Что касается надежд на смену курса в делах церковных, то Федор Алексеевич развеял их самым решительным образом. Он выказал себя более радикальным сторонником реформ Никона, чем даже его отец.

Это видно из его действий, связанных с подавлением бунта в Соловецкой обители, а затем и с сожжением духовных вождей церковного раскола.

С 1674 года воевода Иван Мещеринов вел энергичные боевые действия, осаждая Соловецкую обитель. Иноки соловецкие оказались крепчайшими сторонниками «старой веры». Запершись в неприступной цитадели на Большом Соловецком острове, они отбивались на протяжении нескольких лет — даже когда заговорили пушки. Укрепления Соловецкого монастыря были таковы, что для их полноценной осады требовалась целая армия с мощной осадной артиллерией. Притом трудоемкая доставка даже самых мощных орудий отнюдь не гарантировала успех. Их ядра могли оказаться бессильными против могучей валунной кладки стен и башен обители.

Те на Соловках, кто желал по-прежнему молиться за царя и принял новый обряд, оказались в узилище. Староверы применяли насилие точно так же, как и правительство, когда они имели такую возможность.

Летом 1675-го Мещеринов получил с материка подкрепление. Еще через полгода он отважился на штурм, окончившийся неудачно. Но к концу января 1676 года за монастырскими стенами отыскался доброжелатель воеводы: среди братии и собравшихся в обители мирян шла борьба между сторонниками вооруженной борьбы и ее противниками. Доброжелатель этот показал тайный проход в монастырь, и воевода со стрельцами проник внутрь. Краткий бой завершил сопротивление осажденных. Многих из них Мещеринов, гневаясь, казнил, не ожидая на то указа из Москвы. Воевода освободил узников монастырской тюрьмы — тех, кто не поддержал восстание, продолжал молиться за царя и за это лишился свободы.

И тут из Москвы приходит сообщение о кончине Алексея Михайловича.

Для Мещеринова, безраздельно властвующего в обители, открывается соблазн: вознаградить себя за долгое осадное стояние монастырскими сокровищами. В условиях перехода власти из одних рук в другие, да еще на окраине царства, воевода мог надеяться на безнаказанность. И он изрядно набил мошну деньгами, иконами в драгоценных окладах, дорогими книгами, мехами, иным ценным имуществом. Этого Мещеринову показалось мало, и он принялся вымогать взятки у иноков.

Однако иноки сумели отправить в Москву челобитье на воеводу.

Может быть, сам Федор Алексеевич, а может быть, его вельможи приняли решение: наказать Мещеринова за бесчинства и корыстолюбие. Князь Владимир Волконский возглавил стрелецкий гарнизон, расследовал дело Мещеринова и посадил его под арест. Тот расстался с награбленным и только в 1677 году получил возможность выехать в Москву.

Но Мещеринова наказали не за взятие монастыря, а именно за его разграбление. Использование вооруженной силы в таком деле ничуть не ставилось под сомнение новым государем. При нем на Соловках стоял большой отряд стрельцов. А соловецкую братию в царствование Федора Алексеевича полностью заменили иноками из других обителей. Монастырские власти также были сюда отправлены из других мест. На Соловках, пользуясь точным словечком из современного лексикона, «зачистили» старообрядчество и полностью уничтожили возможность нового бунта. Этому, уже усмиренному, монастырю несколько лет спустя Федор Алексеевич даровал Спасскую церковь на Красном Бору в Устюге Великом со всей утварью и пашенными землями.

По всей России никаких вероисповедных послаблений староверы не дождались. Более того, репрессии со стороны правительства усилились. Весной 1682 года в Пустозерске подверглись огненной казни виднейшие духовные лидеры старообрядчества: протопоп Аввакум, инок Епифаний, дьякон Федор и поп Лазарь. Уничтожение персон такого уровня — не ошибка и не следствие интриг какой-то придворной партии. Это политическое решение, принятое царем осознанно, притом на закате царствования, когда он уже давно вышел из отроческого возраста. Алексей Михайлович оставил жизнь вождям староверов, хотя и держал их подальше от Москвы. Федор Алексеевич обошелся с ними жестче отца.

Аввакум в 1676 году отправил царю послание, где резко критиковал его отца и патриарха Иоакима. Об Алексее Михайловиче он прямо говорил: «В муках он сидит» — то есть попал в ад. Но не письмо подтолкнуло монарха к суровому решению. Из-за этой бумаги узников всего лишь оставили без чернил и бумаги. Дело в другом: осенью 1681 года Большой церковный собор официально попросил Федора Алексеевича «развратников и отступников», которые «по многом церковном учении и наказании» не покаются и не обратятся к правой вере, но останутся непокорны Церкви, «отсылать ко градскому… суду». Иначе говоря, переводить из церковной юрисдикции в светскую. А у светского суда, следующего кратким и четким формулировкам действующего законодательства, для самых неистовых старообрядцев был один приговор: сожжение.

Федор Алексеевич просьбу Церкви удовлетворил.

Во-первых, потому что видел: Церковь с расколом своими силами справиться не может.

Во-вторых, потому что старообрядцы сделались бродильным элементом для разного рода беспорядков и вооруженных выступлений. Многие староверы поддерживали Разина. А разинские вожаки баламутили потом Соловецкий монастырь, питая тамошний бунт своими мятежными привычками. В самой столице старообрядцы распространяли «воровские письма» и устраивали бесчинства (1681).

В-третьих, царь помнил пример отца, не постеснявшегося прибегать к огненной казни старообрядцев. Незадолго до смерти Алексей Михайлович принялся нещадно жечь их.

Наконец, в-четвертых, тот латинский элемент, который внесло в личность государя его обучение у Симеона Полоцкого, знавшегося с иезуитами, заставлял его смотреть на противников церковной реформы с крайним раздражением. Как на… варваров, как на упорствующих и притом опасных невежд.