монахинь Иулиании и Евпраксии – основал здесь, в районе, который в старину называли Земляным городом, первый в Москве самостоятельный женский монастырь. Первой игуменией обители стала святая Иулиания. «Общему житию женскому начальница», – называет ее Троицкая летопись.
До наших дней сохранились многочисленные свидетельства о жизни основательниц Зачатьевского Алексеевского женского монастыря – игуменьи Иулиании и монахини Евпраксии. Их родители Феодор и Мария, происходившие из знатного рода черниговских бояр, имели пятерых сыновей, старшим из которых был Симеон – Елевферий (будущий святитель Алексий), и двух дочерей – Ульяну и Иулию.
Благоверные родители с ранних лет воспитывали детей в благочестии, в любви к Богу и ближним. Следуя примеру старшего брата Елевферия, сестры Ульяна и Иулия рано полюбили чтение Священного Писания и других душеспасительных книг. Возрастая духовно, они подобно женам-мироносицам следовали за своим старшим братом ко Христу, пламенея любовью ко Господу.
Отличаясь знатностью рода, благочестивые отроковицы славились своей скромностью и милосердием. Многие знатные юноши мечтали видеть их своими невестами, но сестры и не помышляли обручаться с женихами земными, они желали уневеститься Жениху Небесному. Испросив благословения у матери и старшего брата-инока Алексия (отец к тому времени уже скончался), сестры поступили в монастырь, где и приняли постриг – Ульяна с именем Иулиания в честь мученицы Иулиании Никодимской, а Иулия с именем Евпраксия в честь преподобной Евпраксии, девы Тавенской.
Построили первый храм – небольшой, деревянный. Он был освящен в честь святого праведного Алексия, человека Божия, небесного покровителя святителя Алексия. Маленький и тесный, он освещался лишь узкими слюдяными оконцами. По этому храму и вся обитель получила название – Алексеевская. Затем была построена соборная церковь в честь Зачатия святой праведной Анною Пресвятой Богородицы. Тогда обитель получила свое второе название – Зачатьевская. Кроме келлий и служб для монашествующих находилось здесь и кладбище, и все было обнесено единой оградой.
Самостоятельных женских монастырей в Москве не было – обители разделялись на мужскую и женскую половину, находясь в единой ограде. Стремясь во всем быть достойными преемницами древних святых жен-пустынниц, монахини Иулиания и Евпраксия положили в сердце своем желание основать в Москве женскую обитель, что им с Божией помощью и удалось.
Монастырь явился первой чисто женской обителью и служил образцом для устройства последующих женских монастырей города Москвы, отчего в народе был прозван Стародевичьим, славился благочестием насельниц и строгостью исполнения церковного устава.
Преподобная Иулиания, подобно своему брату, рано презревшая мирские удовольствия и обученная монашеству духовным подвигом, следовала в управлении обители опыту древних подвижников. Имея светлый ум, она ясно сознавала необходимость различия в обращении с насельницами монастыря и благословляла новоначальных на послушание сообразно способностям и характеру каждой. Поэтому она смогла объединить благодаря своему мудрому правлению различных по происхождению и мирским привычкам людей в духовную семью.
Верной помощницей преподобной Иулиании была ее сестра монахиня Евпраксия. Все труды по устроению обители они несли вместе. В монастыре все делалось по совету и благословению их старшего брата, и около южной части ограды была для него выстроена келлия, в которой он часто останавливался.
Повелением митрополита для обители из всех московских монастырей отобрали тридцать сестер, являвших особенные монашеские добродетели. В скором времени количество их возросло до девяноста – числа очень значительного для того времени. Постепенно росло и монастырское хозяйство: вклады в пользу святой обители от людей всех сословий, будь то богатый или бедный, способствовали укреплению и известности монастыря.
Рос, духовно укреплялся, украшался внешне монастырь, но главным его украшением были святые сестры. Горя своей любовью ко Господу, они показывали достойный пример благочестия и добродетели, мудрости и любви, пример истинной жизни во Христе, пример объединяющий и укрепляющий, побуждающий других следовать ему. Еще при жизни игумению Иулианию и монахиню Евпраксию почитали как святых. После мирной же кончины (игумения Иулиания почила в 1393 г., в субботу четвертой Недели по Пасхе; через год отошла в мир иной и ее верная помощница и родная сестра монахиня Евпраксия) над местом погребения преподобных сестер вскоре была сооружена часовня. Множество чудес было совершено по их ходатайству пред Престолом Всевышнего, совершаются они и по сей день: больные исцеляются, страждущие получают помощь, отчаявшиеся – надежду и утешение.
Хотя материалы для канонизации подвижниц были подготовлены еще к концу XIX века, события 1917 года и последующие годы лихолетья надолго отодвинули это событие. И только 16 мая 2001 года состоялось прославление в лике святых сестер-основательниц обители.
В 1514 году после пожара в монастыре по воле князя Василия Ивановича был построен каменный двухпрестольный храм во имя Алексия, человека Божия, и Преображения Господня.
Название Стародевичьего монастыря за монастырем закрепилось после основания Новодевичьего монастыря в 1524 году.
Во время большого московского июньского пожара 1547 года обитель полностью сгорела. Царем Иоанном Грозным монастырю были дарованы земли для его нового устройства в Чертолье, ближе к Кремлю, на место, которое потом было предназначено для строительства храма Христа Спасителя. Здесь и основывается новый Свято-Алексеевский женский монастырь (в 1837 г. Алексеевская обитель по указу Николая I была во второй раз перенесена уже в Красное село, а в 1839 г. на ее месте был заложен Храм Христа Спасителя). Но часть сестер осталась на прежнем месте, в Земляном городе. Малая обитель была известна под названием Зачатейской. Место старого монастыря отошло в опричнину – любимому детищу царя Иоанна Грозного. Наследник его, царь Федор Иоаннович, последний из правящей династии Рюриковичей, был бесплоден. И небольшая монашеская община вновь стала монастырем в XVI веке непосредственно при его попечительстве.
В народе монастырь прославился как место, где Божией благодатью совершается помощь в чадородии. Среди множества паломников посетили святую обитель в надежде на избавление от бесплодия бездетные супруги царь Феодор Иоаннович и царица Ирина (Годунова). И действительно, Ирина вскоре родила дочь. По совершении паломничества в Зачатьевский монастырь и последующем рождении дочери царственная чета по ранее данному обету возвела здесь храм в честь Зачатия святой праведной Анной Девы Марии, будущей Богоматери (около 1584 г., разобрана в 1804 г.) с приделами в честь своих небесных покровителей: святого великомученика Феодора Стратилата и святой мученицы Ирины. Тогда же в монастыре был построен трапезный храм в честь Рождества Богородицы. Монастырь стал называться по церкви Зачатия Анны. При учреждении монастыря устанавливается преемственность со старым, основанном сестрами святителя. Отыскиваются их погребения. В церкви Рождества Богородицы устраивают придел во имя святителя Алексия, что усиливает память о благословении им этого места. В 1585 году в новом Зачатьевском монастыре в Москве соборные приделы освящаются во имя святых покровителей царя и царицы.
В 1612 году обитель пострадала во время польского нашествия. В августе 1612 года близ Зачатьевского монастыря ополченцы князя Димитрия Пожарского отразили попытку польского войска гетмана Ходкевича прорваться в Кремль. В период Смуты начала XVII века монастырь явился одним из центров благочестия. И в знак этого по восстановлении государственности в России здесь принимает иноческий постриг сестра одного из руководителей освободительного движения – Козьмы Минина, впоследствии прославившаяся в народе как старица София.
Сожженный во время Смуты Зачатьевский монастырь был возобновлен в 1623 году. Возможно, в это время была сложена новая ограда или поправлена старая – стены и башенки датируются XVII веком. По периметру монастыря были келлии, служебные постройки, настоятельский корпус. Деревянные здания постепенно заменяли каменными. В монастыре содержали боярыню Евдокию Урусову, раскольницу, сестру Феодосьи Прокопьевны Морозовой, пострадавшую за старую веру. Сохранившийся настоятельский корпус, каменный с подвальным этажом, расположенный справа от Святых ворот, был построен на рубеже XVII– XVIII веков.
В 1696 году на средства Андрея Леонтьевича Римского-Корсакова, вельможи Петра I, были сооружены парадные въездные ворота с надвратной церковью Спаса Нерукотворного Образа. В центре, под храмом, устроен широкий сводчатый проезд, а с восточной стороны (под алтарем) – более узкий сводчатый проход.