10 декабря 1908 года, собрав остаток своих сил, о. Иоанн в последний раз сам совершил Божественную литургию в Кронштадтском Андреевском соборе. А в 7 час. 40 мин. утра 20 декабря 1908 года великий наш праведник мирно отошел ко Господу, заранее предсказав день своей кончины.

В погребении о. Иоанна участвовали и присутствовали десятки тысяч людей, а у гробницы его и тогда и в последующее время совершалось немало чудес. Необычайные то были похороны! На всем пространстве от Кронштадта до Ораниенбаума и от Балтийского вокзала в Петербурге до Иоанновского монастыря на Карповке стояли огромные толпы плачущего народа. Такого количества людей не было до того времени ни на одних похоронах — это был случай в России совершенно беспримерный. Похоронное шествие сопровождалось войсками со знаменами, военные исполняли «Коль славен», по всей дороге через весь город стояли войска шпалерами. Чин отпевания совершал С.-Петербургский Митрополит Антоний во главе сонма епископов и многочисленного духовенства. Лобызавшие руку покойного свидетельствуют, что рука оставалась не холодной, не окоченевшей. Заупокойные службы сопровождались общими рыданиями людей, чувствовавших себя осиротевшими. Слышались возгласы: «Закатилось наше солнышко! На кого покинул нас, отец родной? Кто придет теперь на помощь нам, сирым, немощным?» Но в отпевании не было ничего скорбного: оно напоминало собою скорее светлую пасхальную заутреню, и чем дальше шла служба, тем это праздничное настроение у молящихся все росло и увеличивалось. Чувствовалось, что из гроба исходит какая-то благодатная сила и наполняет сердца присутствующих какою-то неземною радостью. Для всех ясно было, что во гробе лежит святой, праведник, и дух его незримо носится в храме, объемля своею любовью и ласкою всех собравшихся отдать ему последний долг.

Похоронили о. Иоанна в церкви-усыпальнице, специально устроенной для него в подвальном этаже сооруженного им монастыря на Карповке. Вся церковка эта замечательно красиво облицована белым мрамором; иконостас и гробница — тоже из белого мрамора. На гробнице (с правой стороны храма) лежит Св. Евангелие и резная митра, под которой горит неугасаемый розовый светильник. Множество дорогих художественно исполненных лампад постоянно теплятся над гробницей. Море света от тысяч свечей, возжигаемых богомольцами, заливает этот дивный сияющий храм.

Так было! Что теперь там, мы не знаем, и где находятся св. мощи великого праведника Земли Русской, увенчавшего собою величественный сонм Всех святых, в земле Российской просиявших, нам неизвестно. Дошли до нас только слухи, что безбожная власть закрыла доступ к усыпальнице, но этим не прекратила совершенно приток паломников. Верующие стали приходить и молиться снаружи, полагая земные поклоны у того места нижней церкви, где была дорогая сердцу каждого истинно верующего русского человека беломраморная гробница.

О, если бы воскресил в сердцах всех православных русских людей важнейший завет приснопамятного о. Иоанна и побудил их со всею решительностью последовать ему:

«Нам необходимо всеобщее нравственное очищение, всенародное глубокое покаяние, перемена нравов языческих на христианские: очистимся, омоемся слезами покаяния, примиримся с Богом, и Он примирится с нами!»

По молитвам святого праведного отца нашего Иоанна сие буди, буди!..