Ранее уже стало ясно, что Красная Армия, наряду с аппаратом военного командования, зиждилась еще на одном столпе — автономном политическом аппарате, который обладал собственной субординацией и был непосредственно подчинен начальнику Главного управления политической пропаганды (с июля 1941 г. — Главное Политуправление), пресловутому армейскому комиссару 1-го ранга Мехлису. К этому добавлялось еще одно зловещее учреждение, функционировавшее скрытно, но тем более опасное, — аппарат террора НКВД, который в организационном плане не имел отношения к Красной Армии и получал свои указания от наркомата внутренних дел во главе с Берией. Система власти Советского Союза, как говорилось, руководствовалась простым принципом: тот, кто не верил пропаганде, ощущал на себе террор. И в Красной Армии тоже были предусмотрены для этого наилучшие организационные условия.

Не совсем необоснованное недоверие Сталина к надежности «командного состава» и войск Красной Армии вообще вызвало 16 июля 1941 г. в армии, а 20 июля в Военно-морском флоте весомые организационные последствия. Ведь с этих дней во всех корпусах, дивизиях, полках, в штабах военных учебных заведений и учреждений, а также в технических частях — танковых батальонах и артиллерийских дивизионах, с декабря — также в стрелковых батальонах учреждался «институт военных комиссаров», во всех ротах, батареях, эскадронах, эскадрильях в соответствующей функции — «институт политических руководителей» (политруки), которые при выполнении своих задач использовали политотделы. На уровне армий и фронтов эти же задачи взяли на себя высокопоставленные партийные функционеры в роли членов Военных советов. Согласно Указу Президиума Верховного Совета СССР «Законодательные предписания о военных комиссарах в Красной Армии», подписанному председателем Президиума Калининым 16 июля 1941 г., командующие и командиры частей в тот же день лишились принадлежавших им до сих пор политических функций, которые теперь, в роли военных комиссаров или политруков, в полном объеме приобрели их прежние заместители по вопросам политпропаганды.

Однако этим в большинстве своем «совершенно необразованным в военном отношении» функционерам была вверена в армии не только политическая ответственность, но и «ответственность за военную работу», ответственность «в военном отношении». Хотя формально они были лишь «равноправными» с командирами, но на практике являлись вышестоящими по отношению к ним и в действительности были их соглядатаями, ведь они имели право и обязанность «строго контролировать выполнение всех приказов высшего командного состава» и «ставить в известность Верховное командование и правительство о командирах и политработниках, которые недостойны имени командира и политработника и которые своим командованием роняют честь Красной Армии». Войсковой командир даже в должности командира дивизии больше не мог принимать решений от себя также в оперативных и тактических вопросах, а был низведен до роли исполнительного органа, простого военспеца. Ведь все приказы командира без подписи военного комиссара, представлявшего «партию и правительство в Красной Армии», являлись недействительными, а приказы комиссара или политрука без подписи командующего или командира были действительны и в любом случае должны были выполняться. Как показал комиссар 280-й стрелковой дивизии Мартынов 5 июня 1942 г., военный приказ подлежал исполнению лишь тогда, когда комиссар ставил на нем служебную печать, находившуюся только в его распоряжении.

Какое значение придавалось в Красной Армии политическому аппарату, показывало не только главенствующее положение военных комиссаров, но и многочисленный личный состав политуправлений и политотделов, находившихся в их распоряжении. Так, например, личный состав политотдела стрелковой дивизии, согласно данным как командира 436-го стрелкового полка майора Кононова и начальника оперативного отделения 137-й стрелковой дивизии капитана Нагельмана, так и функционера центрального аппарата НКВД Жигунова, насчитывал 25 человек: дивизионный комиссар, начальник политотдела и еще 23 сотрудника. Тем самым политотдел превосходил по численности персонал военного штаба дивизии. Если к тому же принять во внимание политорганы полков, батальонов, рот, то (с учетом партийных и комсомольских секретарей и политинструкторов, но без учета многочисленных агентов и шпиков и рядовых членов партии и комсомола) получается совокупная численность в 559 штатных функционеров.

Сфера задач политического аппарата была уточнена в «Программе для комиссаров и политруков в Ленинграде», изданной армейским комиссаром 1-го ранга Мехлисом 19 августа 1941 г. вслед за приказом № 27 °Cтавки Верховного Главнокомандования. Согласно ей, военный комиссар, «наряду с командиром», однозначно являлся и «военным руководителем своего подразделения». Он должен был следить и шпионить не только за всем составом рядовых, но и за командирами, командованием частей и офицерами и при этом «сотрудничать с органами военной прокуратуры, трибуналов и особых отделов». Военные комиссары и политруки должны были обеспечивать «безусловное выполнение» всех боевых приказов и отвечали за то, чтобы солдаты «храбро» и с «неизменной готовностью» «сражались до последней капли крови с врагами нашей Родины». Стало быть, именно они в первую очередь гнали красноармейцев под огонь, невзирая на потери. Одновременно комиссар был обязан «вести беспощадную борьбу с трусами, паникерами и дезертирами, твердой рукой восстанавливая революционный порядок и военную дисциплину». Это означало, иными словами, «расстреливать на месте» каждого военнослужащего, независимо от ранга, при попытке перейти к врагу (или сдаться в плен) или при проявлениях «нежелания наступать». Точно так же это значило «беспощадное» уничтожение «трусов и паникеров, малодушных и дезертиров», то есть всех, «кто самовольно, без приказа оставляет позицию». В бою с трусливыми командирами надлежало поступать в соответствии со сталинским приказом № 270. «В рядах Красной Армии, — гласил призыв Мехлиса к военным комиссарам, — нет и не может быть места для маловеров, трусов, паникеров, дезертиров и малодушных.»

Господствующая роль комиссаров и политруков в Красной Армии в качестве соглядатаев и погонщиков приводила к тому, что масса военнослужащих видела в них объект страха и неприязни. Это касалось, в частности, и офицеров, чьи командные прерогативы были сужены и которые зачастую подвергались и личной угрозе, а потому не проявляли сдержанности в оценках — во всяком случае, перед немцами. Так, командир 49-го стрелкового корпуса генерал-майор Огурцов, кстати говоря, заклеймивший советский режим «как величайший обман народа в мировой истории», 11 августа 1941 г. «с величайшим ожесточением высказался о сотрудничестве со своим политическим комиссаром», который хотя и не обладал «никакими военными знаниями», но был наделен «неограниченными полномочиями» и имел «решающее слово во всех вопросах». Этим оказывалось значительное влияние на боевые действия «в ущерб корпусу». Военный комиссар постоянно угрожал доносами.