Отдельные намеки, имеющиеся в заклинаниях, гимнах, описании ритуала, говорят о наличии у народа Эблы собственных мифов, но восстановить сюжеты по этим намекам невозможно. Зато о круге их мифологических пристрастий косвенно можно судить по тем фрагментам шумерских мифов, которые изучались в писцовых школах Эблы. Среди них две обнаруженные в архиве Эблы копии шумерского варианта мифа о потопе, отрывки эпического текста с упоминанием Гильгамеша, три экземпляра гимна Господину неба и земли. Исследователями отмечалось, что сохранившиеся фрагменты шумерских литературных сочинений свидетельствуют об особом интересе к произведениям, связанным с Уруком.

Таким образом, несмотря на ограниченность дошедших до нас сведений, религиозная жизнь Эблы вырисовывается с не меньшей ясностью, чем современная ей Шумера и Аккада, хотя и остается немало спорного в отношении субординации и функций отдельных богов пантеона. Прежде всего нет единого мнения в отношении главы пантеона. Дж. Петтинато полагает, что это Даган, божество, почитание которого было широко распространено в западносемитском мире, по крайней мере, начиная с середины III тысячелетия до н. э. О значимости Дагана свидетельствует и ономастический материал.

Отсутствие же его имени в списках богов Эблы, по мнению исследователя, «связано с религиозной концепцией табуации имени верховного божества». Дж. Петтинато и вслед за ним многие другие семитологи именно Дагана видят в часто встречающихся определениях типа «Господин», «Господин богов», «Господин страны».

П. Маттиэ, напротив, склонен считать верховными богами для периода, предшествовавшего аккадскому вторжению, супружескую пару, в которой мужское божество плодородия типа Дагана или Адада условно фигурирует под именем Куры (соответствие клинописных знаков точному имени бога не установлено) и Барамы, чье имя полностью исчезло в последующей сирийской религиозной традиции. Один из их храмов располагался на скале рядом с дворцом, другой — за городскими стенами. Именно эта пара получала наибольшее количество официально установленных жертв от царя, членов царской семьи, сановников и жрецов. Верховным богом Эблы Куру считал и И. М. Дьяконов. Однако мнение это возобладало сравнительно недавно: еще в конце 80-х гг. тот же П. Маттиэ с ним не был согласен и относил к Куре встречающиеся в ритуальных текстах упоминания «великой богини Эблы» и изображения на печатях женской фигуры, укрощающей львов, считая, что Кура — это великое женское божество плодородия, владычица домашних и диких животных, близкое по функциям к Иштар.

В настоящее время считается, что Иштар вобрала в себя функции другой, исчезнувшей к началу II тысячелетия богини хтонического характера — Ишкхары, именуемой в текстах «Госпожой скорпиона». В ее ведении были заботы о плодородии земли и плодовитости людей и животных.

Ассирийкая боевая колесница

Из мужских божеств, относимых в Эбле к числу великих, известен впоследствии исчезнувший из сирийского пантеона Идакул (или Идабал), чтение имени которого и функции разными исследователями определяются по-разному: одни (в том числе П. Маттиэ) считают его супругом Ишкхары, лунным божеством, аналогом аккадского Сина, другие — богом дождя и града, ипостасью Ваала — Хадада. До тех пор пока не была обнаружена в текстах супруга этого божества, его даже считали женским.

Четырех богов Эблы Дж. Петтинато относит к числу хурритских. Это Адаммау, Аштаби, чьи имена входят в названия месяцев, Хебат и упоминавшаяся выше Ишкхара. Однако хурритская их атрибуция встретила возражения других исследователей. Так, И. М. Дьяконов отмечает, что хурриты появились в Эбле лишь во II тысячелетии, составив в возрожденной после аккадского разрушения Эбле значительную часть нового населения. Они не могли передать ее доаккадскому пантеону своих богов и сами заимствовали из дохурритского субстрата имена Адаммау, Аштаби и Ишкхары (известной в регионах, где хурритское присутствие не засвидетельствовано); в отношении же Хебат, по мнению ученого, следует говорить о неправильном прочтении имени.

Бог Маррук

Целый ряд богов, почитавшихся в Эбле, совпадал как по аналогичной или близкой форме имен, так и по функциям с богами других западносемитских городов. Среди них уже упоминавшийся Даган, а также бог Грозы Адад (в форме Адда). В функции Адада входило и обеспечиваемое небесными явлениями плодородие. Последние десятилетия Эблы, когда город вошел Бог Мардук в сферу политического и культурного влияния Алеппо, где находился главный центр его почитания, Адад появляется на печатях Эблы в типичной для него иконографии: с жезлом в одной, поднятой руке, топором и уздой — в другой. Сохранилось и его монументальное изображение на стеле, самое древнее из найденных до настоящего времени. С начала II тысячелетия это величайший бог во всех городах Внутренней Сирии, не только ведавший плодородием земель, но и взявший в свои руки правосудие среди богов и людей.

Судя по обилию в текстах Эблы имен, содержащих концовку — il, зчительную роль в религии Эблы играл Ил, известный всем семитским религиям (в том числе и как обозначение бога вообще). О глубокой его древности свидетельствуют угаритские мифы, где он выступает как почитаемый, но уже одряхлевший и постепенно оттесняемый более молодыми богами.

С сакрализацией царской власти, возможно, связан Малик, после падения Эблы утративший ту значительную роль, какую играл в Эбле. Широко почитался Шамаш, названный по аккадскому шаблону сыном Сина, хотя в пантеоне Эблы присутствует собственное лунное божество.

Из наиболее распространенных богов, общих западносемитскому миру, в текстах архива представлены также важнейшее семитское божество Ваал (Баал угаритских текстов середины II тысячелетия), Рашап (или Расап), архаическая форма знакомого по Библии имени Решефа, бога Грозы, загробного мира, смерти и неотделимых от нее войн и эпидемий, бог-ремесленник Кашалу (более поздняя, угаритская форма — Котар), связанный с первозданными водами и мудростью Эа (шумерский Энки), Аштар (Иштар более поздних текстов), почитавшаяся даже после окончательного уничтожения Эблы хеттами в расположенном на той же территории ассирийском святилище как небесная и одновременно хтоническая великая богиня, владычица любви, плодовитости и плодородия, вместе с тем войны и правосудия, а также царственности и первозданного подземного океана.