Маргарита была верным и очень важным союзником короля Наваррского.

Вообще, после Варфоломеевской ночи и воцарения Генриха III (1574 г.) позиция двора по отношению к гугенотской конфедерации стала более толерантной, что было связано с прогрессирующим процессом падения королевского авторитета и нарастанием внутренних беспорядков. Генрих III предпринимал многочисленные попытки мирного урегулирования религиозно-политических споров, заключал мирные договоры и соглашения, устраивал межконфессиональные конференции, наконец, пытался королевским присутствием в наиболее сепаратистски настроенных регионах восстанавливать свои утраченные прерогативы. Ради плохого мира король готов был жертвовать всем и всеми, включая своих близких родственников, — он отчаянно сопротивлялся унижению королевского Величества и развалу государства.

В 1576 г., после бегства Генриха Наваррского из луврского плена, где он находился фактически с момента свадьбы, возникла потребность нового компромисса с протестантским югом. Генрих III посылает свою мать Екатерину Медичи вести деликатные и сложные переговоры о выполнении условий очередного религиозного мира, заключённого в Бержераке 17 сентября 1577 г. В огромной свите королевы-матери в Гасконь также была отправлена и Маргарита, которой отводилась особенно важная роль стать естественным гарантом мирных соглашений. Король Франции просил сестру всячески использовать для этой цели всё свое влияние на мужа.

28 февраля 1579 г. Екатерина Медичи от имени Генриха III подписала соглашение в Нераке, по которому гугенотам передавалось 14 новых «городов безопасности» (villes de surete), где фактически не действовала королевская администрация и свободно отправлялся протестантский культ. Однако это компромиссное решение королевы вызвало противодействие среди католических лидеров, которые пытались заставить Генриха III помешать осуществлению этого плана. В их числе был и маршал де Бирон, генеральный наместник Гиени, находившийся в постоянной вражде с губернатором этой провинции — королём Наваррским. Уже в июне 1579 г. на своей конференции в Монтобане гугеноты, обеспокоенные непримиримой позицией Бирона и колебаниями короля Франции, призвали к оружию в случае, если «города безопасности» будут у них отняты. Генрих III и Екатерина Медичи с целью разрядить обстановку и найти очередной религиозно-политический компромисс решили созвать новую конференцию в Мазере (нынешний департамент Арьеж), которой и посвящено одно из названных писем Маргариты де Валуа. Речь идёт о конференции, которая проходила в резиденции архиепископов Окских (Auch) с 10 по 20 декабря 1579 г. В своём письме Генриху III (декабрь 1579) королева Наваррская перечисляет её главных участников. Протестантов возглавлял король Наваррский, католиков — губернатор Лангедока герцог Генрих I де Монморанси-Дамвиль. Короля Франции представлял один из его лучших дипломатов — Никола д'Анженн- Рамбуйе, а Екатерину Медичи — аббат де Гадань, талантливый дипломатический агент и доверенное лицо королевы-матери. Известно, что Монморанси трижды встречался с Генрихом Наваррским 14, 18 и 19 декабря и вместе с Гаданем и Рамбуйе пытался убедить гугенотского лидера отказаться от некоторых «городов безопасности», дабы удовлетворить непримиримых католиков и сохранить мир. Однако Генрих и его окружение отказались что-либо решать «без предварительного согласия депутатов от гугенотских церквей», что означало крах всех миротворческих усилий короны. Согласно анонимной «Истории гражданской войны в Лангедоке» «на этой конференции не было принято никакого полезного решения».

Вернемся к письму Маргариты. Она пишет, что миссия аббата де Гаданя предполагала также осуществление примирения маршала де Бирона и короля Наваррского, но к её «огромному сожалению Гадань ничего не смог сделать» в этой связи. Здесь же королева сообщает о внезапном отъезде Генриха из Мазера в Нерак, чему не находит объяснения, поскольку это срывало конференцию и оставляло в недоумении её участников. Однако в «Журнале» Летуаля есть упоминание о попытке Бирона, раздражённого несговорчивостью короля Наваррского, захватить его в плен во время переговоров. Спешный отъезд Генриха смешал карты посланцам двора, которые не могли возвратиться в Париж без какого-либо положительного результата. Рамбуйе сумел вновь убедить короля Наваррского встретиться с ним в том же Мазере и уговаривал его не поддаваться на провокации Бирона. Одновременно он передал Маргарите от имени короля Франции просьбу всеми силами способствовать поддержанию мира в регионе. В конце своего письма Генриху III королева Наваррская заверяет его, в свою очередь, что сделает всё возможное, добавляя: «Всю свою жизнь я буду исполнять всё то, что касается Вашей службы и Ваших приказаний, как самая нижайшая и покорнейшая из всех Ваших подданных».

Возлагая большие надежды на свою сестру, Генрих III, находясь под прессом католических грандов, в то же время продолжал попытки нарушить соглашение в Нераке и отнять некоторые города у протестантов. Политика двора была непоследовательна. В помощь Маргарите в феврале 1580 г. король послал в Гиень Филиппа Строцци, в то время командующего сухопутными войсками. Целью его визита была очередная попытка примирить губернатора Гиени и генерального наместника. Этой теме посвящено следующее послание королевы Наваррской Екатерине Медичи. Оно датировано апрелем, когда уже стало ясно, что мирные переговоры зашли в никуда, поскольку конфликтующие стороны не желали уступать и мириться. Это означало новую, уже седьмую по счёту, религиозную войну католиков и гугенотов. Предотвратить её было не в силах Маргариты, поэтому тон её письма весьма оправдательный: «Мне остаётся только нижайше просить Вас не лишать меня… Ваших милостей, благодаря которым я надеюсь пережить все свои несчастья». Королева Наваррская не смогла выполнить предписание своей матери и брата и не предотвратила новый вооружённый конфликт, а по распространённому мнению, даже явилась вдохновительницей войны, так называемой войны влюблённых, поскольку была влюблена в гугенота виконта де Тюренна. Версия эта довольно убедительна, так как она объясняет последующее резкое охлаждение отношений Маргариты с Генрихом III и Екатериной Медичи, которые считали, что королева Наваррская была обязана заниматься в Нераке исключительно вопросами политики в пользу дома Валуа, а не многочисленными любовными похождениями.

«Войной влюблённых» этот непродолжительный конфликт середины 1580 г. окрестил соратник Генриха Наваррского, будущий писатель и поэт Агриппа д'Обинье, заверяя, что все его инициаторы при наваррском дворе в Нераке были влюблены и желали прославиться, а Маргарита де Валуа, увлечённая Тюренном и раздражённая на Генриха III за вмешательство в свою личную жизнь, стала его главной вдохновительницей. Однако эту версию не поддерживает Элиан Вьенно, автор последней добротной биографии королевы Наваррской, и для этого есть основания.

Новый всплеск противостояния на юге Франции зрел давно и был связан с общими, не разрешёнными ни одним предыдущим миром, противоречиями католиков и гугенотов. Провал конференции в Мазере открыл путь для новой войны, которую желали лидеры обеих партий. Только Генрих III и его мать отчаянно пытались спасти положение, но у них не было достаточной власти и возможностей. Они весьма рассчитывали на помощь Маргариты, которую не без успеха уже использовали для осуществления мирных инициатив. Вся многочисленная корреспонденция королевы Наваррской за 1579–1580 гг. доказывает, насколько серьёзно относилась она к своей миссии, подробно информируя их обо всех важных событиях в Гаскони и своём посредничестве. В своих мемуарах Маргарита не скрывает свою неприязнь к войне, так как созданный ею двор в Нераке приобретал черты стабильности, наполненный привлечёнными на службу дамами и кавалерами разных вероисповеданий. Она гордилась своим двором и не хотела подвергать его опасностям: «Наш двор был такой красивый и приятный, что мы совершенно не завидовали двору Франции в Париже. В моей свите было много дам и фрейлин. Окружение короля, моего мужа, состояло из сеньоров и дворян, самых благородных и галантных, каких я только видела […]. Несмотря на то что мой муж […] доверял мне более, чем кому бы то ни было, я не смогла убедить ни его, ни его советников [не вступать в войну], ничто не могло удержать эту рвущуюся в бой силу […]. Видя, что всё идёт к войне, я часто предупреждала об этом короля Франции и королеву, свою мать, и просила, чтобы они хоть как-то помешали возникновению конфликта, посредством уступок моему мужу. Но они не обращали внимания на мои просьбы».

Вместе с тем королева Наваррская отстаивала перед своими родственниками право на свободу личной жизни, поскольку она была уже принесена ими в жертву политике. Генрих III отказывался понимать сестру, которая, по его мнению, недостаточно активно выполняла свой долг по отношению к королевской семье и своими действиями только усугубляла положение. В период прогрессирующего политического беспорядка в стране король Франции не мог простить даже малейшего своеволия и неповиновения среди