Пропагандное имя ордена и его устав показным образом как бы скопированы с известных правил св. Василия Великого для монашествующих. Но все действительное содержание нового монашеского устава было копией с католических орденов. Правой рукой Ипатия в этом предприятии был его наместник Иосиф Вельямин Рутский. Это был вдохновенный униат из семьи изменников Москвы. Сын воеводы Вельяминова, он перебежал в Литву в 1568 г. и здесь обращен иезуитами в латинство. После школьной подготовки в Риме ему и предложили служить латинству в униатском обличии. Потей назначил его архимандритом захваченного Виленского Троицкого монастыря. Этот монастырь и определен был стать главой перевоспитываемого русского униатского монашества. Все другие, захваченные в унию русские монастыри, подчинены были этому Троицкому Виленскому монастырю, как главе всего монашества, ставшего и по имени Базилианским. Главой ордена назначен протоархимандрит И. В. Рутский с званием генерала. Как и другие орденские монастыри, базилиане были поставлены в независимое положение от местных епархиальных архиереев. Они подчинялись непосредственно особому прокуратору в Риме, состоящему в Римской курии. В Базилианский орден стали вливаться и чистые латиняне, даже сами иезуиты. Это не было секретом, это было открытым как бы подвигом восполнения убогого и невежественного русско-униатского духовенства.

Умерший в 1613 году Ипатий Потей передал возглавление митрополией Иосифу В. Рутскому. Последний жил и действовал, как митрополит, еще целую четверть века. Ипатий и Иосиф — эти два интеллигентных и волевых деятеля духовно сформировали и укрепили организм униатской церкви. И. Рутский позаботился материально усилить, обогатить базилиан земельными имуществами, отнятыми у православных монастырей и церквей, и даже у своих униатских. В 1617 г. митрополит И. Рутский созвал конгрегацию всего униатского монашества. Главной очередной задачей базилиан было поставлено школьное воспитание униатского народа, а для этого — поднятие образовательного уровня самих базилиан. По предварительным соглашениям с папским центром, для этой цели было ассигновано достаточное количество стипендий в католических семинариях Запада: начиная с Вильны, — в Праге, в Вене и в самом Риме. Другое очень важное и характерное постановление этой конгрегации сводилось в сущности к отнятию у русских униатских епископов их верховной власти и к передаче ее в руки ордена. Постановлено и безропотно принято к исполнению, что митрополит отныне не имеет права назначать себе викария, как естественного своего преемника, без согласия ордена. При И. Рутском в базилианский орден влилось множество чистых латинян, особенно на должности многочисленных школьных учителей, быстро воспитавших толпы латинизированных русских юношей, с увлечением помогавших не только латинизовать ходячую доктрину православия для народа, но и самые церковные обряды, о чем мечтал Ипатий Потей.

Положительной стороной польской государственности было то, что православные могли и печатно, и устно, и на генеральных сеймах заявлять о своих стеснениях и лишениях. Известна, например, речь Волынского православного депутата («посла») на Варшавском Сейме 1620 г., Лаврентия Древинского: «Уже в больших городах церкви запечатаны, церковные имения расхищены, в монастырях нет монахов, там теперь запирают скот. Дети мрут без крещения. Покойников вывозят из городов без погребения, как падаль. Мужья с женами живут без церковного благословения. Народ умирает без причащения. Во Львове не униат не может приписаться к цеху, к больному нельзя открыто идти со Св. Тайнами. В Вильне тело православного покойника нужно вывозить из города только в те ворота, в которые вывозят нечистоты. Монахов, непреклонных на унию, ловят и бьют, хватают на дорогах и бросают в темницу». Учитель Виленской братской школы Мелетий Смотрицкий в 1610 г. напечатал свою книгу: «Фринос или Плач церкви восточной». В нем он описал печальное положение гонимой и теснимой православной церкви в Польше. Доля конституционных свобод не гарантирована фактически от оскорблений и насилий православия в ежедневном быту. Уличная чернь имела фактическую возможность безнаказанных нападений на православных. Подогревали ее к этим погромным выпадам бродячие оборванцы, бывшие польские жолнеры, озлобленные за все свои неудачи в московских пределах в пору Смуты. Настроченные иезуитами школьники делали нападения на православные дома, церкви, особенно, на церковные процессии. В судах в применении к православным господствовала «неправда черная». Государственный защитник и протектор православия кн. К. К. Острожский умер в 1608 г. Другие паны малодушно ополячились. Опорной силой для православия остались казаки. Их гетманы (немецкий термин: Наuрtmаnn),т. е. командиры воинских сил были жизненно нужны правительству для сохранения власти над юго-восточными Днепровскими окраинами, для обороны от Турции и для войны с самой Москвой, о чем поляки помышляли и по воцарении Михаила Федоровича Романова. Казачий гетман Конашевич-Сагайдачный гарантировал правительству верность казачьей службы на условии вероисповедной свободы для православия в границах его специальной власти, — на Киевщине. Но Сагайдачный умер в 1622 г. И влияние регулярной казачьей силы, так наз. «реестрового казачества», ограничивалось фактически усилившейся после введения унии анархической силой не регулярного, а вольного казачества в южных степях. Туда бежали «козаковать», т. е. вольно жить беглые русские холопы из Польши и питали там огромную ненависть к польскому панству. Со введением унии это степное анархическое казачество, выкинув над собой знамя русской народности и православия, этим облагородило и возвысило смысл своей вольницы и косвенно усилило стояние в православии и уверенность в себе именно Киевской, а за ней и всей юго-восточной части Руси.

Православная сторона к этому драматическому моменту, к счастью, не оказалась дезорганизованной. Преданная епископатом, она уже привыкла сознавать себя защищаемой в своем церковном быту повсюду проникшими братствами. Патриарх Мелетий Пигас в своих посланиях на Русь признает и одобряет эту роль мирянской организованности: «Вемы, яко утверждение церкве суть, яже по местех священныя братства и яко щит некий в помощь самой церкви». Сам глава униатов И. В. Рутский признавал, что «братства создали некоторый вид новой республики, которая наносит униатам много зла».

Лишенное внутреннего вдохновения униатство защищалось извне протекционными силами иезуитов. У православных оказался свой духовно богатый капитал защитной энергии и сил, в частности, и для литературного творчества.

П. Скарга, вслед за униатским Брестским собором 1596 г., издал памфлет, подрывающий значение православного собора, как якобы незаконного. Почему незаконного? Потому, что большинство в нем составляли миряне. На латинский взгляд участие в соборе мирянской «массы» есть самоочевидный абсурд. По Скарге, раз иерархия унию приняла, вопрос решен окончательно. Скарге ответ на эту пропаганду вдохновился сделать протестант пан Христофор Бронский или Броневский (под псевдонимом Христофора Филалета), как союзник православных на поле борьбы за религиозную свободу. Хр. Бронский противопоставил слепому клерикалу — Скарге, право активного участия мирян в делах церкви с апостольских времен. В церкви нет левитства; христиане — все причастны к священству. Да православные сейчас и не без вождей иерархических. С ними два епископа — Гедеон и Михаил. К чему ведет слепое послушание иерарху? Ведь Кирилл Терлецкий то и гляди, что потурчится (намек на гнусность нравов). Не придется ли тогда его стаду перейти в ислам? Стало быть, суть дела не в титулах, а в подлинных христианских качествах. Иезуиты ответили бранчивым памфлетом «Антиррисис», где вскрывается псевдоним Хр. Филалета, как протестанта. Православная сторона в первый момент еще не успела сразу выдвинуть достаточного количества писательских сил, но в 1605 году во Львове издано обстоятельное историческое изложение подготовки и проведения в жизнь унии под заглавием: «Перестрога» (т. е. предостережение). Деятельный патриарх Александрийский (временно и Константинопольский) Мелетий Пигас направлял на Русь против унии свои послания, и они теми или иными путями доходили до православных. Героические курьеры из Афонского монашества делали это дело с вдохновением. Среди них