Эпоху Манассии не так легко определить археологически, то есть определить конкретные городские уровни, построенные в городах по всей Иудее во время его правления. Несмотря на то, что в Иудее керамика позднего железного века II известна лучше, чем любой другой фазы железного века, ее датировка все еще является не достаточно точной для распознания стилей конкретного поколения. Основной причиной этой неудовлетворительной ситуации является то, что для точной датировки наборов керамики мы должны выявить слои разрушения, которые можно было бы смело отнести к конкретному историческому событию. Вся керамическая хронология последнего этапа истории Иудеи после падения Израиля основана на одном городе (Лахиш в Шефеле), который дважды обеспечивает такое необходимое сочетание однозначного археологического слоя разрушения с богатыми находками и надежного исторического источника. Во-первых, ассирийские летописи, рельеф Ниневии, а также Библия не оставляют сомнений в том, что этот город был разрушен Синаххерибом в 701 году до н.э. Во-вторых, библейское упоминание Азеки и Лахиша в качестве последних очагов сопротивления вавилонскому вторжению (Иер. 34:7), подтвержденное найденным в этом месте остраконом, убедительно доказывает, что Лахиш был уничтожен вавилонянами в 587/6 году до н.э.

Эти два разрушения Лахиша были связаны с концами слоев III и II на этом участке. Сравнение наборов керамики позднего железного века II, которые были открыты в других иудейских местах, с двумя богатыми, хорошо датированными наборами керамики Лахиша позволило ученым выделить два уровня в Иудее восьмого-седьмого веков до н.э.: города, разрушенные ассирийцами в конце восьмого века до н.э., и города, разрушенные вавилонянами в начале шестого века.

Царствование Манассии находится между этими двумя уровнями. Так как Манассия был верным вассалом Ассирии, в его время не было войн, не было больших разрушений. В его дни в Иудее наступило мирное время. Но что было хорошим для народа Иудеи, по иронии судьбы является плохим для археологов. У нас даже нет ни одного слоя, который можно было бы смело отнести к его дням. Основанные Манассией города дожили до окончательного падения Иудеи, и поэтому слои уничтожения отображают материальную культуру последних лет, а не первых. Таким образом, единственный способ определить эпоху Манассии заключается в определении общего заселения и демографических тенденций в Иудее между 701 годом и концом седьмого века. Учитывая, что царствование Манассии наступило сразу после кампании Синаххериба и представляет собой важный период восстановления экономики, даже эта довольно общая информация имеет большое значение.

В книге Хроник повествуется о том, что кампания Иосии по культовому очищению и территориальных завоеваниях распространялась далеко на север и на юг, в «города Манассии, Ефрема, Симеона, и даже Неффалима» (2 Паралипоменон 34:6). Соответственно, многие библейские археологи давно приняли сообщение автора Хроник за чистую монету и считали, что царство Иосии распространялось на большую часть территории Западной Палестины, от нагорья Негева на юге до Галилеи на севере. Согласно этой точке зрения Иосия захватил большую часть территории бывшего северного царства, а также распространился на юг и запад, в районы, которые никогда ранее не контролировались Иерусалимом. Однако новые археологические исследования показывают, что территориальные успехи Иосии были гораздо более ограниченными.

Старая, максималистская точка зрения о северных границах Иудеи во времена Иосии была основана на находках в Мегиддо. После падения северного царства ассирийцы сделали Мегиддо столицей своей провинции в северных долинах и Галилеи. Они отстроили город в совершенно новом виде, с двумя типичными ассирийских дворцами и новой планировкой прямоугольного города с множеством параллельных улиц, пересекающихся под прямым углом. Этот город (слой III) - это лучший археологический пример ассирийского административного центра в западных провинциях империи. Он функционировал до ухода ассирийцев из Палестины в конце седьмого века до н.э.

Следующий слой в Мегиддо (слой II) во многих частях кургана является простым продолжением предыдущего города с минимальными реконструкциями и дополнениями. Но существуют два основных различия между городами слоя III и  слоя II: в более позднем уровне, городская стена вышла из употребления, а массивное здание, которое командой из Чикагского Университета было определено как форт, был построено на восточной стороне холма. Там он возвышался над долиной и международной дорогой из Египта в Месопотамию. Слой II этими же археологами был приписан Иосии 'в его попытках объединить два царства', а его частичное разрушение было приписано схватке, которая в конечном итоге привела к гибели Иосии.

Поэтому крепость Мегиддо, вероятно, предоставляет недостающее звено, объясняющее схватку с Нехо. Было отмечено, что Иосия захватил все горные территории бывшего северного царства, а затем распространился дальше на север к Мегиддо и сделал его своим северным стратегическим форпостом. Контроль над всем районом от Иерусалима до долины Изреель позволял Иосии выступить со своей армией к Мегиддо, возможно, пытаясь не дать Нехо оказать помощь ассирийской армии в войне против вавилонян.

Что касается предполагаемой западной границы Иудейского царства во времена Иосии, наградой для максималистов стал Мецад  Хашавьяху - небольшой участок на побережье в 24 км к югу от Тель-Авива. Это скромное здание, которое было определено как крепость (отсюда и название на иврите, мецад, или 'крепость'), выдало две интересные находки. Первая – набор керамики, который надежно датирован седьмым веком до н.э., включал импортированную греческую керамику. Вторая – ряд остраконов, найденных в этом месте и написанных на библейском иврите. Они упоминают яхвистические имена с окончанием -яху: Хошаяху, Обадияху, Хашавьяху. Поэтому это место было отождествлено как крепость, построенная Иосией на побережье с целью предоставить Иудее доступ к морю. Он был укомплектован иудейским командиром и греческими наемниками, служившими в иудейской армии, в том же качестве, в котором они служили в египетской армии того времени. Остраконы того времени, найденные в иудейской крепости Арад в долине Беэр-Шевы, казалось, поддерживают эту идею. Они упоминают распределения продовольствия среди людей по имени киттим (термин, обозначающий 'греки'), то есть, среди контингента греческих наемников в иудейской армии.

Обсуждение границы царства Иосии на юге сосредоточилось на двух больших крепостях седьмого века - Кадеш-Барнеа и Хацева, раскопанных израильским археологом Рудольфом Коэном в пустыне далеко к югу от южной линии иудейских городов долины Беэр-Шевы. Кадеш-Барнеа господствует над крупнейшим оазисом на важном торговом пути из южной Палестины к Акабскому заливу и далее на юг к Аравии. Согласно мнению археологов, в этом месте был построен ряд иудейских крепостей. Последняя из этого ряда была построена во времена Иосии и разрушена вавилонянами в 586 году до н.э. Это последнее сооружение было определено в качестве иудейской крепости из-за определенного сходства с иудейскими крепостями в долине Беэр-Шевы, и потому что там было найдено несколько остаконов на иврите, а также потому что общая историческая оценка царствования Иосии предполагала вероятность иудейской экспансии в этой области. В Хацеве, примерно в 32 км к югу от Мертвого моря, массивное квадратное казематное сооружение, площадью в 1 гектар, с искусно сделанными четырехкамерными воротами, было датировано