Весной и летом 1441 года Василий II был занят главным образом церковными делами. 19 марта этого года в Москву явился митрополит-униат Исидор. Его попытки убедить великого князя и русских иерархов принять Флорентийскую унию успеха не имели. Через несколько дней после приезда Исидор по приказу Василия II был посажен под стражу в Чудов монастырь.

Вопрос о принятии унии имел не только религиозный, но и политический аспект. Здесь сталкивались самые различные традиции и интересы. Василий II нуждался в поддержке церковных верхов. Дружба с митрополичьей кафедрой была одним из важнейших принципов московской политики со времен Ивана Калиты. При Василии I митрополиты-византийцы Киприан и Фотий не раз помогали Москве улаживать конфликты с Литвой. Они и сами были кровно заинтересованы в сохранении мира в регионе. Только в условиях мира им удавалось «сидеть на двух стульях»: управлять всеми православными епархиями Восточной Европы, включая и те, которые находились в Литве и Польше. И все же процесс политической консолидации в Восточной Европе неизбежно влек за собой обострение конфронтации между Москвой, Вильно и Краковом, а стало быть, и распад некогда единой Киевской митрополии на три самостоятельных образования — московскую, литовскую и польскую православные митрополии. Политическое единение Литвы и Польши в рамках Кревской унии (1385), позднее — Городельской унии (1413) создавало предпосылки для объединения православных епархий этих стран под властью одного иерарха. Но для московской митрополии в этой системе места явно не находилось.

Разрыв с православными епархиями в Юго-Западной и Западной Руси воспринимался в Москве крайне болезненно. Многие считали такой исход трагедией, предательством своих единоверцев, брошенных на произвол «латинян». Любые шаги светской власти, ведущие к расколу, могли вызвать сильное недовольство в московских церковных кругах. С этим столкнулся еще Дмитрий Донской, пытавшийся в 1378 году поставить на митрополичью кафедру своего фаворита попа Митяя, кандидатура которого была заведомо неприемлемой для «зарубежных» епархий. Наследник Донского Василий I не желал иметь те же проблемы и потому приглашал на московскую кафедру митрополитов-византийцев (Киприана и Фотия), которые в силу своей этнической «нейтральности» и политической гибкости более или менее устраивали как Москву, так и Вильно. Вероятно, ту же роль принял бы на себя и присланный из Константинополя митрополит Исидор. Однако патриархия, во-первых, сильно запоздала с назначением Исидора, что заставило москвичей подобрать собственного кандидата на митрополию — рязанского епископа Иону; а во-вторых, — ив этом была суть проблемы — Исидор оказался униатом, «изменником православия». Принять Исидора — значило бы в дополнение к едва утихшей «феодальной войне» получить еще и «религиозную войну».

Арест митрополита-униата был едва ли не самым смелым решением осторожного Василия П. Отдав этот приказ, великий князь вступал на путь окончательного раскола издревле единой Русской митрополии и разрыва с державным Константинополем. Это был путь великого одиночества, вступив на который, Московская Русь отныне должна была во всем полагаться только на свои собственные силы. Страх и сомнения одолевали бедного Василия. Он явно не создан был для таких судьбоносных решений. Ему хотелось убедить себя и всех окружающих в том, что еще не все мосты сожжены, что можно еще как-то уладить дело с Литвой и патриархом. Он приказал дьякам сочинить почтительное письмо к патриарху Митрофану II (1440–1443) с жалобой на еретика Исидора и просьбой разрешить москвичам самим избрать церковного главу. В послании великий князь настаивал на том, что выборы митрополита на Руси отнюдь не будут означать ее разрыва с константинопольской патриархией (141, 132).

В вопросе об Исидоре Василий II постоянно прислушивался к мнению русских иерархов и даже созвал с этой целью весной 1441 года своего рода поместный собор. Позиция епископов в этом сложном деле также была довольно противоречивой. С одной стороны, каждый из них понимал неизбежность возникновения национальной, автокефальной московской митрополии. Но была и обратная сторона проблемы. Традиционная связь Русской Церкви с Константинополем, высокий статус митрополичьей кафедры помогали русским иерархам сохранять определенную независимость в отношениях со светскими властями. Да и сам великий князь, с одной стороны, желал подчинить себе митрополичью кафедру, а с другой — боялся ослабления авторитета этого общерусского института, огромные возможности которого московские князья давно научились использовать в своих интересах.

Великому князю следовало тщательно учесть все эти сложные, противоречивые настроения. Любой неосторожный шаг мог дать сильные козыри его врагам. Опаснее всего было навлечь на себя обвинения в «вероотступничестве» — самом тяжком из грехов, который стоил трона многим христианским правителям. Но нельзя было и дать основания для обвинений в нарушении церковных правил. В частности, арест и вообще насилие по отношению к епископу категорически воспрещались канонами. Митрополит Исидор, при всем его униатстве, был все же законным образом рукоположенным иерархом Русской Церкви. Содержание его под стражей, а тем более физическая расправа с ним грозили Василию II анафемой со стороны патриарха. Однако и освободить Исидора из-под стражи — значило бы косвенно снять с него обвинения в «ереси». Таким образом, сложилась ситуация, напоминавшая знаменитую двусмысленную резолюцию императора Павла I: «казнить нельзя помиловать».

Поначалу москвичи хотели заставить Исидора отречься от унии, обещая взамен честь и свободу. В случае отказа митрополиту угрожали казнью. Однако это был твердый и храбрый человек, почитавший распространение унии своим нравственным долгом. На все уговоры он отвечал отказом. Дело таким образом зашло в тупик.

В конце концов, просидев под стражей с полгода, вместе с двумя учениками, иноком Григорием и Афанасием, низложенный митрополит бежал из Москвы в Тверь. Похоже, что этот «побег» был подстроен московскими властями. Известно, что Василий II не велел преследовать беглеца. В Твери поначалу, кажется, просто не поняли сути дела. Исидор был вновь арестован по приказу князя Бориса Александровича. Теперь уже ему пришлось ломать голову над тем, как поступить с «еретиком». Проведя еще полгода в тверском заточении, Исидор не мечтал более об обращении Руси в унию. И когда тверской князь, следуя примеру Василия II, предоставил ему возможность уйти — «отпусти в Великий пост на средокрестнои недели» (41, 47) — Исидор не раздумывая уехал в Литву. Оттуда он перебрался в Рим, где был обласкан папой. Позднее Исидор дважды совершал рискованные путешествия из Рима в Константинополь по вопросу об унии. Умер этот неутомимый борец за соединение церквей в 1463 году. За заслуги перед Римом он был награжден папой саном кардинала и званием легата, а позднее даже удостоен титула «патриарха».

Благополучно избавившись от Исидора и переложив заботу о нем на плечи Бориса Тверского, Василий II поручил общее руководство церковными делами рязанскому епископу Ионе, который не имел еще официального поставления в митрополичий сан ни от патриарха, ни от собора русских епископов. В таком двусмысленном положении он провел семь лет (1441–1448).