Деятели переворота возвели на царство своего вождя, князя Василия Ивановича Шуйского, как гласит манифест, «по церкви Божией и по православной вере поборителя». Те же русские архиереи, которые венчали Самозванца, теперь, надо думать с радостью, участвовали в избрании и утверждении на царстве своего православного князя на третий день восстания. В воскресенье 25.V уже была в Успенском соборе коронация царя Василия старшим митрополитом Новгородским Исидором. Царь Василий немедленно послал в Старицу сосланному патр. Иову с предложением вернуться на патриаршество. Но тот по слепоте и старости отказался. Будто бы при этом указал на кандидатуру Ермогена митрополита Казанского.

Еще до избрания нового патриарха царь Василий предпринял церковное действие: — перенесение мощей царевича Димитрия из Углича в Москву, чтобы прогнать призрак самозванщины. За мощами послали митрополита Ростовского Филарета (Никитича, родственника царевича) и «исповедника» Астраханского архиепископа Феодосия, сидевшего при Самозванце под арестом. Мощи были найдены нетленными, последовал ряд чудесных исцелений, которые с радостью свидетельствовались и записывались. 3.VІ мощи привезены были уже к Москве. Устроено великое торжество их встречи и явления народу. Сам царь, царица, настоящая мать святого, инокиня Марфа, освободившаяся от лживой роли при Самозванце, иерархи и многочисленный народ встретили мощи за Москвой. Сначала осматривали их царь и иерархи, а затем открыли их народу, положив в Архангельском соборе среди других царских гробниц, где они остаются и до сих пор.

В Архангельском соборе инокиня Марфа принесла перед мощами всенародное покаяние, называла себя виноватой пред царем, собором, всем народом и более всего — пред своим сыном, что будто бы из-за смертельного страха признала Самозванца, долго терпела, не объявляя этого обмана. Теперь просила отпустить ей этот тяжкий грех и не проклинать ее. И царь торжественно объявил ей прощение «ради святых мешей сына-страстотерпца» и просил святителей молиться за Марфу, чтобы и Бог ей простил. При мощах произошло много чудесных исцелений. За два дня записано 25 исцелений. Собор оформил канонизацию. Признал царевича Димитрия новоявленным угодником. Царь Василий об этом издал особый манифест.

В конце июня был уже избран новый патриарх Ермоген Казанский, как герой, потерпевший гонение от Самозванца. 3.VI.1606 г. Ермоген был поставлен по полному русскому чину с хиротонией и церемонией хождения на осляти. Он был уже старик. Родился около 1530 г. Со слов С. М. Соловьева П. И. Бартенев утверждает, что Ермоген был из рода князей Голицыных, назывался Ермолаем. Московская церковь на Садовом Кольце в честь Св. Ермолая с красивыми золотыми маковками (большевиками уничтоженная) была строением князей Голицыных, памятником их почитания своего родича Ермолая. Ермолай был сын князя Юрия Михайловича Голицына. Митрополит Макарий держится другого мнения о происхождении патр. Ермогена из донских казаков. Ссылаются на заявления поляка Гонсевского, бывшего в Москве в 1610-1611 годах. Ему говорили, что Ермоген был «в казаках донских, а после попом в Казани». Платонов во всяком случает отрицает родство патриарха с Голицыными. Этого не знают наши генеалоги: кн. Н. Н. Голицын и ?. П. Лихачев. Ошибается и ?. ?. Устрялов, утверждая, по неверному переводу с польского, родство Ермогена с царем В. Шуйским. (Платонов, Соч. т. ? СПБ, 1912 г., стр. 211-14). Родство Ермогена с кругом посадских людей и умалчивание о его фамилии говорят скорее о его простонародном происхождении. В юности уже Ермолай живет в Казанском Спасо-Преображенском монастыре под началом св. Варсонофия, житие которого он и написал. В 1579 г. Ермолай рукоположен в приходские священники при Никольской церкви Гостиного Двора. В ту пору произошло явление Казанской Иконы Божией Матери. Ермолай первый удостоился взять икону от земли и перенести в кафедральный собор Спасо-Преображенского монастыря. Он же написал и сказание об ее явлении и чудесах. В 1583 г. Ермолай овдовел, постригся и с именем Ермогена стал игуменом Спасо-Преображенского монастыря. На соборе 1589 г., избравшем первого патриарха Иова, игумен Ермоген был поставлен первым митрополитом Казанским.

Он деятельно насаждал православие среди татар и язычников. Жаловался царю Федору на небрежность властей. В результате царским указом 1593 г. была произведена точная перепись населения. Все крещеные поселены в отдельных слободах, с обязательным хождением в церкви, с наказаниями за отпадение от христианства. В 1592 году Ермоген перенес из Москвы в Свияжск мощи Казанского Святителя Германа. В том же году он исхлопотал у патр. Иова установление в казанском крае местного празднования поминальной субботы после Покрова Богородицы для молитв за всех воинов, павших под Казанью, и всех местных мучеников за христианскую веру. В 1595 г. Ермоген открыл мощи святителей Гурия и Варсонофия.