Пугачеву дали месячный отпуск, и он вернулся на побывку домой. Однако ранения и болезни задержали его здесь на более длительный срок, и в мае 1771 года он стал официально хлопотать об отставке. Но дело затягивалось и грозило обернуться неудачей. Тогда Пугачев ударился в бега, его несколько раз арестовывали, но каждый раз ему удавалось бежать.
Смелый и предприимчивый, не склонный к оседлой жизни, он с ранних лет обнаружил черты лидера, стремление выделиться среди прочих казаков. Например, он хвастался перед товарищами саблей, якобы подаренной ему Петром I.
Весна 1772 года застала его в Стародубском монастыре, неподалеку от границы с Речью Посполитой. Выдавая себя за беглого донского казака, пострадавшего «из усердия к Богу», он нашел приют у местных старообрядцев (хотя сам раскольником никогда не был). План действий, который был придуман либо самим Пугачевым, либо был подсказан ему старообрядцами, заключался в следующем: тайно перейти польскую границу, направиться в раскольничьи скиты на Ветке (неподалеку от Гомеля), а оттуда – на русский пограничный форпост в Добрянке, где выдать себя за русского, желающего вернуться в Россию и получить российский паспорт. Этот план успешно осуществился. 12 августа, после отсидки в карантине, Пугачев получил российский паспорт В нем, в частности, значилось: «Объявитель сего, вышедший из Польши и явившийся собой при Добрянском форпосте, веры раскольнической, Емель-ян Иванов сын Пугачев, по желанию для его житья определен в Казанскую губернию, в Симбирскую провинцию, к реке Иргиз».
Осенью того же года он добирается до реки Иргиз и в Мечетной слободе знакомится с раскольничьим старцем Филаретом. Отсюда под видом купца направляется в Яик, где в ноябре на Таловом умете (постоялом дворе) и произошло его знакомство с Оболяевым. Вскоре в Яицком городке он сходится со старообрядцем Пьяновым, в доме которого прожил с неделю. Здесь и состоялся первый разговор, сыгравший решающую роль в объявлении самозванства. Пугачев, действуя умно и осмотрительно, «признается» своему гостеприимному хозяину: «Я-де вить не купец, а государь Петр Федорович!» Однако по возвращении назад в Мечетную слободу его по доносу одного из местных жителей берут под стражу в Малыковке.
С 4 января по 29 мая следующего года Пугачев провел в Казанской тюрьме, откуда ему удалось бежать. Он снова возвращается к яицким казакам, поселившись скрытно у своего знакомого Оболяева на Таловом умете.
Слухи о том, что будто бы Петр III скрывается у яицких казаков, стали быстро распространяться среди местного населения с начала августа 1773 года. Как и когда появился в этих местах «государь» и откуда он пришел, никто толком не знал. Это еще больше будоражило умы казаков, в памяти которых были свежи события восстания в Яицком городке в январе 1773 года против своеволия и злоупотреблений царских властей и зажиточной казацкой старшины. События эти вызвали сочувственные отклики среди казачества на Волге, на Дону, Тереке и в Запорожье. Все предвещало новый мятеж. Вскоре объявился и предводитель – Емельян Иванович Пугачев.
С середины августа его посещают многие уважаемые и авторитетные представители яицкого казачества – Закладное, Зарубин, Караваев, Шагаев и некоторые другие, участники последнего восстания в Яицком городке. Решающей стала встреча 28 августа, на которой Емельян Пугачев появился перед казаками в роли Петра III. Стороны обсудили основные задачи предстоящей борьбы и, оставшись довольны друг другом, заключили своего рода соглашение о сотрудничестве. Примечательно, что в беседах с несколькими казаками Пугачев признался в своем самозванстве, но не это было для них главным. Казаки признали в Пугачеве необходимые качества руководителя и с этих пор публично поддерживали его как Петра III.
«Был-де я в Киеве, в Польше, в Египте, в Иерусалиме, Риме и Царьгра-де, и на реке Тереке, а оттоль вышел на Дон, а с Дону де приехал к вам». Примерно так говорил во время памятной встречи с представителями яицких казаков в конце августа 1773 года Пугачев, входивший в роль 'Петра III''. Включение в этот маршрут Иерусалима, Рима и Царьграда не случайно, хотя в этих местах ни реальный Петр III, ни самозванец никогда не бывали. Корни такой географии оказываются качественно иными. Они уходят в традиции русского фольклора, в котором Царьград (Стамбул), Египет и Иерусалим упоминаются многократно. Рассказ о его скитаниях до «объявления» развивался преимущественно в устной форме – в манифестах и других официальных документах пугачевцев он почти не разработан. Рассказ о странствиях, в том числе зарубежных, «чудесно спасшегося» дошел в двух версиях – пространной и краткой.
Пространная непосредственно восходила к повествованиям самого Пугачева, который, выступая в роли «третьего императора», объяснял, что после своего «чудесного спасения» путешествовал и за рубежом, и по России, чтобы узнать жизнь народа. Увидев его страдания, «царь» решил объявиться на три года ранее положенного срока «для того, что вас не увижу, как всех растащат». В последующие месяцы этот рассказ, рассчитанный на широкую аудиторию, повторялся не только самим Пугачевым, но и людьми из его ближайшего окружения. Он говорил также, что под именем донского казака Пугачева просидел в казанской тюрьме месяцев восемь. Включение подлинного, хотя и более короткого (пять, а не восемь месяцев) эпизода своей жизни в «царскую» биографию понадобилось Пугачеву, чтобы на случай возможного опознания отделить себя как донского казака от себя же, но в роли Петра III. Для убедительности он прибегал и к более утонченному приему. Например, Пугачев отождествлял себя с Федором Казиным (Богомоловым) – самозванцем, который под именем Петра III действовал в 1772 году на Волге, попал в царицынскую тюрьму, был освобожден восставшими горожанами и все-таки схвачен вторично. Пугачев утверждал, что его арестовали в Царицыне и отправили в сибирскую ссылку, но ему удалось убежать. Тем самым он присваивал себе не только имя, под которым действовал Казин-Богомолов, но также его славу и успех.
17 сентября 1773 года в присутствии нескольких десятков человек – яиц-ких казаков, калмыков и татар – был объявлен первый манифест повстанцев. Манифест был написан Почиталиным, секретарем неграмотного Пугачева.
Естественно, в правительственных актах Емельян был представлен злодеем. Уже в прокламации Оренбургского коменданта И. А. Рейнсдорпа от 30 сен тября 1773 года Пугачев описывался как беглый казак, который «за его злодейства наказан кнутом с поставлением на лице его знаков». Эта фантастическая подробность даже подтверждалась свидетельствами некоего солдата-перебежчика. Неловкая выдумка оказалась на руку повстанцам: ссылаясь на нее, они доказывали «истинность» Петра III – Пугачева. И сам он, согласно протокольной записи допроса в Яицком городке, вспоминал 16 сентября 1774 года: «Говорено было, да и письменно знать дано, что бутто я бит кнутом и рваны ноздри. А как оного не было, то сие не только толпе мрей разврату не причинило, но и еще уверение вселило, ибо у меня ноздри целы, а потому еще больше верили, что я государь».
Казаки решили использовать Пугачева в своих целях, сделав его фактически своим заложником. Он же заверял, что заняв престол, «яицких казаков производить будет в первое достоинство». Именно для того, чтобы создать «казацкое царство» и стать первым сословием в стране, заменив собою дворянство, пошли за Пугачевым яицкие казаки. И по существу это была последняя в истории русского казачества попытка изменить свое положение в политической системе Российского государства.
«Быть вечно казаками» обещал Пугачев и примкнувшим к нему позднее крестьянам – в нем воплотилась их надежда на избавление от крепостного гнета. Впрочем, сам Пугачев относился к крестьянам без особого доверия. Так, например, жалованье в его войске получали лишь яицкие казаки, а остальные довольствовались грабежом.
Пугачев быстро собрал под свои знамена значительные силы, и, когда в октябре 1773 года весть о восстании достигла Петербурга, трехтысячное войско мятежников, вооруженное двумя десятками пушек, уже осаждало Оренбург. Посланный на выручку городу отряд генерала Кара в начале ноября был разбит, а часть его ушла к Пугачеву. Спустя несколько дней еще один отряд регулярной армии потерпел поражение, и 29 ноября, обеспокоенная размахом событий, императрица поручила командование войсками опытному генералу Бибикову. Между тем осада Оренбурга затянулась, и, оставив там часть своего войска, Пугачев отправился на завоевание Яицкого городка. Одновременно его «полковники» Зарубин-Чика, Грязнов и Салават Юлаев осаждали Уфу, Челябинск и Кунгур. К весне в район восстания были стянуты значительные правительственные войска, которые 22 марта 1774 года в сражении под Татищевой крепостью в первый раз одержали верх над пугачевцами. Около двух тысяч мятежников было убито, еще четыре тысячи ранено и взято в плен. Два дня спустя под Чесноковой были разбиты Зарубин-Чика и Юлаев, а под Екатеринбургом – пугачевский «полковник» Белобородов. Сам Пугачев с небольшим отрядом ушел на Урал, где за месяц вновь
