Отправки первого отряда Пирогову удалось добиться с великим трудом. Когда были испробованы все официальные пути, он обратился в сферу благотворительности. Великая княгиня Елена Павловна лично приняла знаменитого хирурга, о котором слышала как о человеке неуживчивом, неприятном, но враче замечательном. Ей льстило, что Пирогов обратился к ней, помимо ее августейшего брата и императрицы, и она сделала все, чтобы удовлетворить его просьбу.

Летом 1855 года Пирогов приехал из Крыма в столицу, пытаясь добиться помощи осажденному Севастополю. Весть о падении крепости застала его на обратном пути. Хлопоты Пирогова не были совсем безуспешными. С помощью той же Елены Павловны был сформирован второй отряд сестер милосердия. С этим-то отрядом 5 сентября 1855 года и выехал Сергей Боткин в Крым. Василий Петрович писал Н. А. Некрасову: «Брат Сергей завтра отправляется в Севастополь. Он будет состоять при Пирогове и в ведении Е, И. В. Елены Павловны, у которой он был сегодня. Она посылает с ним суммы для раздачи сестрам милосердия… Он едет по своей воле, по предложению Пирогова. Сергей — малый дельный и вполне оправдает доверенность, которую оказывают ему».

Боткин застал Пирогова в Симферополе, куда Николай Иванович перебрался со своими помощниками после падения Севастополя. Из письма Пирогова можно представить себе, в каких условиях работал он сам и в какие условия сразу же по приезде попал Боткин: «Я решился жить не раздеваясь. Каждый день приходится осмотреть до 800 и до 1000 раненых, рассеянных по городу, в пятидесяти различных домах».

Боткин был назначен Пироговым ординатором Симферопольского госпиталя. В тот год выдалась холодная погода. Дули ветры. В госпитале были выбиты стекла. Раненые мерзли в палатах, лежа под тонкими одеялами. У хирурга коченели пальцы во время операций. Глаза были воспалены от ветров и бессонных ночей.

Боткин не отставал от опытных пироговских помощников. Он не отдыхал днем, а если и уходил из операционной, то для того, чтобы пройти в палату, чтобы лишний раз посмотреть раненых и больных. Ночью Сергей Петрович спал не более трех-четырех часов, как и Пирогов, не раздеваясь. Отдохнув, он возвращался в операционную и, видя усталость хирургов, становился у операционного стола и помогал им, хотя у самого теперь тоже были воспалены глаза то ли от ветра, то ли от бессонницы. Во время операций Боткин работал спокойно, его движения были быстры. Он научился производить ампутации. Но бывали случаи, когда сжималось сердце, горячий пот выступал на лбу: он не мог найти, он не видел мелких кровоточащих сосудов, которые надо было с молниеносной быстротой перевязать. Состояние молодого врача замечали оперировавший рядом доктор и операционная сестра. Ему тут же помогали. Все сходило благополучно. Боткин овладевал собой, но. выйдя из операционной, в отчаянии валился на свою койку: правы были Иноземцев и Пикулин — он не может быть хирургом.

Сергей Петрович познакомился с системой сортировки раненых, созданной впервые Пироговым. Она состояла в том, что раненых делили на четыре главные группы. Первая — смертельно раненные, безнадежные поручались сестрам милосердия: им врач уже ничем не мог помочь. Во вторую группу входили раненые, требующие безотлагательных операций тут же, на перевязочном пункте. Третья категория охватывала раненых, которые могли быть оперируемы на следующий день или позднее. Их отправляли в близлежащие госпитали. Наконец, четвертая группа состояла из легко раненных, которых перевязывали и возвращали обратно в часть.

Познакомился Сергей Петрович на практике с дезинфекцией при госпитальном содержании раненых, введенной в военную медицину Пироговым.

«Кто знает только по слухам, — писал Пирогов, — что значит отделение гангренозных и безнадежных больных в военное время, тот не может себе представить всех ужасов бедственного положения страдальцев. Огромные вонючке раны, заражающие воздух вредными испарениями; стоны умирающих; смерть на каждом шагу в разнообразных ее видах: отвратительном, страшном и мучительном, — все это тревожит душу самых опытных врачей, поседевших при исполнении своих обязанностей…»

Еще недавно все, с чем столкнулись врачи из пироговских отрядов в условиях войны, было действительностью больниц и госпиталей.

Трагическая тайна послеоперационной смертности ставила в тупик хирургов. После блестяще выполненной операции у больных нередко поднималась температура, появлялись все признаки гангрены, гноекровия, и больной погибал. Хирурги в своем большинстве примирялись с этим явлением и смотрели на него, как на неизбежное зло. Другие приходили в отчаяние, бросали нож и давали клятву никогда не прикасаться к человеческому телу.

Н. И. Пирогов осуждал и тех и других.

— Малодушие так же вредно, как и равнодушие, — говорил он и принялся пытливо изучать подобные случаи.

Пирогов понял, что больные с чистыми ранами заражаются от больных с гнойными, нечистыми ранами.

В мирной обстановке в своей петербургской клинике Пирогов достиг исчезновения госпитального заражения больных.

Здесь же он снова встретился с ним я снова вступил в борьбу.

Сергей Петрович, высоко оценив сделанное Пироговым в этой области, стал яростным защитником новых методов дезинфекции.

Во время своих ночных обходов Боткин подолгу говорил с дежурными сестрами милосердия. Его удивляли и радовали ловкость и быстрота, с которой женщины выполняли распоряжения врачей, и та чуткость, с которой они относились к больным. А как ценят их уход солдаты! Боткин вспоминал клиники, фельдшеров и санитаров, обслуживавших больных, и думал о том, как там не хватало женских рук.

По системе Пирогова, медицинские сестры имели три специальности: операционной сестры, аптекаря и сестры-хозяйки. Но им приходилось брать на себя и другие заботы — бороться с ворами, мародерами, расхитителями казенного имущества. Николай Иванович писал: «Наши сестры в Севастополе довели нескольких чиновников до самоубийства, вскрыв их мошеннические проделки. Если бы не женщины медицинских отрядов, так больные бы вместо сытного супа ели помои, лежали бы в грязи. Истинные сестры милосердия! Они в одном госпитале совершили героический поступок — застрелили аптекаря-вора. Одним мошенником на свете стало меньше!»

Воровство чиновников возмущало Боткина. «Когда мне в первый раз пришлось подписывать требование в аптеку на бинты, корпию, хинин и др. и когда я заявил удивление перед теми громадными количествами требуемых предметов, фельдшер мне объяснил, что это всегда так делается, потому что аптекарь все равно не отпустит и третьей части назначенного в требовании, которое, между прочим, остается в аптеке значением подписанного врачом счета».

И Боткину, как и каждому из отряда Пирогова, приходилось не только лечить больных, но и бороться с ворами. Каждое утро после бессонной ночи молодой врач шел смотреть, как дежурные принимают со склада мясо, овощи, хлеб. Теми же пальцами, которые недавно дрожали, зажимая кровоточащие сосуды, Сергей теперь закрывал на замок котлы, в которых варился суп для больных.

Боткин, описывая впоследствии порядки в Крыму, говорил: «Нужно было иметь энергию Николая Ивановича, чтобы продолжать эту борьбу с лихоимством, начало которого лежало, конечно, не в отдельных личностях, а в целой системе и в нашей общей степени нравственного развития».

Сергей Петрович восхищался Пироговым как изумительным хирургом и организатором медицинского дела в военных условиях.

Молодой лекарь учился у старшего объективному исследованию больного и индивидуальному подходу к наждому, а главное — справедливому и заботливому отношению к солдатам.

Восхищение Боткина Пироговым было безгранично, он считал, что пребывание Пирогова в Севастополе «дало ему право встать рядом с нашими народными героями».

Впоследствии Боткин писал:

«Вся беда лежала по-видимому в том, что Пирогов был значительно выше того времени, в котором ему приходилось действовать. Опередив свой век в науке, он опередил его и в общественной деятельности».