Так появилась «Бохара-и-Шериф» – «Благородная Бухара», горд на левом берегу реки Зеравшан, будущая столица будущего ханства.
Еще в VI веке до нашей эры бухарские земли вошли в состав Персидского царства Кира и Дарья. В начале VII века этими землями завладели арабы. В IX веке Бухарой стали править Саманиды, создавшие крупнейшее государство, занимавшее почти все земли Средней Азии. Впервые Бухара стала столицей независимого и могущественного государства. В 1370 году Бухара вошла в состав государства Тамерлана, став при его внуке Улукбеке крупнейшим культурным центром Средней Азии.
В 1506 году Бухару завоевал узбекский хан Мухаммед Шейбани, последний великий полководец из потомков Чингизхана. Наибольшее расцветы политического влияния Бухара достигла при хане Абдулле II Шейбаниде (1557–1598). В 1573 году были завоеваны Балх и Фергана, в 1576году Ташкент, в 1582 году Харасан, Герат и Мешхед. Тогда же торговые и дипломатические отношения были установлены с Московским царствомю
После смерти Абдуллы-хана и убийства его сына династия Шейбанидов в Бухарском ханстве прекратилось. В продолжение XVII–XVIII веков страной, ставшим Бухарским эмиратом, управляли родственники Шейбонидов по женской линии Джаниды, после которой власть в 1785 году перешла к новой династии – Мангытам.
Первая городская стена Бухары была построена в начале IX века для защиты населения от набегов кочевников. Она неоднократно разрушалась, но всегда восстанавливалась. В середине XIX века Бухаре насчитывалось 360 улиц, около полусотни караван-сараев и столько же крытых и открытых базаров. В городе действовало 350мечетей по числу улиц, более сотни медресе. На регистане, главной площади Бухары, возвышался дворец эмира, там же находились главные мечети медресе, располагался главный базар. Городские постройки были кирпичные и глинобитные. В домах был один или несколько двориков, обнесенных невысокими строениями. Окна домов выходили во внутренние дворы. Стекла заменяли деревянные решетки, все крыши были плоские.
Бухара являлась главным торговым городом Средней Азии, поддерживая обширную торговлю с Москвой, Поволжьем, Европой, Индией, Афганистаном. Сохранилось описание главного средне-азиатского базара второй половины XIX века:
«Стоит только раз взглянуть на бухарский базар с его громадными караван-сараями из жженного кирпича, набитыми всевозможными товарами из многих стран, с его торговцами, чтобы сказать, что этому рынку нет равных.
Из Индии, Афганистана сюда идут до тысячи предметов товара амбра (краски, лекарства), десятки сортов зеленого чая, масса хлопчато-бумажных материй, шали, парчи, опий, фаянсовая посуда, металлические изделия, печатные книги. Персия снабжает Бухару некоторыми красками, ситцем, серой, перцем, серебром, оружием, большим количеством книг. Из Хивы приходят готовые шубы, льняное масло, баранье сало, пшеница, рис, яблоки, бараны, мак, из которого приготавливается одуряющий напиток, желтый купорос. Из России везут сахар, конфеты, чугунные котлы. Афганистан присылает сухие фрукты, меха, баранов и рабов, Мерв – туркменских лошадей и оружие. На бухарском базаре множество местных товаров – хлопок, шелк, шерсть, пряжа, меха, кожи, краски, хлеб, бумага, одежда. Бухара отправляет в Афганистан золото, шелк, верблюжью шерсть, козий пух, шелковые материи, русское сукно, бархат, атлас, беличьи шубы, лошадей, ишаков, даже кошек и соловьев. В Хиву едут чай, табак, опий, хлопок, шелк, материи. В Персию едут золото, овчина, шелк, сукно и бархат.
Не разгадав Бухары, мы никогда не поставим средне-азиатскую торговлю в выгодное для нас положение, даже более – может случиться, что вследствие незнания бухарского рынка, мы его окончательно потеряем, уступив другим то, что было у нас под носом. А тогда по пословице: «Близок локоть, да не укусишь» – поправить ошибку будет уже невозможно».
Во второй половине XIX века главой Бухарского ханства был эмир, «государь городов, сел и народов, находящихся в ханстве». В провинциях правили его наместники, еженедельно отчитывающихся перед эмиром. В случае военного похода эмир мог собрать до 50 тысяч воинов. Доступ к нему был почти свободен.
С древнейших времен Бухара считалась центром мусульманской учености, прославленная Авиценной и Улукбеком. По количеству школ и грамотных людей она по праву занимала первое место в Средней Азии. Почти каждая улица Бухары имела свою школу. Они строились и по приказанию эмира и на добровольные пожертвования жителей. В школах учили читать и писать, принимая туда детей с пятилетнего возраста. Занятия шли с утра и до пяти часов вечера. Дети учились несколько лет и после окончания школы могли поступить в медресе. За время учебы студенты изучали сто пятьдесят учебников. Число учеников в школах составляло сто пятьдесят тысяч из более чем двухмиллионного населения бухарского эмирата.
В конце 1860-х годов Бухарское ханство как вассальное вошло в состав Российской Империи. После взятия Хивы генерал-губернатор туркестанского края предложил бухарскому эмиру условия мира, главным из которых было свободное ведение торговли российскими купцами. В сентябре 1873 года был подписан мирный договор между туркестанским генерал-губернатором К Кайфманом и Эмиром Бухарским Сеид-Музафером:
«С присоединением ныне к русским владениям хивинских земель все караванные дороги проходят только через земли русские и бухарские. За безопасностью караванного и торгового движения по этим дорогам будут блюсти оба правительства, русское и бухарское, каждое внутри своих пределов.
В той части реки Амударьи, которая принадлежит Эмиру Бухарскому, предоставляется свободное плавание наравне с бухарскими судами и русским пароходом, как правительственным, так и частным.
В тех местах Амударьи, где окажется необходимым и удобным, русские имеют право устраивать свои пристани и склады для товаров.
Все города и селения Бухарского ханства отныне открыты для русской торговли. Торговые обязательства между русскими и бухарцами должны быть исполняемы свято и ненарушимо.
Русским подданным наравне с бухарскими подданными предоставляется право заниматься в бухарских владениях разными промыслами и ремеслами, допускаемыми шариатом.
Русским подданным предоставляется право иметь в ханстве недвижимое имущество, покупать дома, сады и пашни, равно как и бухарским в России.
В угоду Государю императору Всероссийскому и для вящей славы Его Императорского Величества, Высокостепенный Эмир Всеид– Музафер постановил: отныне в пределах бухарских прекращается на вечные времена постылый торг людьми, противные законам человеколюбия».
В 1893 году Бухарское ханство было включено в русскую таможенную черту. Во всех городах ханства и пограничных пунктах были построены российские таможни, подчинявшиеся Санкт-Петербургу. Бухарский эмират потерял остатки политической самостоятельности.
В 1710 году из Бухарского ханства выделилось Кокандское, просуществовавшее до 1876 года. Кокандские ханы стремились предать своей династии блеск древности. По преданию, знаменитый султан и потомок Тамерлана Бабур направлялся с Самарканда в Индию. В феврале его жена родила сына, который вырос в узбекском племени минг. Один из его потомков в 1732 году основал город Коканд, ставший столицей нового государственного образования. Молодому Коканду удалось отбиться от Бухары, кокандцы несколько раз захватывали Самарканд, Ходжент, Шахрисабз. К 1760 году состав Кокандского ханства входили Андижан, Наманган, Маргелан с округами.
Наибольшего политического значения Кокандское ханство достигло при ханах Алиме (1800–1808), Омаре (1809–1822) и Мухаммеде-Али (1822–1842). Алим-хан завоевал Ходжент, Куляб, Чимкент, даже Ташкент, 15 раз ходил на Ура-Тюбе. Омар-хан завоевал всю Туркестанскую область. На правом берегу Сырдарьи он построил крепости Кумыш-Курган, Ак-Мечеть, Пиш-Пек. Мухаммед-Али распространил влияние Коканды на Памир. В 1842 году он был убит бухарским эмиром Насруллой. Кокандское ханство попало под власть Бухары, но не надолго. В 1852 году независимость Коканду вернул Худояр-хан, правивший до 1875 года.
Кокандское ханство занимало совершенно замкнутую долину, с трех сторон окруженную почти неприступными горами Тянь-Шани. По всей плодородной и прекрасной Ферганской долине текла река Нарым, после впадения в нее реки Джумгал, называвшаяся уже знаменитая Сырдарья. Караванные пути были проложены на Ташкент, Ходжент и Кашгар. Горные вершины были всегда покрыты вечным снегом, а внизу, в долине росли почти тропические растения. В Ферганской долине не было удушливой
