СССР 1958 года. Спасский, которому нужна была победа, чтобы попасть на межзональный турнир в Портороже, проиграл и впервые за несколько лет плакал. Его будущий соперник в борьбе за первенство мира Тигран Петросян, принимавший участие в турнире, вспоминает: «Когда я подошёл к доске, Спасский поднял на меня глаза. Это был взгляд загнанного зверя».
Спасский увидел, как легко милостивые улыбки властей превращаются в хмурые лица. В том же году на командном чемпионате мира среди студентов в своем родном городе он проиграл на первой доске талантливому американцу Уильяму Ломбарда, который будет секундантом Фишера в Исландии. Сборная США взяла первое место. За плохую подготовку Спасскому на два года запретили играть за границей. Дважды подряд ему не удавалось выйти в межзональные турниры и, следовательно, в турниры претендентов 1959 и 1962 годов. «Моя нервная система была полностью разрушена», — вспоминает Спасский.
Спад в его игре совпал с беспорядком во взаимоотношениях. В 1960 году он расстался с Толушем. Михаил Бейлин, который с 1967 по 1971 год был начальником отдела шахмат Спорткомитета, рассказывает: «Толуш очень расстроился — ведь у него не было собственных детей, и он все время уделял Борису. Он сопереживал «трудным подросткам» и очень многому научил Спасского». Спасский отдает Толушу должное:
Влияние Толуша продолжалось. В матче на первенство мира с Петросяном, уже после того как учитель и ученик расстались, гроссмейстер Ефим Геллер еще замечал в игре Спасского «отпечатки пальцев» старого тренера. В критический момент, писал Геллер, «начинали грохотать пушки Казимирыча».
Но после восьми лет, проведённых вместе, их отношения, по словам Спасского, постепенно зашли в тупик. «Толуш жаловался, что я превратился в неуправляемую ракету». Тренер был утомлён необходимостью постоянно вытаскивать своего ученика из неприятностей с учёбой, КГБ и шахматной федерацией. Существовали и домашние проблемы.
В 1959 году, вопреки желанию Толуша, Спасский женился на студентке филологического факультета университета Надежде Латынцевой. Год спустя родилась дочь Таня. Супружеская жизнь была нелёгкой: они жили у Спасских вместе с его матерью, братом и сестрой во «дворце» площадью двадцать восемь квадратных метров. Вскоре после рождения дочери Спасский начал настаивать на разводе, позже объяснив причину так: «Мы превратились в слонов противоположного цвета». Жена не давала развода и отказывалась покидать «дворец». Завязалась внутренняя война. В конечном итоге, через профсоюзные контакты, Спасский нашёл ей однокомнатную квартиру, и Надежда уехала. Однако процедура развода все равно затянулась, что, естественно, пагубно сказалось на его душевном состоянии.
Во время этого сложного этапа Спасский часто проигрывал, упускал выгодные возможности, был склонен к меланхолии и пессимизму. Однако в 1962 году его личная жизнь стабилизировалась и шахматные показатели улучшились. Он получил развод и встретил Ларису Соловьёву, ставшую его второй женой. Они познакомились на пляже небольшого городка Зеленогорска и обнаружили, что живут в Ленинграде в одном доме. В 1966 году состоялась свадьба.
Со Спасским начал работать новый, близкий ему по духу тренер Игорь Бондаревский. Предками Бондаревского были донские казаки, что дало ему прозвище «Казак». Пережитая война сказалась на нервах, помешав реализовать шахматное дарование, и в последний раз он участвовал в турнире в 1963 году. Спасский описывает его как проницательного, живого, пытливого человека, с благородными и честными манерами. Он добавляет, что взрывной темперамент Бондаревского в сочетании с «амбициями и тщеславием не давал возможности прощать грехи других». Тем не менее Спасский, называвший его «фатером», признаёт, что годы, проведённые с ним, с 1961 по 1969-й, были «лучшими в жизни» (Бондаревский оставался его тренером вплоть до 1972 года). «Он стал моим другом, опытным наставником, великолепным учителем, прекрасным психологом и, в определённом смысле, отцом». Терпение, дисциплина, стремление сражаться до последней пешки — вот те качества, которые новый тренер развивал в своем ученике.
Под влиянием Бондаревского результаты Спасского постепенно улучшались. В конце 1961 года он выиграл чемпионат СССР: десять побед, девять ничьих и лишь одно поражение. В следующем году он поделил 2-3-е места на крупном турнире в Гаване, а в чемпионате СССР-1963 снова претендовал на первое место, но пропустил вперёд гроссмейстера Леонида Штейна. Спасский начал всерьёз задумываться о мировом титуле, заявив тренеру в 1964 году: «Я стану чемпионом». Он имел в виду, что отберёт корону у другого советского шахматиста, армянина Тиграна Петросяна.
Межзональный турнир 1964 года проходил в Амстердаме, и делёж первого места с Талем, Смысловым и Ларсеном вывел Спасского в претенденты. После обвинения в сговоре, выдвинутого Фишером, претендентский этап проводился не в виде турнира, а как серия стыковых матчей. Существовало дополнительное условие: лишь три представителя СССР могли участвовать в матчах претендентов, поэтому конкуренция между советскими игроками в межзональном турнире была более жёсткой, чем между шахматистами других стран. Ведь советский участник должен был финишировать третьим, чтобы попасть в претенденты, тогда как остальным участникам достаточно было занять восьмое место. Спасский полагал, что это нечестно.
Турниры с большим количеством игроков были обычной формой соревнований. Но Спасский никогда ранее не принимал участия в продолжительных матчах — серии партий против одного противника — и считал их физически и умственно истощающими. Тем не менее 1965 год стал его annus mirabilis (год чудес — лат.): он стал претендентом номер один, сперва победив Кереса в драматичной битве, потом Геллера, а затем и экс-чемпиона мира Михаила Таля. Итак, только Петросян отделял теперь Спасского от титула чемпиона мира. Спасский не был его поклонником, характеризуя Петросяна как короля, который «царствует, но не правит»; чемпион мира, но не сильнейший в мире. Борис понимал всю трудность своего положения: он, бедный студент, столкнулся лицом к лицу с социально и политически защищённым национальным героем Армении.
Матч 1966 года проходил в Москве и, за исключением шахматных кругов, был фактически проигнорирован Западом. Спасский выступил вполне достойно, уступив лишь одно очко. Его стиль и манера игры Петросяна были диаметрально противоположными. Прямая, открытая, атакующая игра Спасского, часто называемая «универсальной», не имела системных слабостей: он был напорист в атаке, крепок в защите, осторожен в миттельшпиле, грандиозен в эндшпиле; способен и на марафонские битвы, и на ошеломляющие миниатюры. Стиль Петросяна был стратегическим, неторопливым и для тех, кто не был в состоянии оценить его невероятную тонкость, скучноватым. Большинство игроков имеет свой стиль – так сказать, шахматный отпечаток пальцев, но редко у кого он бывает таким отчётливым, как у Петросяна. Его игра требовала от оппонента либо приспособиться, либо умереть. На вопрос, почему Спасский проиграл, Ботвинник ответил, что он не смог «запрограммировать себя на Петросяна».
Два месяца спустя Спасский выиграл турнир в Санта-Монике, названный им «турниром жизни» (Фишер пришёл вторым). Победа принесла ему много денег — пять тысяч долларов. Затем последовал небольшой спад в игре, который связывают с личным счастьем, обретённым им в совместной жизни с Ларисой, и рождением в 1967 году сына Василия. Вспоминая те времена, Спасский говорит: «Я был примерным советским гражданином. Путешествовал, играл и наслаждался жизнью». В матчах претендентов 1968 года он успешно справился с Геллером (5,5:2,5), Ларсеном (5,5:2,5) и Корчным (6,5:3,5), проиграв лишь две партии из двадцати шести. За победу над Ларсеном он удостоился ордена «Знак Почёта» (в 1955-м ему дали медаль «За доблестный труд», довольно заурядную советскую награду, и он прокомментировал это в книге «Большая стратегия» так: «Вот и всё, что я получил»).
В 1969 году он вновь встретился с Петросяном в борьбе за мировой титул. Церемония открытия матча прошла в Московском телевизионном театре, так что свидетелем этого события была вся страна. Однако у широкой западной публики битва Петросяна со Спасским снова не вызвала
