С 30 января 1918 года — председатель Совета объединенных приходов московских церквей.

25 сентября 1918 года — первый арест и заключение в Бутырской тюрьме.

В апреле 1919 года выпущен из тюрьмы по личному распоряжению Дзержинского и лето провел в бывшем имении жены — усадьбе Абрамцево.

15 августа 1919 года — второй арест и заключение в Таганской тюрьме.

16 января 1920 года — приговорен к расстрелу, но «ввиду победоносного завершения борьбы с интервентами» суд счел возможным заменить высшую меру наказания «заключением его в тюрьму впредь до окончательной победы мирового пролетариата над мировым империализмом».

В марте 1922 года выпущен из тюрьмы и три с половиной года прожил в Абрамцеве.

Осенью 1925 года — третий арест и семимесячное заключение в тюрьме на Лубянке, после чего осужден на три года ссылки за церковную деятельность и отправлен по этапу в Якутию.

Летом 1929 года отпущен из Якутии и отправлен на жительство в Кострому, где прошли два последних года его жизни.

Сухие факты. Но за ними — полнокровная, жертвенная жизнь. Это даже не жизнь, а житие. Вот лишь три крохотные сценки, без разграничения на главные и второстепенные. Ведь даже вороша свое собственное прошлое, мы зачастую не в силах понять, что считать в нем значимым, а что — пустяшным.

Рассказ Самарина о своей встрече с Николаем II в Барановичах 20 июня 1915 года.

«Я надел мундир с орденами и стал ожидать приема у Государя. Мне пришлось ждать несколько долее, чем я предполагал, т. к. Государь из палатки, где выслушивал доклад о ходе военных действий, направился в местный лазарет. Наконец, меня позвали к Государю. Вагон Государя имеет какое-то особенное устройство. В нем так же, как в других вагонах, идет сбоку коридор, но из этого коридора нет обычных дверей в отделения. В конце коридора лакей отворил мне дверь, и я вошел в небольшой кабинет Государя. Сбоку у наружной стены, между окон, стоял письменный стол, а у стены, перпендикулярно к наружной, был диван и несколько кресел. Над диваном висело зеркало. Государь встретил меня приветливо словами:

— Здравствуйте, Александр Дмитриевич. Вы приехали вчера?

— Да, Ваше Величество. Я извиняюсь, что, по-видимому, запоздал своим приездом.

Обращение Государя «Александр Дмитриевич», вместо прежнего «Самарин», заставило меня сразу почувствовать, что решение назначить меня обер-прокурором уже принято Государем. Государь сел на диван, а мне повелел сесть в кресле против него так, что я видел себя все время в зеркале.

— Мне писал Горемыкин, что Вы отказываетесь от предлагаемой Вам должности обер-прокурора Св. Синода.

— Да, Ваше Величество, я нахожу для себя невозможным принять эту должность, и я просил бы Ваше Величество разрешить мне высказать откровенно те соображения, которые заставляют меня отказаться.

— Пожалуйста, высказывайтесь совершенно откровенно.

— Меня заставляет отказаться, Государь, прежде всего моя полная неподготовленность к этой деятельности. Моя служба протекала до сих пор в совершенно другой области. А между тем деятельность обер-прокурора Св. Синода требует большой подготовки именно в области церковных вопросов. Скоро, Бог даст, Россия возьмет Константинополь, и тогда возникнет чрезвычайно сложный вопрос о том, в какие отношения стать нашей церкви к церкви Константинопольской.

— Этот вопрос уже разрабатывается в Синоде или в специально для этого организованной при Синоде комиссии. Как только возник вопрос о занятии нашим десантом (теперь обстоятельства иначе сложились и мы можем действовать только своим флотом) Константинополя, я велел заняться этим вопросом в Синоде и, наверное, там этим уже заняты. Во всяком случае, материал для решения этого вопроса у нас будет. Мне думается, что нашей церкви не следует вмешиваться в дела церкви Константинопольской, они обе должны жить совершенно самостоятельно. Тем более что ведь наша церковь — дочь церкви Константинопольской. Может быть, я и ошибаюсь, но мое мнение таково. А что касается Вашей неподготовленности к деятельности обер-прокурора Св. Синода, то скажите: кто же может считаться к ней подготовленным?

Я уже почувствовал это возражение, и так как на него мне нечего было ответить, я перешел ко второму основанию своего отказа.

— Ваше Величество, недавно Вам угодно было удостоить меня благодарности за откровенное и правдивое слово. Государь, если я мог сказать такое слово, то только в силу своего положения, как представителя дворянства. Я выражал не свои мысли и чувства, а мысли и чувства дворянства, мысли и чувства, которые разделяются широкими кругами русского общества. А выразить эти мысли я мог потому, что служил на месте, в Москве, в среде местного общества. Я сросся с Москвой всей своей жизнью, я прирос к ее жизни как бы корнями. С переездом на службу в Петроград я потеряю эту связь с дворянством и Москвой, стану, если позволите так выразиться, простым чиновником. Я не говорю, что чиновник не мог бы сказать правдивое слово своему Государю, но то будет уже его мысль, его мнение, а не мнение общества. Кроме того, своим уходом я поставлю в затруднение московское дворянство.

— Разве Вас некем там заменить? Кто там уездный московский предводитель?

— Князь Владимир Владимирович Голицын. Он человек дельный и энергичный, но слишком молод. Вряд ли на нем остановились бы при выборе губернского предводителя. И трудно назвать кого-нибудь другого, кто мог бы объединить большинство дворянства. Между тем в последние годы удалось дворянству московскому сплотиться. И его голос получил самостоятельное, определенное значение. Вряд ли было бы желательно, чтобы этот голос замолк. В некоторых случаях, в силу сложившихся обстоятельств, голос московского дворянства выражал Москву и дворянство являлось объединяющим центром.

— Да, Вы немало потрудились при открытии памятника моему отцу и в столетнюю годовщину войны 1812 года.

— Наконец, Государь, самая должность обер-прокурора Св. Синода мне представляется по существу ненормальной. Было бы вообще желательно освободить церковь от опеки государственной власти.

— Я с этим совершенно согласен. Вот Вы и старайтесь вести дело к этому.

— А наряду с этим давлением обер-прокурорской власти на церковь меня крайне смущает зависимость церкви от Государственной Думы. Уже в силу моих основных политических убеждений мне было бы крайне неудобно являться в Думе в качестве члена правительства. Но, кроме того, самую зависимость церковной власти в финансовом отношении от людей или равнодушных к церкви, или вовсе неверующих, я считаю крайне ложной.

— Я с Вами совершенно согласен.

Мои аргументы исчерпывались, а между тем цели они не достигали. Государь молчал и, видимо, не считал их достаточными для того, чтобы согласиться на мой отказ. Тогда, после некоторой паузы, я сказал:

— Ваше Величество, есть еще одно обстоятельство, которое заставляет меня отказаться от должности обер-прокурора. Хотя мне крайне тяжело его касаться, но я просил бы Вас, Государь, дозволить мне высказать и его.

— Пожалуйста, говорите совершенно откровенно.

— Я хочу сказать о Распутине.

При этих словах Государь опустил голову.

— Государь, вот уже несколько лет, как Россия находится под гнетом сознания, что вблизи Вас, вблизи Вашего семейства находится человек недостойный. Жизнь его хорошо известна в России, а между тем этот человек влияет на церковные и государственные дела. Государь, это не пересуды, это твердое убеждение людей верующих, людей, Вам преданных. Это сознают многие епископы русской церкви, но не решаются только высказать. Он сам об этом говорит, и есть факты, доказывающие, что его голос имеет значение для некоторых сановников…

Помолчав немного, я сказал в заключение:

— Государь, я изложил Вам со всей откровенностью соображения, которые заставляют меня отказаться от должности обер-прокурора Св. Синода, и я снова обращаюсь к Вашему Величеству с усердной просьбой дозволить мне служить Вам, Государь, на прежней должности, где я чувствую, что могу быть