При взгляде назад становится очевидным, что с момента принятия генералом Кауфманом нового поста генерал?губернатора Туркестана дни независимых ханств Центральной Азии были сочтены. Несмотря на все гарантии Горчакова, стало ясно, что их поглощение в той или иной форме является основной целью Российской империи. Мы уже отмечали, что для этого имелись три главные причины. Первая — опасения, что раньше туда проникнет Британия и монополизирует торговлю в регионе. Российские торговцы и производители давно положили глаз на неиспользованные рынки, а также на ресурсы Центральной Азии, особенно ее хлопок?сырец. Вторым стоял вопрос имперской гордости. Блокированная в Европе и на Ближнем Востоке, Россия стремилась исправить положение, демонстрируя свою военную мощь колониальными завоеваниями в Азии. В конце концов, то же самое другие европейские державы проделывали почти по всему свету. Наконец, учитывался и стратегический фактор. Если в случае конфликта с Англией ахиллесовой пятой России издавна считалась Балтика, то уже давно стало очевидно, что наиболее уязвимой точкой последней была Индия. Поэтому России целесообразно было завести базы в Центральной Азии, с границ которой можно было убедительно грозить военной мощью.

Не стоит повторять, что с тех пор каждый российский ход в Центральной Азии был частью великого проекта, тщательно продуманного в Санкт?Петербурге, с чем, кстати, вполне согласен советский историк Халфин. Да, действительно, прежде среди министров и советников царя имелись серьезные разногласия насчет желательности сохранения за Россией Ташкента. Но на местах, особенно у генерала Кауфмана, никаких подобных сомнений не было — он и его сторонники понимали, что обладание Ташкентом дает ключ к завоеванию Центральной Азии. Его захват российскими войсками эффективно вбил клин между территориями Бухары и Коканда, позволив заниматься ими по отдельности. После взятия Черняевым Ташкента и отказа англичан прийти ему на помощь хан Коканда заключил соглашение с русскими. Это защитило тыл Кауфмана и позволило ему сконцентрировать силы на завоевании Бухары. Оправдания вторжению в эмират долго искать не пришлось. Уже в апреле 1868 года до Ташкента дошли сведения, что войска Бухары сосредоточиваются в Самарканде и собираются пересечь границы владений эмира с целью вытеснить русских из Туркестана.

Кауфман немедленно выступил на Самарканд с отрядом всего лишь в 3500 солдат — все, что удалось собрать. Однако встретил он лишь весьма незначительное сопротивление разрозненных отрядов бухарских войск, командиры которых конфликтовали между собой, а при его подходе обратились в бегство. На следующее утро к Кауфману прибыла делегация горожан с сообщением, что все войска ушли и что город желает сдаться. Таким образом, 2 мая 1868 года Самарканд был поглощен Российской империей ценой потери двух убитых и тридцати одного раненого. Для России его падение имело особое значение. Именно отсюда почти 500 лет назад великий монгольский завоеватель Тамерлан начал роковое нашествие на Московию. Захват этого легендарного города с его великолепными архитектурными сокровищами, включая могилу самого Тамерлана, воспринимался как сведение древних счетов. Не меньшим был значение его падения в восприятии населения Центральной Азии: сокрушительный психологический эффект закреплял за Россией репутацию непобедимой державы.

Оставив в Самарканде небольшой гарнизон, Кауфман ринулся преследовать главные силы бухарских войск и настиг их в 100 милях от столицы эмира. Несмотря на огромное неравенство в численности, тактическое превосходство и высокая боеспособность войск Кауфмана за день обратили бухарцев в бегство. Но дальнейшее преследование оказалось невозможным — крупные силы бухарских войск, прежде не обнаруженные разведчиками, атаковали российский отряд, оставленный в Самарканде. Многие горожане поддержали нападавших, мотивируя это стремлением избежать разрушения города. Положение русских, которые отошли к цитадели, становилось час от часу все отчаяннее. Наконец, отказываясь сдаваться, они решили взорвать склад боеприпасов с собой вместе. Но решительные действия Кауфмана их спасли. Подоспев к Самарканду, он отбросил нападавших, хотя к тому времени защитники города потеряли 50 человек убитыми и почти 200 были ранены.

У трижды побежденного и весьма обоснованно опасавшегося за судьбу своей столицы эмира не оставалось иного выбора, кроме как принять суровые условия капитуляции, выдвинутые Кауфманом. Теперь он был низведен до положения простого царского вассала, а его некогда мощная держава превращалась в российский протекторат. Кроме того, российским купцам гарантировали свободный проход через его владения и возможность назначать торговых представителей из местных. Кроме того, российские товары облагались пошлиной по льготным тарифам, что обеспечивало им преимущество по сравнению с импортом из Индии. Силой удалось достичь того, что десятью годами ранее Игнатьев так и не сумел получить путем переговоров, хотя сведения, с которыми он вернулся, оказали Кауфману неоценимую помощь. Наконец, в дополнение к обязательствам выплатить крупную компенсацию эмиру пришлось уступить русским имеющую ключевое значение долину Зерафшана, из которого Бухара получала воду, — таким образом они получали постоянную возможность удушения столицы. И наконец, эмир сохранял трон лишь при условии соблюдения всех пунктов соглашения. Хотя русские дали весьма неопределенные гарантии, что когда стабильность в регионе будет восстановлена, они вернут Самарканд эмиру, этого — точно так же, как и с Ташкентом, — никогда не случилось. Соответствующий статус этих городов оставался неизменным, пока не пришли к власти большевики, которые «освободили » Бухару и окончательно включили ее в состав СССР.