19 июня 1941 года командир военно-морской базы в Либаве М. С. Клевенский получил приказ о переводе всех воинских частей на готовность номер два. 21 июня в 23 часа 40 минут на военно-морской базе была объявлена готовность номер один. Об этих приказах немедленно извещается командир 67-й стрелковой дивизии генерал Н. А. Дедаев.
22 июня в 4 часа утра гитлеровцы начали свое вторжение на СССР в районе Полангена (Паланга), а вражеская авиация стала бомбить аэродром в Либаве.
Противнику не удалось с ходу захватить Либаву, бойцы 67-й стрелковой дивизии и военно-морской базы отразили первый натиск врага. Тем не менее к исходу 25 июня фашисты, прорвались к судостроительному заводу «Тосмаре». Командир эсминца «Ленин» капитан-лейтенант Ю. М. Афанасьев принял единственно правильное решение — взорвать ремонтируемые подводные лодки и свой корабль. После этого моряки с боем прорвались в Таллин. Позднее командир эсминца Ю. М. Афанасьев был несправедливо обвинен в панике и расстрелян. После войны, спустя годы, восстановили доброе имя офицера, выполнившего свой долг перед Отечеством.
Благодаря героизму защитников Либавы молниеносной атаки у захватчиков не получилось, они понесли большие потери. Тем не менее город — военно-морская база — мог продержаться дольше. Нарком флота Н. Г. Кузнецов еще перед войной настаивал в Генеральном штабе о тесном взаимодействии сухопутных и морских частей, о едином командовании военно-морских баз и прибрежных городов. Однако в Генеральном штабе тогда одержало верх другое мнение.
Уже после войны адмирал признал, что в Либаве следовало иметь военно-морскую базу лишь для временного базирования небольших сил. Ошибкой Наркомата ВМФ он считал развертывание в Либаве военно-морского училища противовоздушной обороны.
События развивались стремительно, немцы захватили Ригу и начали бои за Таллин — главную базу Балтийского флота. Таллинский порт был расположен в Финском заливе и недостаточно защищен от противника, рейд не был оборудован добротными бонами и сетями.
Н. Г. Кузнецов незадолго до боевых действий в Прибалтике предусмотрительно увел из Таллина в Кронштадт линкор «Марат». Из Либавы в Усть-Двинск перешел отряд легких сил. В июле 1941 года, когда уже шла война, с большим риском из Таллина был перебазирован еще один линкор «Октябрьская революция». Из Таллина было вывезено около 15 тысяч тонн технического имущества, в том числе базовые запасы эскадренных миноносцев, аккумуляторные батареи для подводных лодок: баббит, листовая и сортовая сталь, цветные металлы, электрооборудование, кабели, провода и другие материальные ценности. Эти запасы позволили осуществлять ремонт кораблей флота в течение двух лет блокады в Ленинграде.
Угроза захвата главной военно-морской базы — Таллина требовала принятия неотложных мер в организации обороны.
Первое, что предпринял нарком флота Н. Г. Кузнецов, поддержал мнение руководства Балтийского флота о местопребывании флагманского командного пункта Военного совета (ФКП) в Таллине. Военный совет со штабом флота мог организовать и возглавить оборону города и военно-морской базы.
Во время доклада в Ставке адмирал Н. Г. Кузнецов внес вопрос о нахождении флагманского командного пункта Военного совета на военно-морской базе. На что И. В. Сталин отметил: «Таллин нужно оборонять всеми силами», а это высказывание вождя было принято военными как одобрение решения наркома флота.
Оборона Таллина проходила в невыгодных для моряков условиях. Мощный каток немецкой армии еще не потерял своей наступательной силы. 10-й стрелковый корпус 8-й армии отступил к Таллину в последний момент. Командованию флота вместе с моряками и гражданским населением города удалось создать три мощных оборонительных рубежа. Достаточно сказать, что главная оборонительная полоса включала в себя 39 километров противотанковых рвов, 10 тысяч бетонных, пять тысяч металлических и шесть тысяч деревянных надолбов, 60 километров проволочных заграждений, орудийно-пулеметные доты. Враг мечтал овладеть городом еще в июле, но в упорных боях был остановлен. Гитлеровцам пришлось в спешном порядке перебрасывать под Таллин дополнительные части и артиллерию.
19 августа 1941 года вновь ожесточились бои за военно-морскую базу. Геройски сражались с врагом пехотинцы, моряки, артиллеристы и экипажи бронепоездов. Доблестно воевал в те дни добровольческий отряд под командованием полковника И. Г. Костикова. Еще на дальних подступах к Таллину он на своем участке в течение месяца сдерживал натиск врага.
22 августа превосходящие силы противника окружили героический отряд. «Идем на прорыв!» — скомандовал командир. Бойцы прорвали кольцо и вышли из окружения. Тяжело раненный И. Г. Костиков, понимая, что за ним будут охотиться фашисты, и не желая попасть в плен, застрелился.
День и ночь вели огонь по скоплениям живой силы и техники врага боевые корабли — крейсер «Киров», лидеры «Ленинград» и «Минск», эскадренные миноносцы «Скорый», «Сметливый», «Свирепый», «Гордый», «Славный», «Яков Свердлов», «Володарский», «Артем», «Калинин». Только 23–24 августа они выпустили по врагу более тысячи крупнокалиберных снарядов. В эти дни 61-я и 217-я пехотные дивизии противника имели наибольшие потери в личном составе. Подверглась ожесточенным ударам и 291-я пехотная дивизия, переброшенная под Таллин с нарвского направления.
В дни обороны Таллина героически сражался электрик с лидера «Минск» комсомолец Евгений Никонов. Во время разведки на хутор Харку он попал в плен. Когда моряки выбили врага с хутора, на окраине парка был обнаружен возле потухшего костра в окровавленной тельняшке матрос Е. Никонов. Пленные фашисты рассказали, что разведчики попали в засаду. Тяжело раненный электрик с лидера «Минск» был подвержен зверскому допросу, ему выкололи глаза, пытали огнем, но балтийский моряк не дал врагу сведений о своей части. Командующий флотом В. Ф. Трибун своим приказом навечно занес имя моряка-героя в списки экипажа лидера «Минск», а также одной из школ учебного отряда Балтийского флота.
В 1957 году Евгению Никонову было посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. И таких подвигов было немало во время героической обороны Таллина.
Краснознаменный Балтийский флот, бойцы 10-го стрелкового корпуса сделали все возможное для обороны Таллина. Они нанесли врагу большой урон, отвлекли его крупные силы от главной цели — Ленинграда. Однако возможности для дальнейшей обороны военно-морской базы были исчерпаны.
Командование Северо-западного стратегического направления К. Е. Ворошилов и И. С. Исаков с такой просьбой к И. В. Сталину обратиться медлили. Проще говоря — струсили.
Адмирал Н. Г. Кузнецов с присущей ему смелостью и решительностью, глубоким знанием обстановки аргументированно убедил вождя и членов Ставки главнокомандования в необходимости эвакуации защитников Таллина и прорыва кораблей в Кронштадт. Правильный выбор момента, инициатива и мужество народного комиссара Военно-морского флота позволили сохранить боевое ядро Балтийского флота и часть войск, которые сыграли в последующем важную роль в обороне Ленинграда.
26 августа был получен приказ Ставки об эвакуации защитников Таллина и прорыве флота в Кронштадт для усиления обороны Ленинграда. Противник не рискнул войти в город по пятам отходящих советских войск. Надо полагать, что немцы не сразу обнаружили отход защитников Таллина, так как советский государственный флаг на башне Вышгорода был спущен лишь после полудня 28 августа. Боевые корабли и транспорты Балтийского флота устремились на прорыв.
Это был беспримерный по трудности переход через плотные минные поля, под ударами авиации, торпедных катеров и береговой артиллерии. Предстояло вывести из Таллина около двухсот боевых кораблей, транспортов и судов вспомогательного флота.
29 августа главные силы флота прибыли в Кронштадт. Многие тихоходные транспорты все еще находились в море. Боевые корабли не могли помочь им из-за невозможности маневрировать на минных полях. Советская авиация была не в состоянии прикрыть суда с воздуха, так как расположение аэродромов не позволяло совершать боевые вылеты. Только на учебный корабль «Ленинградсовет» фашистские бомбардировщики за день налетали до ста раз. Тонули беззащитные суда, гибли люди… За время легендарного перехода погибло четверть судов и кораблей, участвовавших в прорыве. Тем не менее удалось сохранить основное ядро Балтийского флота. На палубах транспортов и военных кораблей находилось двадцать три тысячи защитников Таллина, из них погибло более четырех тысяч. Однако вряд ли кому придет в голову назвать таллинскую эпопею Балтийского флота провалом или поражением. Если учесть, в какой обстановке был совершен героический прорыв, то эти потери были сведены к минимуму.