Волги стоял монастырь строения того же Макария и возле него выросло селение Макарьево, впоследствии город, ставший центром раскидывавшейся здесь Макарьевской ярмарки, передвинувшейся затем в Нижний. Съезжавшиеся сюда московские купцы не могли не разузнать здесь о ставшим знаменитостью местном священнике Никите. Они зазвали Никиту переехать в Москву. Никита переселяется в столицу и здесь протекают мирно 10 лет его семейной приходской жизни. Вдруг все его три сына умирают; Никита потрясен и видит в этом знамение Божие, призыв «уйти из мира». Он сговаривается с женой, что она пострижется тут же в Московском Алексеевском Кремлевском монастыре, а сам он уезжает на Соловки в строгий Анзерский скит под начало старца Елеазара. Здесь на 31-м году своей жизни он постригается с именем Никона. Бремя подвига берет на себя богатырское. Кроме общего келейного правила, Никон ежедневно прочитывал всю Псалтырь и клал по 1.000 земных поклонов. Тут он прочитал много святоотеческих творений и другой церковной письменности. Жизнь была строго одинокая. Иноки сходились только по субботам и воскресеньям. Никон приобрел способность видений. Видения продолжались у него и в последующей жизни. По словам его жизнеописателя и келейника Шушерина, в это Соловецкое время «диавол велию брань нача воздымати на Никона: бесы давляху его и другие пакости деяху». Никон еще более прибавил себе молитвенных подвигов. Но избыток сил, очевидно, требовал какого-то подвига не затворнического, а деятельного, практического. Мудрый Елеазар взял Никона с собой в деловую поездку в Москву, как умного советника.

В Москве Никон представлялся вместе с Елеазаром царю Михаилу Федоровичу. Вернулись они оба к себе с деньгами для построения каменного храма. Никон торопил с постройкой, а Елеазар оттягивал, считал это излишней роскошью. Никон не вынес ссоры и убежал. В небольшой лодке с мужиком-помором он пустился в путь на берег материка. Но в буре они едва не погибли. Спаслись, пристав к острову Кию, около устья Онеги. В 15-ти верстах от города Онеги впоследствии Никон в память этого спасения выстроил тут свой личный монастырь — Крестный. Из устья Онеги Никон прошел пешком 120 верст в Кожеезерскую обитель на острове Коже, Каргопольского уезда. Здесь по благословению настоятеля Никон опять начал подвиги уединения. Через три года по смерти настоятеля монахи избрали Никона игуменом и послали его на поставление в Новгород (1643 г.). В 1648 году Никон по делам монастыря прибыл в Москву. Молодой царь Алексей при первой же встрече возжелал иметь Никона на Москве. Никон его очаровал. Царь чтил Елеазара, ибо, по словам отца своего Михаила Федоровича, и самым рождением своим царь Алексей обязан был молитвам этого старца. Царь Алексей Михайлович не отпустил Никона из Москвы. Сделал его архимандритом Ново-Спасского монастыря, который был родовым монастырем-усыпальницей Романовых. Таким образом, Никон стал как бы домовым царским священником. Новый архимандрит обстроил, украсил монастырь и завел в нем строгие порядки. Царь зачастил в монастырь, а Никон — к царю. Тотчас к новому любимицу царя потекли челобитные. Он оказывал протекцию и тем приобретал популярность. Царь велел Никону являться к нему каждую пятницу к заутрени во дворцовую церковь. Тут докладывались царю челобитные и шли беседы с царем о всяких делах. К Никону не только «валил народ», но потянулись и бояре. Почуяли его силу и «князья церкви», протопопы Стефан Вонифатьев и Иван Неронов. Никону явно открывалась дорога на самый высокий пост. Через три года, в 1649 г., царь продвинул его на митрополию Великого Новгорода. Царь дал новому митрополиту особые полномочия как, может быть, в целях умиротворения Новгорода, так, вероятно, и по внушению самого Никона, который имел чрезвычайно высокие представления о превосходстве власти церковной над государственной. 1649 г. был годом составления нового гражданского «Уложения». В нем проведена была тенденция к секуляризации церковных имуществ и ограничению автономных привилегий судебного ведомства церкви. Это усиление государственного веса над бытовыми церковными привилегиями ощущалось, как обида, всем епископатом. Но один Никон готов был противопоставить этому факту не только обиду, но и целое богословие. С этого момента пред Никоном обрисовывается главнейшая цель его церковного служения: — это победа над светским, боярским, государственным мировоззрением, казавшимся Никону нечестивым и не церковным, во имя православного церковного и канонического (как казалось Никону) преобладания Церкви над государством. Он хотел это выявить в своем Новгородском правлении. Ему царь дал сразу привилегию, или изъятие из только что созданного «Уложением» нового статута. По «Уложению» весь гражданский суд над людьми церковного ведомства и все наблюдение за церковной экономикой подлежало ведению ново созданного государственного «Монастырского Приказа». Никону дано было право судить все население церковных земель своей митрополии по-прежнему своим церковным судом. Мало того, ему было дано исключительное право высшего надзора в новгородской области даже и над самым судом государственным. Он ходил по тюрьмам и контролировал светское судопроизводство. В то время как новгородским дьякам было строго запрещено вмешиваться в дела митрополичьи. В народе это Никону прибавляло популярности. Денежные средства кафедры Никон широко тратил на благотворительность. Он устроил четыре богадельни. Во время голода кормил триста человек ежедневно и учредил для неимущих погребальную палату. Во время народного бунта 1650 г. он вел себя мужественно. Дал сбежавшему воеводе Хилкову укрыться в его палатах и грудью выступил против бунтовщиков, ворвавшихся к нему.. Потерпел от них избиение и имел силы пойти на другую сторону Волхова служить там литургию, а после нее увещевать бунтовщиков и упорных — анафематствовать. Когда для усмирения бунта подошли московские войска князя Хованского и смяли новгородцев, тогда бунтовщики вместе с женами повалились в ноги к тому же Никону. И он ходатайствовал о прощении их. Этот великодушный акт покорил Никону сердца новгородцев и, разумеется, возбудил признательность и царя и правительства. Никон не раз приглашался в Москву царем и не переставал его радовать своими достижениями в сфере церковного благоустройства. Никон не задумываясь упразднил в Новгороде безобразие многоголосия и ввел единогласие. Уничтожил старое «храмовое» пение («согрешихомо, беззаконовахомо, неправдовахомо…») и завел пение гармоническое, трехголосное по киевскому образцу. Привлекал этим пением новгородцев и удивлял самую Москву, привозя певчих с собой. Царь любовался своим любимцем и с гордостью показывал его и иностранным гостям, как, напр. Иерусалимскому патриарху Паисию, который восхищался Никоном, и после своих бесед в свою очередь хвалил Никона, как мудрого советника царю Алексею. Царь в переписке с Никоном наделял его самыми восторженными комплиментами: «Избранный и крепкостоятельный пастырь, наставник душ и телес, возлюбленный любимец и содружебник, солнце, светящее во всей вселенной, особенный («собинный») друг душевный и телесный».

Никон развивал любовь к себе царя не только по личным мотивам, но и в целях своей церковной идеологии, в целях достижения действительной покорности светской власти церковной, в целях достижения восточной теократии, как ее понимал Никон по своему начетничеству. При открытии мощей Саввы Сторожевского, Звенигородского чудотворца, Никон внушил царю перенести в Московский Успенский собор мощи трех святителей московских — мучеников за христианскую правду и за свое отечество, но неправедно гонимых государственной властью, а именно: митрополита Филиппа II и патриархов Иова и Ермогена. Проект был принят и осуществлен еще при патр. Иосифе. В частности, за более далекими мощами митр. Филиппа, в Соловки, в начале 1652 г. царь отправил самого новгородского митрополита Никона. И вот характерно содержание той покаянной грамоты, которую повез Никон от лица царя Алексея для прочтения в Соловках перед гробом священномученика Филиппа. Текст грамоты явно продиктован был Никоном и смирял царскую власть пред церковной. Царь обращается к митр. Филиппу, как к живому: «Ничто столько не печалит души моей, пресвятой владыко, как то, что ты не находишься в нашем богохранимом царствующем граде Москве, во святой соборной церкви Успения Пресв. Богородицы, вместе с бывшими до тебя и по тебе святителями, чтобы ради ваших совокупных молитв, всегда неподвижной пребывала св. соборная и апостольская церковь и вера Христова, которою спасаемся. Молю тебя, приди сюда и разреши согрешение прадеда нашего, царя и великого князя Иоанна, совершенное против тебя нерассудно, завистию и несдержанною яростию. Хотя я и неповинен в досаждении тебе, но гроб прадеда приводит меня в жалость, что ты со времени изгнания твоего и доселе пребываешь вдали от твоей святительской паствы. Преклоняю пред тобою сан мой царский за согрешившего против тебя, да отпустишь ему согрешение его своим к нам пришествием, и да упразднится поношение, которое лежит на нем за изгнание тебя. Молю тебя о сем, о священная глава, и преклоняю честь моего царства пред твоими честными мощами, повергаю на умоление тебя всю мою власть…»

За время поездки Никона в Соловки в Москве схоронили патр. Иосифа. Формальными кандидатами на патриаршество были митр. Ростовский Варлаам, Антоний, епископ Углицкий и, конечно, Никон. Члены