Впервые в голове Менделеева мелькнула мысль: уйти из университета. Не видеть пошло- хладнокровных профессоров, рассуждающих о том, что студентов-де следует теперь усмирять не словами, а штыками. Не видеть солдат, жандармов, городовых и пожарных, стянутых к университету и своим присутствием молчаливо угрожавших его стенам. «Взволнованный, убитый всеми этими мыслями — иду, чтобы подать в отставку. В профессорской комнате написал прошение к ректору об отставке… Написал просьбу и пошел в правление — там Плетнев, Воскресенский, Срезневский, Мурашкин. Плетнев не берет, они все уговаривают, говорят опять о законности. О том, что если мы будем подавать в отставку, то они скажут, что профессора противу студентов. Вот выдумывают. Но я взял — бог знает, что говорило во мне: чувство ли самосохранения, привязанность ли к званию, надежда ли на поправку обстоятельств впереди, что ли другое — не знаю, но взял. Скверное время, низкое время — все чахлое какое-то, кроме молодежи».

После ареста и препровождения нескольких сот студентов в Петропавловскую крепость занятия в университете снова прекратились. И этот исход волнений 1861 года долго не давал Дмитрию Ивановичу покоя.

Студенческие волнения 1861 года показали и правительству, на каких неблагополучных основаниях держится жизнь российских университетов. Е. Путятин на посту министра просвещения был заменен Л. Головниным, который немедленно приказал приступить к разработке нового университетского устава. По этому уставу, утвержденному в 1863 году, главным органом университетского управления становился совет, который с утверждения министерства выбирал ректора, деканов, проректора или инспектора и профессоров. Причины же студенческих беспорядков считались устраненными введением университетской автономии и профессорского суда. Но студенческая жизнь была уже так тесно связана с мощными общественно-социальными процессами 1860-х годов, что одним уставом прекратить периодически вспыхивающие волнения было уже невозможно.

29 августа 1878 года Совет Петербургского университета получил инструкции министерства просвещения, отменявшие явочным порядком многие положения устава 1863 года. В них, в частности, запрещались какие-либо студенческие сборища, сходки, публичные концерты и т. д. И когда 27 ноября около полутораста студентов Петербургского университета собрались, чтобы потолковать о событиях, происшедших в Харьковском университете, к ним были применены новые инструкции, и волнения вспыхнули с новой силой.

В связи с этими событиями петербургский генерал-губернатор, герой русско-турецкой войны генерал И. Гурко вызвал к себе ректора университета А. Бекетова. Зная чересчур деликатный характер ректора, Дмитрий Иванович поехал к генералу вместе с ним. Когда профессора вошли, генерал встретил их криком. Сначала профессора слушали генерала молча, но потом вдруг Менделеев тряхнул своей львиной гривой и стал кричать на Гурко. «Кричали оба, — вспоминал В. Поссе, один из очевидцев этой «беседы», — но скоро голос генерала стал ослабевать, и слышны были только менделеевские громы:

— Как вы смеете мне грозить? Вы кто такой? Солдат, и больше ничего. В своем невежестве вы не знаете, кто я такой. Имя Менделеева навеки вписано в историю науки. Знаете ли вы, что он произвел переворот в химии, знаете ли вы, что он открыл периодическую систему элементов? Что такое периодическая система? Отвечайте!

Генерал смутился: он не имел ни малейшего понятия о периодической системе. Возникла пауза. И тогда Менделеев, распахнув двери, спокойно и внушительно сказал Бекетову: «Пойдемте. Он теперь не пойдет разносить университет».

Волнения, вызванные инструкциями 1879 года, продолжались в течение всего следующего года, и тогда-то Дмитрий Иванович снова решил подать в отставку. Но, как мы уже знаем, коллеги отговорили его от этого шага, выхлопотали ему отпуск, и он уехал в Рим к Анне Ивановне. А вскоре вступление на престол реакционнейшего Александра III ознаменовалось утверждением устава 1884 года, ввергнувшего русские университеты в состояние хронических беспорядков. В начале весны 1890 года начались волнения в Петровской академии в Москве. Полиция арестовала 175 человек, и 30 человек были отданы в дисциплинарный батальон. Петровцев поддержали студенты Московского университета, а 13 марта Дмитрий Иванович, которому студенты доверяли, узнал о готовящихся сходках в Петербургском университете. Вечером к нему пришли А. Иностранцев и Р. Докучаев и уговаривали вместе с другими профессорами попытаться успокоить студентов.

На следующий день, переговорив с профессорами и студентами, Дмитрий Иванович заехал вечером к министру просвещения И. Делянову и говорил с ним о студенческих волнениях, передал просьбы студентов. Разговор был мирный, лишенный всякой запальчивости. 15 марта студенты вручили Дмитрию Ивановичу петицию, и поскольку все остальные профессора поспешили уклониться от участия в передаче петиции министру, Дмитрий Иванович решил отвезти ее одни, движимый лишь желанием «сохранить покой университета, хотя бы с личною расплатою». Вечером, поехав к Делянову, Менделеев его не застал и оставил пакет с петицией, приложив к нему свою записку. Каково же было негодование и гнев Дмитрия Ивановича, когда на следующий день пакет был возвращен ему с сопроводительным письмом следующего содержания: «По приказанию Министра народного просвещения, прилагаемая бумага возвращается действительному статскому советнику, профессору Менделееву, так как ни Министр, и никто из состоящих на службе Его Императорского Величества лиц не имеет права принимать подобные бумаги…»

На этот раз решение Дмитрия Ивановича покинуть университет было непоколебимым. 17 марта он лично выразил Делянову свой протест против оскорбительных для него действии министра, а спустя два дня почти насильно заставил исполняющего обязанности ректора университета принять прошение об отставке. Даже обращение университетского совета не склонило его переменить свое решение.

Свою последнюю в жизни университетскую лекцию, прочтенную 22 марта 1890 года, Менделеев посвятил разъяснению основной задачи университетского образования, которую он видел в стремлении «к пониманию истины во всей ее чистоте и совершенстве». «Желаю вам постигать истину самым спокойным образом и покорнейше прошу не сопровождать мой уход аплодисментами по множеству различных причин» — так закончил он свою лекцию. И, как вспоминает Б. Вейнберг, один из слушателей этой исторической лекции, «подчиняясь воле властителя наших дум, мы, как один человек встали и с тяжелым сердцем и чуть не со слезами на глазах в полном молчании вышли из аудитории».

Вторая женитьба Менделеева наделала в свое время много шума и, как говорят, послужила даже поводом для знаменитого каламбура, сорвавшегося с языка Александра III. Некий генерал просил царя дать ему разрешение на второй брак, в чем царь упорно отказывал. И тогда, исчерпав все доводы, генерал решил напомнить Александру III о том, что вот есть же-де вторая жена у Менделеева. Но император сразу же поставил генерала на место: «Это верно, что у Менделеева две жены, — сказал он. — Да Менделеев-то у меня один».

И тем не менее факты свидетельствуют о далеко не столь идиллических отношениях между царями и их чиновниками и Дмитрием Ивановичем Менделеевым.

История с неизбранием в академию, история ухода из университета показывают, что единственной защитой Менделеева от дерзости чиновников была не его всесветная слава, а тот великолепный иммунитет, который выработал в себе Дмитрий Иванович и который защищал его лучше всякой монаршей благосклонности. Когда в 1801 году в поисках места и заработка он по совету друзей пошел на прием к директору департамента сельского хозяйства, унизительные обстоятельства этого визита совершенно выбили его из колеи. «Не могу почти слова сказать, — записывал он в дневнике, — скверность обуяла, и теперь вся грудь дрожит — отравил он меня. Сам, конечно, виноват… Не привык я ни носу задирать, ни шеи гнуть, а у них надо и то и другое делать, средина исключена. Пусть их царство и цветет — не нам место там — унизительно, опошлеешь с ними — скверно, и плакать хочется, и злоба берет».