велию просияти славу божию, яже ныне вашим пришествием благополучно паки обновляется; целуют вас общему житию начальницы, преподобный Антоний и Феодосий Печерстии и все преподобнии, лета и живот свой о Христе в сих пещерах изнурившие; целуем и мы о Христе ваше благородие со всем освященным собором, целующе ж любовне взываем: внидите в дом бога нашего и на седалище первейшее благочестия русского, да вашим пришествием обновится яко орля юность наследия благочестивых великих князей русских». Сильвестр стал известен в Москве летом 1651 года, когда прислал государю следующую грамоту: «Избран я на митрополию киевскую во время нужное, когда учинилась в нашей Литовской земле нынешняя междоусобная брань; крестьяне, приписанные к церкви св. Софии, пошли теперь в козаки, церкви доходов, послушания и строения от них нет, только надеемся помощи от бога и от твоего царского величества. В церкви св. Софии нет книг: двенадцати миней месячных да прологов на весь год, да Феофилакта, да устава большого; а я от многих наездов властелинских, которые властели приезжают в Киев из Польши от панов и от козацких старшин, изнищен до конца, не могу ничего купить. Вели, государь, дать свое жалованье: 12 миней месячных да прологи сентябрьские и мартовские, да Феофилакта, да устав большой, и на меня умилосердись, на одежду теплую пожалуй, чем бы мне зимою согреться». Просьба осталась без исполнения, потому что митрополит не подписался на грамоте своею рукою. Во время последних сношений Хмельницкого с царем о подданстве Сильвестр не отозвался ни разу; в Москве показалось это очень странным: дело идет об избавлении православных от гонения нечестивых латин, Малая Россия соединяется с Великою во имя восточного православия, а митрополит молчит; помнили поведение Иова Борецкого и тем более изумлялись поведению Сильвестра Коссова. Но между положением Иова и Сильвестра была большая разница: Иов держал митрополию во время сильного разгара борьбы между православием и унией, когда новопоставленные архиереи православные подвергались тяжелым нареканиям и преследованиям; Иов в крайности искал спасения везде, обращался к козакам, обращался к Москве, причем все другие расчеты и соображения были забыты. Но Сильвестр правил церковью совершенно в иное время, когда благодаря Хмельницкому религиозные преследования затихли: правда, католические прелаты не пустили Сильвестра в сенат, зато в Киеве его никто не трогал, в Киеве никто не запирал церквей православных. Прекращение гонений давало простор другим интересам: Сильвестр был шляхтич и потому не мог не сочувствовать шляхетскому государству, а главное, при польском владычестве он был независим, ибо зависимость от отдаленного и слабого патриарха византийского была номинальная, тогда как при подданстве Малороссии московскому государю трудно было избежать зависимости от московского патриарха, которая была уже не то.

После молебна спросил Бутурлин митрополита: «Почему в то время, когда гетман Богдан Хмельницкий и все Войско Запорожское много раз били челом великому государю принять их под свою высокую руку, ты никогда о том не бил челом, не писал и не искал себе милости царской?» Сильвестр отвечал, что он ничего об этом не знал, а теперь за государево многолетнее здоровье и за государыню царицу и за благоверных царевен он должен бога молить. 17 января приведены были к присяге сотники, есаулы, атаманы, козаки и мещане киевские; но когда Бутурлин послал к митрополиту и печерскому архимандриту, чтоб они прислали к присяге шляхту, слуг и всех своих дворовых людей, то получил ответ, что, переговоря вместе, дадут знать. На другой день, 18 числа, Бутурлин опять послал сказать митрополиту, чтоб он, служа великому государю, склонял подвластных своих к присяге, не отвращал от нее. Митрополит отвечал, что шляхта, слуги и дворовые люди его не принадлежат к Софийскому дому, служат ему но найму и потому не годится им присягать царю. Послы употребили угрозы, митрополит продолжал утверждать, что шляхта и дворовые люди его вольные, что он их к присяге не вышлет, что в пастве его много епископов и духовенства, которые остаются в литовских городах, что если король узнает о присяге его шляхты и дворовых людей царю, то велит изрубить этих епископов и духовенство, и он, митрополит, обязан будет отвечать за души их богу. При этом Сильвестр никак не хотел видеться с Бутурлиным. Наконец, 19 числа, митрополит уступил, и шляхта его, слуги и дворовые люди, также и слуги печерского архимандрита были приведены к присяге.

В конце января Бутурлин с товарищами отправился назад в Москву. Стольник Головин выехал к нему навстречу в Калугу с государевым милостивым словом и между прочим говорил: «А что было гетман и полковники говорили вам, чтоб за нас, великого государя, учинить присягу, что нам за них стоять и вольностей их не нарушить, и вы, служа нам, великому государю, то у них отговорили и все учинили по нашему указу». В начале марта приехали в Москву посланники Хмельницкого, генеральный судья Самойла Богданович Зарудный и переяславский полковник Тетеря, бить челом: 1) чтоб в городах урядники были выбираемы из малороссиян, люди достойные, которые должны будут всем управлять и доходы в казну царскую отдавать; если же приедет царский воевода и станет права их ломать и уставы какие-нибудь чинить, то это им будет в великую досаду. Царь пожаловал, велел быть по их челобитью, только прибавлено, что при сборе казны над малороссийскими урядниками наблюдают люди, присланные государем. 2) Чтоб вольно было гетману и Войску Запорожскому принимать иностранных послов; а если б послы эти пришли с чем-нибудь противным царскому величеству, то давать знать об этом государю. Царь указал: о добрых делах послов принимать и отпускать, давая обо всем знать в Москву подлинно и вскоре; послов, пришедших с противным делом, не отпускать до указа царского; с турским же султаном и польским королем без указа царского не ссылаться. 3) Чтоб число реестровых козаков было 60000. На это последовало согласие. 4) Чтоб по смерти гетмана Войско Запорожское само избирало нового. Государь указал и бояре приговорили: быть по их челобитью. 5) Чтоб права, данные князьями и королями духовным и мирским людям, не были нарушены. Последовало согласие. Хмельницкий выпросил себе у царя город Гадяч с принадлежностями в потомственное владение.

С посланниками гетманскими все было улажено, но вот в том же марте месяце пришла грамота из Киева от воеводы князя Куракина с товарищами: как приехали они в Киев и города Киева со всякими людьми осматривали, где бы построить крепость от прихода польских и литовских людей, и нашли место на горе близ Софийского монастыря, то митрополит объявил им, что он этой земли не уступит и города или острога на этом месте ставить не даст, потому что то земля его, митрополичья, софийская, Архангельского и Никольского монастырей и Десятинной церкви, под его митрополичьею паствою; а если они, бояре, хотят черкас оберегать, то они бы оберегали от Киева верст за двадцать и больше; а если бояре начнут ставить город на том месте, которое выбрали, то он станет с ними биться; хотя гетман со всем Войском Запорожским и поддался государю, но он, митрополит, со всем собором о том бить челом к государю не посылывал, и живет он с духовными людьми сам по себе, ни под чьею властию; и начал митрополит боярам грозить: «Не ждите начала, ждите конца; увидите сами, что над вами вскоре конец будет», и в городовом деле отказал впрямь. Тогда воеводы сказали ему, что они его слушать не будут, слушают государева указа, и, поговоря с полковниками и со всякими городскими людьми, начали ставить город на избранном месте. Получивши это донесение от воевод, государь писал Хмельницкому, чтоб он велел ехать митрополиту в Москву — дать о себе исправленье . Но гетман вступился за митрополита и велел сказать воеводам, чтоб они на том месте острога не делали, потому что прав церковных и даянья православных князей ломать нельзя. Тогда царь написал к гетману, что он вместо избранной под крепость земли даст митрополиту и церквам другие земли и чтоб митрополит не оскорблялся.

В июле 1654 года приехал в Москву никольский игумен Иннокентий Гизель с товарищами бить челом о подтверждении прав малороссийского духовенства и подал царю грамоту от митрополита Сильвестра, в которой тот оправдывал свое сопротивление крепостной постройке: «Известно буди вашему царскому величеству, то я это сделал не из сопротивления вашему царскому величеству, как некоторые на меня наклеветали, но потому, что земля эта с древних времен принадлежит митрополии и предшественники мои много страдали, защищая ее, и я, преемник их, не захотел этой земли от церкви божией отлучить, ибо и корм только от этой земли мне идет. Вот почему я и спрашивал, есть ли письменное повеление вашего царского величества строить твердыни града на церковной земле; в старину у нас был такой обычай, что, прежде чем приказывать и брать, показывали письменное приказание пославшего, но воеводы не имели письменного повеления вашего царского величества. Прости меня, всемилостивый царь! сделал я это ради ревности к месту святому церковному, а не из сопротивления вашему царскому величеству. К тому же и от гетмана Богдана Хмельницкого, теперь нашей земли начальника и повелителя, я имел приказание мимо его указа никому не позволять ничего делать и брать, и я не смел преступить этого приказания, а послал объявить об этом гетману, и как скоро он прислал мне указ, чтоб я позволил строить крепость, то я оставил всякое сопротивление, благословил воеводам строить. А что я не посылал до сих пор посланников моих с челобитьем к вашему царскому величеству, то это происходило не от нерадения моего или презрения вашей