19 сентября появился мотоциклетный патруль с парламентерами, предложившими полякам сдаться в связи с бессмысленностью дальнейшего сопротивления. Это предложение не было принято. Германские солдаты блокировали форт, установили несколько гаубиц и с утра 20 сентября начали систематический обстрел укреплений. Однако артиллерийский огонь фугасными снарядами среднего калибра не мог причинить гарнизону особых потерь, а пехота противника не атаковала. Форт находился на хорошо просматриваемой и простреливаемой с высоких валов открытой местности, и генерал Гудериан решил передать эту «занозу» русским.
Вечером 22 сентября после мощного артиллерийского налета в форт попытались ворваться два советских бронеавтомобиля. Первый из них поляки подожгли выстрелом из пушки, второй свалился в ров. Затем в атаку трижды поднималась советская пехота и каждый раз была подбита с потерями. 23 сентября «братья по оружию» были заняты приемосдачей Бреста и крепости. 24-го и 25-го вновь были предприняты попытки овладеть фортом Сикорского атаками с разных направлений.
Наконец, 26 сентября советские военачальники подошли к делу серьезно: была применена тяжелая артиллерия и предпринят массированный штурм. Защитники форта в этот день понесли тяжелые потери, но снова удержали позиции. Вечером перед фортом появились советские парламентеры, выразившие «недоумение» по поводу сопротивления польских солдат, ведь Красная Армия пришла, чтобы помочь полякам, а потому они должны сложить оружие и сдаться. На это В. Радзишевский ответил, что если русские не являются врагами, то должны оставить в покое польский форт. Однако все ресурсы обороняющихся были исчерпаны. Ночью капитан собрал последних защитников, поблагодарил за службу и посоветовал всем способным передвигаться самостоятельно пробираться домой. К утру в форту остались только тяжелораненые. Капитан В. Радзишевский с небольшой группой добрался до деревни Мухавец. Здесь в доме местной жительницы они переоделись в гражданскую одежду, оставили документы и разошлись в разные стороны. Радзишевский направился в Брест, а затем в Кобрин, где должна была находиться его семья. Он нашел жену и дочь, но скоро по доносу был арестован, передан в НКВД и снова очутился в Брестской крепости, на этот раз в «Бригитках», где содержались польские офицеры.
Уходя из Бреста, немцы передали советскому командованию всех плененных солдат и офицеров. В их числе были защитники крепости и тяжелораненые, оставленные на Госпитальном острове. Пленных, отделив солдат от офицеров, содержали в городской тюрьме и крепостных казематах, используя на работах по расчистке развалин в Цитадели. После сортировки и проверки большинство рядовых, в первую очередь жителей Западной Белоруссии и Западной Украины, были отпущены по домам. Офицеров, полицейских, жандармов и раненых, отделив медперсонал, в течение октября — ноября под конвоем доставляли на железнодорожную станцию, грузили в вагоны и вывозили на Смоленщину в Катынские лагеря, где почти все они сгинули. Среди них был и герой обороны Брестской крепости 1939 года Вацлав Радзишевский.
До начала октября обе стороны разоружали оставшиеся польские части, а Москва и Берлин согласовывали вопрос о будущей границе, которая в конце концов пролегла по «линии Керзона». Не обошлось без накладок.
По соглашению от 2 октября граница должна была пройти по восточному берегу реки Буг, но на месте быстро выяснилось, что при таком раскладе Западный остров с Тереспольскими укреплениями и часть фортов Брестской крепости оказываются на немецкой территории. Поздним вечером того же дня командующий Белорусским фронтом Ковалев направил в Москву телеграмму: «Установленная граница по р. Буг у г. Брест-Литовска крайне невыгодна для нас по следующим причинам: город Брест границей делится на две части — западный обвод фортов достается немцам; при близости границы невозможно использовать полностью богатейший казарменный фонд в г. Бресте; железнодорожный узел и сам город будут находиться в сфере пулеметного огня; переправы на р. Буг не будут прикрыты необходимой территорией. Замечательный аэродром у Малашевичей достанется немцам. Командующий фронтом просит пересмотреть границу в районе Брест-Литовска, оставив за СССР часть территории на западном берегу реки».
Из Москвы пришел ответ, что изменить соглашение уже невозможно. Тогда, чтобы сохранить за собой всю Брестскую крепость, советские войска запрудили Буг и взорвали перемычки крепостного рва Тереспольского укрепления. В итоге вода пошла по обводному каналу, который советский представитель выдал немцам за русло Буга, по которому и была проведена граница (конечно, немцы не настолько были глупы, чтобы не разобраться в географии, но возражать не стали).
Этнические польские земли остались под оккупацией Германии. Западная Украина и Западная Белоруссия с населением 12 миллионов человек отходила Советскому Союзу. После этого «в порядке дружественного обоюдного согласия» началось освоение приобретенных территорий. Германия свою часть Польши объявила генерал-губернаторством. Политбюро ЦК ВКП(Б) приняло 1 октября программу советизации западных областей, которая стала неукоснительно осуществляться.
С приходом Красной Армии в Бресте было создано Временное управление — орган власти, который занимался политико-административными, хозяйственными и культурными вопросами. В его состав входили члены Коммунистической партии Западной Белоруссии, представители местного населения и военные. Однако решающую роль в новом аппарате управления играли уполномоченные, прибывшие из восточных районов. Избранное 22 октября Народное собрание Западной Белоруссии провозгласило советскую власть и обратилось с просьбой о включении ее в состав Советского Союза. 1–2 ноября Верховный Совет СССР просьбу удовлетворил.
4 декабря 1939 г. Брест стал одним из областных центров БССР. Одновременно были сформированы областные и городские органы исполнительной власти.
С первых недель установления советской власти в западных областях началась унификация государственного строя и управления, осуществляемая ударными темпами и жесткими командными методами. Были приняты законы о национализации крупной промышленности и банков, на практике допускавшие изъятие мелких ремесленных мастерских и частных домов. Помещичья земля была конфискована, ликвидированы осаднические хозяйства. Эти мероприятия вызывали различную, часто прямо противоположную реакцию, разных общественных слоев и национальностей. Например, раздел земли и национализация крупной промышленности получили одобрение значительной части белорусского населения. Грубые административные действия против церкви и духовенства провоцировали протесты.
Прибывшие вслед за войсками органы НКВД начали аресты крупных чиновников, капиталистов и земельной аристократии. Затем в соответствии с теорией классовой борьбы наступила очередь военных, полицейских, польских поселенцев, «кулаков», деятелей культуры. Одним из первых объектов на территории Брестской крепости, введенных в: строй и заработавших с полной нагрузкой, стали знаменитые «Бригитки». Весной 1940 г. репрессивными органами новой власти при поддержке местных активистов была начата операция по депортации осадников, бывших работников польской администрации, прочих «враждебных элементов» и их семей. По подсчетам современных историков, в 1939–1941 гг. в регионе было репрессировано 10 % населения всех национальностей. Последний эшелон с депортированным отправился из Бреста 21 июня 1941 г.
Армии Белорусского фронта образовали Белорусский военный округ, преобразованный И июля 1940 г. в Западный Особый военный округ. На границе встали 3, 10 и 4-я армии, получившие статус армий прикрытия. Их задачей, согласно военной доктрине, было, опираясь на укрепленные районы, не допустить вражеского вторжения на варшавско-минском направлении и обеспечить мобилизацию и развертывание главных сил Красной Армии. Для выполнения этой задачи нужно было провести огромные по объему работы по подготовке театра военных действий, созданию условий для боевой подготовки и обеспечению боевой готовности войск.
Осенью 1939 г. в округе и в Генеральном штабе разрабатывались варианты постройки укрепленных районов в приграничной зоне. Командование Белорусского округа предложило два варианта: первый — возвести линию укрепленных районов вдоль государственной границы; второй — по рубежу реки Неман, с
