В 113 году до н.э. Митридат со своими сторонниками возвращается в Понт и утверждает свою царскую власть над страной. Однако этого он сумел добиться только после безжалостной кровавой расправы с недругами из числа понтийской знати. При его дворе тайные убийства людей стали обычным явлением. Только после такого пролога восшествия на царство аристократия Понта признала его полноправным государем.

Своё долгое царствование Митридат VI Евпатор начал с создания сильной понтийской армии, во главе которой он намеревался совершить большие завоевания. Действительно, уже в скором времени воинственный царь Понта силой оружия подчинил себе соседнюю Колхиду, превратив её в понтийскую сатрапию, и Малую Армению, Херсонес Таврический, которому была обеспечена защита от Скифского царства и часть скифских оседлых племён в Таврии. Были заключены союзы со свободными племенами скифов, бастарнами и фракийцами.

Боспорский царь, последний представитель династии Спартокидов, отказался от власти в пользу понтийского царя Митридата Евпатора. В то время в Боспорском царстве произошло мощное восстание рабов и бедноты под руководством Савмака, сумевшего удержать власть в течение года. Войска Митридата Евпатора, совершив поход в Северное Причерноморье, подавили восстание рабов в Боспорском царстве, которое стало частью Понтийского.

Теперь Боспорское государство располагалось на берегах Чёрного и Азовского морей и вело длительные, и не без успеха, войны с могущественным Древним Римом. Греческие государства и Боспорское царство давали Митридату Евпатору немалые денежные средства, хлеб, рыбу и прочее продовольствие для его армии. «Варварские» народы, проживавшие к северу и востоку от владений Понта, регулярно поставляли наёмников в царскую армию.

Митридат мечтал о создании мощного во всех отношениях государства, способного стать преемником эллинистических династий. Своё влияние на восточных границах Рима он утверждал не только силой оружия, будучи тонким дипломатом и целеустремлённым политиком. Так, он выдал свою дочь за армянского царя Тиграна и мог надеяться в случае надобности на войска зятя. Митридат Евпатор сумел наладить мирные отношения и с вождями кочевых скифских племён, с которыми понтийцы вели оживлённую торговлю.

Однако на своём пути правитель Боспорского царства видел грозное препятствие — римскую экспансию на Восток. Митридат VI Евпатор решил утвердить своё господствующее положение не только в Малой Азии, но и на сопредельных с ней территориях, прежде всего в Греции.

Решение такой многотрудной задачи он начал с создания мощных вооружённых сил Боспорского царства — армии и флота. Митридат Евпатор сумел собрать огромную для того времени армию (по древним источникам, сильно преувеличивающим её реальную численность) в 300 тысяч человек. Армия была наёмной и царская казна располагала большими на то средствами благодаря стабильно собираемым налогам в понтийском государстве.

Согласно древним источникам, военный флот Митридата насчитывал до 400 боевых кораблей, построенных местными корабелами. Создание такой армады оказалось возможным потому, что среди его подданных было достаточное количество моряков торговых судов и рыбаков, ведь рыба, в солёном и валяном виде, была одной из главных статей экспорта страны. Большое количество кораблей позволяло перевозить на южное черноморское побережье многотысячные войска и вести войну против сильного римского флота.

Весной 88 года до н.э. понтийский царь вторгся в римскую Азию и без труда захватил её. Завоевание римских провинций Фивинии и Каппадокии сопровождалось страшной резнёй живших там римлян и италиков (жителей Апеннинского полуострова, не являвшихся гражданами Вечного города). Коренное население приветствовало приход на их земли Митридата, выступавшего в роли освободителя Малой Азии от римского господства. Владычество Вечного города тяжёлым бременем лежало на завоёванных Древним Римом народах, и они постоянно восставали против него.

Понтийский правитель после довольно лёгких для него побед в Азии повёл свою армию и флот на запад. Понтийцы двинулись через Македонию в Грецию. В Риме забили тревогу, и было собрано большое войско под командованием консула Суллы для отражения вторжения армии Митридата. Однако вспыхнувшая в Вечном городе междоусобная борьба отсрочила поход римского войска на восток, в Грецию.

В ходе Первой Митридатовой войны (89-84 годы до н.э.) понтийцы изгнали римлян из Малой Азии и Греции, разбив в нескольких сражениях таких известных полководцев Древнего Рима, как Кассий, Маний Аквилий и Оппий. Царь Митридат не раз демонстрировал перед своими противниками высокое полководческое искусство и стал одним из самых ненавистных врагов Вечного города.

Однако Первая Митридатова война началась для понтийцев поражением. В 88 году до н.э. царская армия осадила малоазиатский город Кизик и неожиданно для себя сама оказалась в окружении римлян под командованием Лукулла. Но этот полководец так и не решился на генеральное сражение с Митридатом Евпатором, хотя в многочисленных стычках с понтийцами римские (по их письменным свидетельствам) войска нанесли противнику немалый урон.

В это время консул Сулла успешно начал военную кампанию на востоке. В середине 87 года до н.э. его легионы высадились с кораблей в Греции, вставшей на сторону Митридата ещё до его прихода на греческую землю, и осадили Афины. Римская армия после долгих усилий к весне 76 года до н.э. взяла город, попытавшийся было сбросить с себя чужеземное иго с помощью Понта.

В отличие от Малой Азии, Митридата в Греции преследовали военные неудачи. Здесь у него появился сильный противник в лице честолюбивого полководца Корнелия Луция Суллы. Кроме того, близость греческой территории к Апеннинам позволяла Риму постоянно наращивать свои военные силы в Греции.

Армия Митридата под командованием Архелая и Аристиона, пройдя Македонию, вступила в собственно Грецию только тогда, когда были взяты Афины, на военный союз с которыми понтийский царь возлагал немалые надежды. К тому же теперь, помимо Суллы, он имел здесь и ещё одного сильного противника, пришедшего из Рима — большое войско марианцев во главе с Валерием Флакком, тоже желавших славы и военной добычи.

В 86 году до н.э. Корнелий Сулла разбил войска царя Митридата в двух сражениях — при Херонее и Орхомене. В первом из них римский полководец командовал 30-тысячной, хорошо обученной и дисциплинированной армией. 90-тысячным понтийским войском, которое имело 90 боевых колесниц, командовал царский полководец Архелай, который так и не сумел использовать в битве численное превосходство. В битве при Херонее полководец Сулла впервые в мировой военной практике использовал хорошо продуманную систему полевых укреплений. От митридатовой кавалерии он защитился рвами, а от боевых колесниц — палисадом. Римские легионы, выдержав первый натиск нестройных рядов неприятеля, сами пошли вперёд и одержали убедительную победу.

При Орхомене противники — Сулла и Архелай — встретились вновь. Понтийская конница в самом начале сражения нанесла сильный удар по выстроившимся для битвы римским воинам и потеснила их. Однако опытный Сулла в такой критической ситуации показал себя с наилучшей стороны. Он сумел собрать начавшие было отступать войска для ответного удара и разгромить понтийскую армию.

Сам царь Митридат VI Евпатор в том же году потерпел поражение от римского полководца Флавия Фимбрия в сражении при Милетополе. Победа римского оружия была полной. После этих поражений армия и флот Понта оставили территорию Греции, которой вновь завладели римляне. В Вечном городе с большими торжествами праздновали победу.

Митридат надеялся закрепиться в Малой Азии, чтобы оттуда начать новые военные действия против Рима, но события опередили его. В Греции, где стояла армия марианцев под командованием Валерия Флакка, вспыхнул солдатский мятеж. Главнокомандующий был убит, а на его место солдаты избрали главаря мятежа Гая Фимбрия. Он двинулся в Малую Азию и в сражении у Пропонтиды разбил митридатово войско, которое начало было восстанавливать свои силы.

Изменилась и обстановка среди многочисленных греческих островов в Эгейском море. Здесь уже безраздельно господствовал сильный военный флот Древнего Рима, вытеснивший более слабый, хотя и многочисленный, понтийский флот через проливы в Чёрное море.

Царь Митридат VI Евпатор запросил мира, который и был заключён в августе 85 года до н.э. в