Помимо войны с маврами у монархов были сложности и в собственном королевстве. В 1484 г. французский аристократ д'Альбрэ сделал предложение Катарине, юной королеве Наваррской. Его владения прилегали к территории Наварры, и испанские государи увидели в таком браке опасность для своей страны, так как французы давно уже стремились присоединить Наварру к своему королевству. Однако мать Катарины были француженкой, заинтересованной в таком браке, и он состоялся.
Но значительная часть населения Наварры не желала усиления французского влияния, и Фердинанд с помощью искусной дипломатии сумел заручиться поддержкой недовольных наваррцев на тот случай, если бы французы решились воспользоваться ситуацией в своих целях. Это создавало напряженность на арагонской границе, и в таких условиях королю и королеве приходилось часть внутренних дел перекладывать на приближенных, которым они больше всего доверяли. А Торквемада, с их точки зрения, заслуживал особого доверия, так как, подчиняясь Риму, все же неизменно имел в виду интересы Испании.
Изабелла, всегда отстаивавшая свою власть над Кастилией, добилась удивительных успехов в установлении законности и порядка в своих владениях. Не так легко было приучить к порядку подданных, привыкших к анархии в царствование ее отца и брата. Ей удалось добиться, чтобы феодалы, ранее выяснявшие отношения силой оружия, теперь подчинялись судебным решениям, бандиты же были искоренены по всей стане. Правительство Изабеллы не жалело сил для того, чтобы их найти и задержать, после чего их сурово наказывали.
Хотя Изабелла всегда прислушивалась к советам Торквемады и относилась к нему с огромным уважением, она никому не хотела уступать прерогатив верховной правительницы, даже если это могло повлечь за собой противоречия между королевской властью и церковью. Примером тому может служить происшествие в Трухильо в 1486 г. Местный священник за уголовно наказуемый проступок был посажен в тюрьму светскими властями. Но церковные власти всегда в таких случаях ревниво относились к деятельности светских. Они считали, что это их право — разбирать такие дела, даже если они не имели никакого отношения к церковной деятельности. Священникам, читающим проповеди, было не так уж трудно возбудить недовольство народа. Живя во времена инквизиции, многие старались угодить церкви. К тому же толпу вообще сравнительно легко возбудить, а погромы и грабежи привлекательны для многих людей, особенно когда беспорядки происходят с одобрения церкви и инквизиторов. В результате в Трухильо толпа народа ворвалась в тюрьму и освободила не только этого священника, но и других заключенных. Духовенство было довольно: церкви удалось преподать светской власти хороший урок. Однако у Изабеллы, как бы она ни поддерживала церковь, было свое мнение о том, что хорошо и что плохо для государства. Она послала в Трухильо войска, и порядок был восстановлен. Главарей бунта арестовали и казнили, а священники, подстрекавшие народ на бунт, были изгнаны из Испании. Таким образом, королева показала, что она поддерживает церковь, но до известного предела, а государственные интересы для нее важнее всего.
Результаты введения инквизиции в Кастилии не могли не обрадовать Фердинанда. Королевская казна стала пополняться, и король был уверен, что рвение Торквемады принесет нужные средства для сокрушения оплота мавров.
Между тем инквизиция в Арагоне, существовавшая там уже лет сто, была слабым институтом и по этой причине не вызывала особого протеста. Как и в других странах, она могла постепенно сойти на нет. Однако Фердинанду нужны были деньги на войну, а Изабелла хотела сделать всю Испанию католической, и добиться всего этого можно было, поставив Торквемаду по главе инквизиции также и в Арагоне.
В апреле 1484 г. Фердинанд созвал кортесы и пригласил на заседание Торквемаду, представив его как Великого инквизитора Кастилии и Арагона. Арагонцы приуныли: слухи о кастильской инквизиции и аутодафе дошли, конечно, и до Арагона. Новообращенные христиане были напуганы, и чем они были богаче, тем больше тревожились. Однако не все впали в уныние. Многие арагонцы надеялись, что, в отличие от Кастилии, им в своем королевстве удастся оказать более действенное сопротивление новому учреждению.
В Арагоне был установлен тот же порядок, что уже существовал в Кастилии. Все подданные были обязаны содействовать инквизиции под страхом подозрения в ереси. Торквемада сразу же назначил двух инквизиторов, Педро Арбуэса и Гаспара Хуглара.
Но и после этого назначения богатые новообращенные христиане не верили, что им придется жить в таком же страхе, как их товарищам в Кастилии. Они отправили две депутации, папе и Фердинанду, с просьбами сохранить старые обычаи и не вводить пока порядков, установленных Торквемадой. Эти просьбы остались без ответа, а новые инквизиторы принялись за дело не менее ревностно, чем их наставник.
Результатом их усилий стал ряд аутодафе в мае-июне 1485 г. в Сарагосе, причем несколько человек были сожжены на глазах у горожан. Прежде чем произошла новая серия аутодафе, инквизитор Гаспар Хуглар скончался от какой-то загадочной болезни. Многие сочли, что он был отравлен.
После этого произошло усиление деятельности инквизиции, однако в то же время Педро Арбуэс, второй инквизитор, стал очень осторожен. Он всегда пробовал все кушанья и напитки, которые ему подавали, никогда не выходил без охраны и носил под одеждой кольчугу, а под клобуком шлем.
Когда был арестован Леонардо Эли, один из богатейших новообращенных иудеев в Сарагосе, стало ясно, что петиции богатых и влиятельных граждан не положат конец преследованиям со стороны инквизиции. Тогда другой богач, один из самых влиятельных, Педро Санчес, собрал вокруг себя группу людей, близких по положению (среди которых были и его четыре брата, занимавшие важные государственные должности). Они стали искать выход.
Собравшись в доме некоего Луиса де Сантангеля, также занимавшего высокое положение в обществе, заговорщики пришли к выводу, что у них есть только один выход: чтобы избавить Арагон от инквизиторов Торквемады, от аутодафе и костров, необходимо прибегнуть к радикальной мере — убить инквизитора Арбуэса. После этого, полагали они, трудно будет найти желающих, чтобы занять его место, и в Арагоне не установятся кастильские порядки. Это должен был сделать один из заговорщиков, получив в награду за убийство 500 флоринов.
Шесть человек выразили желание это сделать, и среди них Хуан де Эсперандэу, чей отец в то время был в тюрьме инквизиции.
Неизвестно, знал ли о заговоре Педро Арбуэс, но после гибели своего товарища он постоянно принимал меры предосторожности против убийц, и у заговорщиков ничего не получалось. Наконец они решились осуществить дерзкий план.
Они знали, что Арбуэс должен посетить ночную службу в церкви Метрополитен. Здесь-то им и будет всего легче застигнуть его врасплох. Спрятавшись в церкви (в полутемном здании это было нетрудно), заговорщики стали ждать. Они знали, что инквизитор должен выйти из галереи и пройти через церковь, чтобы присоединиться к своим товарищам-доминиканцам на клиросе. Арбузе, верный своим правилам осторожности, появился с большой палкой в одной руке и с фонарем в другой и, как обычно, в кольчуге под одеждой. Но прежде чем взойти на клирос, полагалось помолиться, встав на колени. Этим-то моментом и воспользовались заговорщики. Пение хора позволило им неслышно подкрасться сзади к молившемуся доминиканцу. Эсперандэу, ослепленный яростью, стал наносить удары вслепую и лишь ранил монаха. Но другие заговорщики набросились на него, нанося ему удары по голове с такой силой, что им удалось покорежить шлем и ранить Арбуэса в шею. Он вскочил, но Эсперандэу, желая осуществить свою месть, обнаружил на теле Арбуэса незащищенное место и нанес ему удар мечом, после чего доминиканец упал. Заговорщики тут же бежали, так как люди, певшие в церковном хоре, поняли, что случилось что-то неладное, и побежали на помощь к пострадавшему. Арбуэс умер от ран через два дня, 17 сентября 1485 г.
На следующий день после нападения на доминиканца толпы людей стали собираться на улицах, выкрикивая обвинения против новообращенных иудеев. Убийство привело к результатам, противоположным тем, на которые рассчитывали заговорщики. Гнев народа обратился не против инквизиции, а против старой мишени — иудеев. Возникла даже угроза серьезных беспорядков, но положение спас сын Фердинанда, которому тогда было семнадцать и которого отец назначил архиепископом Сарагосским. Вместе с высшими чиновниками он проехал верхом по улицам, обращаясь к народу. Он уговаривал людей не устраивать бунта, который все равно не покарает настоящих преступников, но может принести несчастье самим его участникам. Юноша обещал людям, что правосудие восторжествует.