Русские историки (Карамзин, Костомаров) при объяснении возникновения русского патриаршества слишком много значения придавали честолюбию Бориса Годунова, проведшего своего ставленника Иова в митрополиты и затем украсившего титулом патриарха. Хотя и нельзя отрицать, что честолюбивый Борис Годунов, задумав перевести ослабевшую династию Рюриковичей в русло своего рода, хотел закрепить в сознании народном свое грядущее воцарение мистикой именно патриаршего венчания, как и подобало действительному наследнику сана византийских царей всего православия, но главная причина лежала глубже.
Идея патриаршества органически выросла из всей истории русской митрополии московского периода. Она была у всех на уме. В эти годы конца ХVI в. был очень волнующий повод для учреждения Москвой у себя патриаршества. То был исход вековой распри из-за церкви и православия с Литвой—Польшей. Витовт в начале ХV в. (1415 г.) добился отделения киевской части митрополии от Москвы. А сейчас это отделение там уже завершалось унией, т. е. присоединением к Риму (1596 г.). Одним из мотивов унии иезуиты выдвигали «дряхлость» греческого Востока. И уже этим одним они возбуждали в москвичах интерес к полной автокефальности, равночестности и даже превосходству над греками в форме русского патриархата. Проф. П. ?. Николаевский писал: «Недоверие русских к грекам намеренно поддерживалось и врагами православия, иезуитами, которые, в видах отклонения западно-русских православных от КПля и от Москвы, в ХVI в. настойчиво проводили мысль об утрате чистоты веры и церковных порядков греками и сносившимися с ними москвичами. Греческая церковь, писал иезуит Петр Скарга, давно страдала от деспотизма византийских государей и подпала наконец самому позорному турецкому игу; турок возводит и низводит патриархов; патриарх и клир отличаются грубостью и невежеством; а в такой рабской церкви не может быть и чистоты веры. От греков переняла веру и порядки и Русь; она сносится с Востоком; оттого и в ней нет чистоты веры, нет чуда Божия, духа любви и единения. Такие отзывы латинян о русской церкви переходили и в Москву; конечно, они не могли нравиться русским, но поддерживали в них нерасположение к грекам и наводили на мысль об ином устройстве церковных иерархических порядков в России, о возвышении русской иерархии не только в собственном сознании, но и в глазах западно-русского православного населения и всего христианского мира». Весьма вероятно, что внушения П. Скарги в идейно руководящих московских кругах действительно оживляли едва улегшуюся со времени Флорентийской унии грекофобию и, главное, льстили надеждой, что сама юго-западная Русь, уже раздавленная под пятой латинства, воспрянет духом от сознания того, что ее старшая сестра — русская церковь уже стала патриархатом, что Восток не умирает, а возрождается и зовет к тому же возрождению своих братьев в Литве и Польше. Национальный престиж Москвы, государственный и церковный, всегда имел между прочим в виду этот большой исторический вопрос: кто победит в гегемонии над восточно-европейской равниной — «кичливый лях иль верный росс?» (Пушкин).
Вопрос о патриаршестве буквально вспыхнул в Москве, как только получилась весть, что на границе Руси появился патриарх Антиохийский Иоаким, который, как мы знаем, проехал через Львов и Западную Русь в самый важный момент ее жизни, накануне печальной памяти Брестского собора, и вовлечен был в активные действия на защиту православия. Появление восточного патриарха на русской почве являлось небывалым фактом за всю историю русской церкви.
У москвичей поднялось и чувство привычного почтения к своим отцам по вере, наследникам славы древней церкви, и жажда показать свое благочестие и блеск царства. Возник вместе и прямой расчет сделать большое дело — начать переговоры об учреждении патриаршества. К этому они и приступили.
Встреча патриарха была пышной в отличие от «никакой» в Польше и Зап. Руси. Уже это одно не могло не льстить восточным патриархам и не радовать их. По приказу из Москвы, смоленскому воеводе велено было встречать патриарха «честно», доставить ему все удобства, продовольствие, и с почетной охраной сопровождать до Москвы. 6-го июня 1586 г. патриарх Иоаким прибыл в Смоленск и оттуда препроводил свое письмо к царю Федору Ивановичу. Этот патриарх уже писал прежде Ивану IV и получил от него 200 золотых. Письмо патр. Иоакима было полно византийских, т. е. неумеренных похвал московскому царю: «если кто виде небо и небо небеси и вси звезды, аще солнца не виде, ничтоже виде, но егда видит солнце, возрадуется зело и прославит сотворшаго и Солнце же наше правоверных хрестьян в днешние дни, — ваша царьская милость едино межи нами есть». Исходя из этого, московский царь легко мог ставить вопрос: пора же наконец «солнцу правоверных христиан» иметь возле себя и патриарха?
Навстречу гостю высылались царем почетные послы, в Можайск, в Дорогомилово. 17-го VI патр. Иоаким въехал в Москву и помещен на Никольскам крестце в доме Шереметева. 25.VI был парадный прием патриарха у царя Федора Ивановича. Но характерно — митр. Дионисий ни визита, ни привета патриарху не делал. Этого не могло быть без соглашения со светской властью. Митрополит явно хотел дать почувствовать восточному просителю милостыни, что он — русский митрополит, такой же автокефальный глава своей церкви, как и патр. Антиохийский, но только глава церкви бoльшей, свободной и сильной, — а потому патриарху следовало бы первому идти к нему на поклон. А так как патриарх хочет обойти это поклонами царю, то и митрополит русский первый «шапки не ломает».
Патриарха по почетному обычаю везли во дворец в царских санях (хотя было и лето) — волоком. Царь принял его в «Подписной Золотой Палате», сидя на троне, в царском облачении, среди разодетых бояр и чинов по чину принятия послов. Царь встал и отошел на сажень от трона для встречи. Патриарх благословил царя и вручил ему в дар мощи разных святых. Тут же передал царю рекомендательное письмо, врученное ему КПльским патриархом Феолиптом вместе с Александрийским патриархом Сильвестром, о помощи Иоакиму в покрытии долга Антиохийской кафедры в 8 000 золотых.
Царь пригласил патриарха к себе на обед в тот же день! Очень большая честь по Московскому чину. А пока указано было патриарху идти в Успенский собор на встречу с митрополитом. Это было преднамеренно, чтобы подавить гостя официальной помпой и блеском и явить русского святителя «на кафедре», окруженного бесчисленным сонмом духовенства, в золотых парчевых ризах с жемчугами, среди икон и рак, обложенных золотом и драгоценными камнями. Бедный титулованный гость должен был почувствовать свою малость пред настоящим главой реально (а не номинально) Великой Церкви. Патриарха встретила почетная встреча в южных дверях. Провели его приложиться к иконам и мощам. А в это время митрополит Дионисий с духовенством стоял посреди храма на кафедре, готовый начать литургию. Подобно царю, по церемониалу, он сошел с кафедры на сажень навстречу патриарху и поспешил первым благословить патриарха. Оторопевший патриарх, хорошо поняв нанесенную ему обиду, тут же через переводчика заявил, что так не следовало бы поступать, но увидел, что никто его не хочет слушать, что не место и не время спорить, и замолчал. Как говорит документ «слегка поговорил, что пригоже было митрополиту от него благословение принять наперед, да и перестал о том». Патриарх прослушал литургию, стоя без облачения у заднего столпа собора. Царский обед после обедни и царские подарки были только золочением пилюли для огорченного патриарха. Фигура русского митрополита, блеснувшая пред патриархом, как олимпийское величие, опять скрылась от него, и он должен был почувствовать, что спорить против высоты русского митрополита не придется. А царю за подарки надо отплатить. Так московские дипломаты создали «атмосферу» для вопроса в русском патриаршестве. И все дело повела светская власть. К ней тянулись патриархи, от нее ждали милостей и получали. С ней обязаны были и расплачиваться. Русская иерархия была избавлена от риска умалиться и попасть в положение смиренных просителей. Она ничего не просила. Она как бы все имела. И восточные иерархи должны были сами почувствовать свой долг перед ней и дать ей подобающий титул патриарха.
Непосредственно за этим днем начались переговоры царской власти с патриархом Иоакимом о патриаршестве. Велись они тайно, т. е. без писанных документов, может быть, из опасения, чтобы царская власть как-нибудь не выступила пред КПльским патриархом против этого. В Боярской Думе царь держал речь, что он после тайного сговора с супругой своей Ириной, с своим «шурином, ближним боярином и конюшим и воеводой дворовым и наместником Казанским и Астраханским, Борисом Федоровичем Годуновым», решил поставить следующий вопрос: «Изначала, от прародителей наших, киевских, владимирских и московских государей — царей и великих князей благочестивых, поставлялись наши богомольцы митрополиты киевские, владимирские, московские и всея России, от патриархов царяградских и вселенских. Потом милостию всемогущего Бога и пречистыя Богородицы, Заступницы нашей, и молитвами великих чудотворцев всего российского царства, а за прошением и молением наших прародителей, благочестивых царей и великих князей московских, и по совету патриархов цареградских (?) начали поставляться особо митрополиты в московском государстве, по приговору и по избранию прародителей