вильяда не мог не оценить важности дела, которое он вел. Это было не обычное обвинение новообращенных в приверженности к старой религии. Он снова отправил Энрике к Юзефу, но тот, поправившись и, очевидно, став осторожнее, больше ничего не сообщил.
Между тем дело дошло до самого Торквемады. Он был обрадован, так как давно искал предлог для изгнания иудеев из Испании, а дело о ритуальном убийстве позволяло ему достигнуть желаемой цели. Оно могло показать королю и королеве, какой вред причиняют иудеи Испании, и возбудить против них гнев народа. Таким образом, Великий инквизитор получил возможность добиться того, к чему давно стремился, и он взял это дело под личный контроль.
Юзеф рассказал, что три года назад побывал в Ла-Гардии, чтобы купить пшеницу у семьи мельников — четырех братьев, фамилия которых, по его словам, тоже Франко, но они не родственники. Разговор с ними о делах незаметно перешел на еврейскую Пасху и ритуальный хлеб. Говорили они и о других иудейских обычаях, и братья рассказали ему, — что однажды в Великую пятницу они похитили христианского мальчика и распяли его.
После этого удивительного признания Юзефа на три месяца оставили в покое, заставив его мучиться ожиданием и неизвестностью. Только в декабре 1490 г. он снова предстал перед следствием. Сначала против Юзефа было выдвинуто только обвинение в том, что он пытался склонить христиан к отступничеству и переходу в свою веру. Но потом произошла важная перемена. Он обвинялся в связях с людьми, которые распяли христианского мальчика. Юзефа обвиняли также в похищении священного Тела Христова ради колдовства и глумления над Христом, а также в других преступлениях против церковных законов.
Юзеф, который тогда еще не знал, что «раввин Авраам» вовсе не был раввином, заявил, что все эти обвинения абсолютно ложны. Ему разрешили воспользоваться юридической защитой, и за его дело взялись бакалавр Санк и адвокат де Пантигозо.
Санк объявил, что все обвинения, предъявленные его клиенту, достаточно шаткие, чтобы его можно было осудить. Подобная ситуация допустима, когда инквизиция имеет дело с еретиками, но Юзеф — иудей и, как таковой, не может рассматриваться как еретик. Кроме того, Юзеф — человек необразованный, который едва ли мог пытаться обращать людей в иудаизм. Санк потребовал освобождения своего подзащитного.