Продолжавшаяся Смута, вести о сожжении Москвы поляками, держание ими в своих руках Кремля и заключенного в нем патриарха все более волновали русское население, будили и подымали в нем национально-патриотическое сознание. Троице-Сергиева Лавра стала во главе агитации. Настоятель ее, архимандрит Дионисий, бывший игуменом Старицкого монастыря, где он покоил сосланного патриарха Иова. Здесь он был другом патр. Ермогена и благожелательным советником и защитником царя Василия Шуйского. В момент связанности арестом патр. Ермогена, Дионисий вместе с Авраамием Палицыным рассылали во все стороны одно за другим агитационные послания, высоко патриотические и трогательные. В них описывалась несчастная судьба первопрестольной Москвы, неволя патриарха Ермогена, призывались русские люди восстать против врагов за веру и отечество. «Праведным судом Божиим, за умножение грехов всего православного христианства в прошлых годах учинилось в московском государстве междоусобие, не только вообще между народом христианским, но и между близкими родственниками: отец восстал на сына, сын на отца и пролилась родная кровь». Осведомлялись дальше русские люди, как собираются и движутся освободительные рати, и все призываются спешить им на помощь. «Вспомните, православные, что все мы родились от христианских родителей, знаменались печатью, св. крещением, обещались веровать во Св. Единосущную Троицу. И, возложив упование на силу Животворящего Креста, Бога ради покажите свой подвиг: молите своих служилых людей, чтобы всем православным христианам быть в соединении и стать сообща против наших предателей и против вечных врагов Креста Христова — польских и литовских людей. Сами видите, сколько погубили они христиан во всех городах, которыми завладели, и какое разорение учинили в Московском государстве.

Где св. Божии церкви и Божии образы? Где иноки, сединами цветущие и инокини, добродетелями украшенные? Не все ли до конца разорено и обругано злым поруганием? Где вообще народ христианский? Не все ли скончались лютыми и горькими смертями? Где бесчисленное множество работных людей в городах и селах? Не все ли пострадали и разведены в плен? Не усрамились и седин многолетних старцев, не пощадили незлобивых младенцев.

Смилуйтесь пред общей смертной погибелью, чтобы и вас не постигла такая же лютая смерть. Пусть ваши служилые люди без всякого мешканья спешат к Москве, в сход к боярам, воеводам и ко всем православным христианам. Сами знаете, что всякому делу надлежит одно время, безвременное же всякому делу начинание бывает суетно и бесплодно. Если и есть в ваших пределах недовольные, Бога ради, отложите то на время, чтобы всем вам единодушно потрудиться для избавления православной веры от врагов, пока к ним не пришла помощь. Смилуйтесь и умилитесь и поспешите на это дело. Помогите ратными людьми и казной, чтобы собранное теперь здесь под Москвой воинство от скудости не разошлось. О том много и слезно всем народом христианским бьем вам челом».

Послания Дионисия попадали в цель и производили глубокое впечатление. Наступал момент перелома в настроении масс от хмеля бунта к отрезвлению. Памятная руководящая роль трезвеющего народа выпала на долю нижегородцев с их торговым старостой Кузьмой Миничем Сухоруким, пригласившим на военное возглавление жившего в отставке кн. Дмитрия Михайловича Пожарского. Нижегородская инициатива и пример усилили собирание военных подкреплений к Москве со всех сторон. Из Казани прибыла к войскам копия иконы тогда еще новоявленной Казанской Божией Матери. Троицкая Лавра одушевляла войска не только своей литературой, но и личными постоянными агитационными ревизиями и посещениями войск Авраамием Палицыным, который кроме своих речей вдохновлял и примирял вождей своим третейским вмешательством в их конфликты. Победа, наконец, далась морально и материально укрепившимся русским войскам. 22-го октября 1612 г. русские войска овладели Китай-городом. Осажденный Кремль после этого сдался 27-го ноября. Москва была освобождена. С тех пор появился русский праздник иконе Казанской Божией Матери 22-го октября. В Казани чудотворная икона, как известно в 1902 г., была преступно украдена и уничтожена. Это было зловещим предзнаменованием русского поражения со стороны нехристианской Азии. А в свое время явление иконы вскоре после падения Казанского царства было благим предзнаменованием победоносного русского и православного наступления до берегов Тихого океана. Проф. А. А. Дмитриевский утверждает, что в 1612 г. под Москву направлена была не копия Казанской иконы, а самый оригинал. Копия же осталась в Казани. Она и похищена, а хранившаяся в Казанском соборе на Красной площади Казанская икона и есть оригинал. Она в Москве сохранилась.

Упорство стояния русского посольства при ставке Сигизмунда под Смоленском оправдалось. Но с этого момента оно потеряло свою легальность в глазах поляков и превратилось в заложников врага. За это время митр. Филарет, как глава посольства, вырос в героического вождя. Он отклонил требование второй присяги Владиславу. Наоборот, он требовал его перекрещивания. Не соглашался сдать Смоленск. Не признавал актов московских бояр без подписи патриарха. Не согласился остановить особым посланием Нижегородское ополчение, что аннулировало бы положительные благословения патриарха Ермогена, исходившие от него конспиративно. Поляки полгода держали русское посольство в шатрах Смоленского лагеря в холоде и голоде. В октябрьские дни 1612 года, дни окончательного изгнания поляков из Кремля, русское Смоленское посольство было арестовано, ограблено и увезено вглубь Польши, где м. Филарет был задержан на целых 8 лет. Сначала он был поселен в частном имении Сапеги, а затем переведен в крепость Мариенбург.

Некоторая дезорганизованность русской церкви, как последствие Смуты, не вдохновляла еще ни русских епископов, ни патриотические верхи нового правительства к избранию нового патриарха. Моральная роль, исповеднический плен митр. Филарета и уже заявлявшаяся им и легитимной партией боярства мысль о «Мише» Романове, останавливали и политическое и церковное мнение на кандидатуре в патриаршество высокородного м. Филарета. Посему Освященный Собор решил прибегнуть к временной выжидательной форме высшего управления русской церковью. Ближайшим соадминистратором при патриархе был, по своему положению, митрополит Крутицкий. Таковым был в это время Пафнутий. Ему и вручено было председательство в Освященном Соборе на переходное время. По смерти Пафнутия в порядке старшинства должен был бы возглавлять Освященный Собор м. Новгородский Исидор. Но он был отделен от Москвы шведской оккупацией. Следующим за ним по чести митрополитом был Ефрем Казанский. Он и возглавил церковное правительство.

В течение ближайших месяцев, по соборному сговору земских людей с боярством, соглашено было поставить и венчать царем молодого Михаила Федоровича Романова.

Процедура избрания его произошла 21-го февраля 1613 г. в неделю православия, а 11-го июля в Успенском соборе совершено было и царское венчание его митрополитом Ефремом. Митр. Ефрему принадлежала в это время полнота патриаршей роли. Так, его подпись стоит первой в ряду русских иерархов в правительственном обращении к городам: — об исполнении постановлений Земского Собора по сбору денежного и натурального обложения на содержание армии. Под самой Уложенной Грамотой об избрании на царство Михаила Федоровича Романова стоит также во главе подпись м. Ефрема. В конце этого года м. Ефрем скончался, и возглавление Освященного Собора перешло по обычному положению в руки недавно поставленного митр. Крутицкого Ионы, человека по всем признакам без широкого горизонта. По воцарении Михаила Федоровича все привыкли к мысли, что никому другому теперь неприлично быть рядом с молодым царем в звании патриарха, кроме плененного отца царя — Филарета. Переговоры с поляками об этом начались. В письме к отцу 1614 г. царь Михаил обращается к Филарету, как уже нареченному первосвятителю: «старейшему и превысочайшему священноначалием отцу отцем». В церковных молитвословиях также установлено было поминовение, наряду с царским именем, и имени «Великого Государя Филарета, митрополита Московского и всея России». Титул многозначительный. С одной стороны, Освященный Собор через это отрешил Филарета от митрополии Ростовской и присвоил ему,