Еще перед отъездом в Ливонию он пригласил к себе новгородского архиепископа Леонида, человека корыстолюбивого, возбудившего против себя ненависть в своей епархии, приказал зашить его в медвежью шкуру и затравить собаками. Идя в Ливонию или возвращаясь оттуда, Иван Васильевич заехал в Псково- Печерский монастырь: тамошный игумен Корнилий встретил его; Ивану бросились в глаза сильные укрепления монастыря, сооруженные за свой счет Корнилием, происходившим из боярского рода. Ивану это показалось подозрительно; вспомнилось былое, закипело сердце, и он убил Корнилия жезлом своим – 'предпослал его царь земной царю небесному', как гласит надгробная надпись над Корнилием.

Прибывши в Слободу, царь разделывался с боярами. Холоп князя Михаила Воротынского обвинил своего господина в чародействе. Иван давно уже ненавидел этого боярина. Его недавние успехи над татарами только увеличивали подозрительность Ивана. Царь приказал его подвергнуть пытке огнем в своем присутствии, сам, как рассказывают, подгребал жезлом своим уголья под его тело, а потом отправил измученного Воротынского в ссылку на Белоозеро. Воротынский умер в пути. Тогда же казнены были князья Никита Романович Одоевский, Петр Куракин, боярин Иван Бутурлин, несколько окольничьих и других лиц: в числе их были дядя и брат одной из бывших цариц, Марфы, Собакины.

В это же время замучен был любимец Ивана, князь Борис Тулупов: его посадили на кол и перед глазами его с варварским бесстыдством истязали старую мать его. Несколько позже замучен был любимец Ивана, врач Елисей Бомелий. Очевидец англичанин рассказывает, что ему выворотили из суставов руки, вывихнули ноги, изрезали спину проволочными плетьми, потом в этом виде привязали к деревянному столбу и поджаривали, наконец, еле живого посадили на сани, повезли через Кремль и бросили в тюрьму, где он тотчас умер.

Ливонский поход не мог остаться без отомщения со стороны Батория, давшего при своем восшествии на польский престол обещание возвратить Польше то, что еще прежде было в руках московского царя. Баторий отправил к царю посольство с требованием возвратить отнятые ливонские города. На это отвечали в Москве, что царь не только требует Ливонию и Курляндию, но еще Киев, Витебск, Канев и другие города. Послам объявили, что бывший дом Ягеллонов происходил от полоцких князей Рогволодовичей, и на этом основании московский государь, как родич последних, считает Великое княжество Литовское и королевство Польское своим наследием.

Царь не хотел называть Батория братом, а называл его только соседом и приказывал через своих бояр перед польскими послами говорить разные оскорбительные речи его именем. 'Ваш король Стефан не ровня нам и братом быть не может. Мало кого выберете вы себе в короли! Носились слухи, что вы хотите посадить себе на королевство Яна Костку или Николая Радзивилла. Что ж, по вашему избранию разве и этих считать нам братьями? Ваш король недостоин такого великого сана; можно бы и хуже что-нибудь сказать про него, да не хотим для христианства'.

После такого приема война была решена. Вести ее Баторию было нелегко; поляки и литовцы вовсе не отличались воинственным духом и не давали королю денег. Баторий, при помощи канцлера и гетмана Яна Замойского, преодолел большие трудности, употребил на военные издержки собственные деньги, пригласил опытную пехоту венгерскую и немецкую, снарядил исправную артиллерию. К счастью Польши, Швеция также взялась за оружие против Ивана. Первое столкновение произошло в Ливонии. Магнус, которому Иван, простивши его, дал Оберпален, передался Баторию.

Русские воеводы по царскому приказу двинулись на Венден, но были окружены и разбиты наголову соединенными польскими и шведскими войсками. Главные предводители пали в битве; другие попались в плен; иные бежали. Царь Иван тем временем с большим войском выступил в Новгород и вдруг услышал, что его войска разбиты и Баторий подступает к Полоцку.

29 августа 1579 года венгерская пехота зажгла стены Полоцка. Один из бывших там русских воевод Петр Волынский со стрельцами послал сказать Баторию, что они сдаются. Другие воеводы, и с ними полоцкий владыка Киприан, не соглашались и хотели взорвать себя на воздух, но их не допустили до этого, вытащили из церкви Св. Софии и привели к королю. Многие перешли тогда на службу Баторию; другие были отпущены в отечество и ворочались с полной уверенностью, что царь казнит их. Вслед за Полоцком был взят приступом город Сокол; воевода Федор Шереметев был взят в плен, другой воевода, Борис Шеин, убит. Кровопролитие было сильное, русские бросали оружие, молили о пощаде, но их кололи и били. В то же время князь Константин Острожский забирал города в Северской области, а Кмита опустошил Смоленскую область. Баторий давал своим военачальникам строгое приказание не дозволять мучить мирных жителей, не истреблять их полей, объявлял в своем манифесте, что воюет с московским царем, а не с народом. К довершению несчастий для русских, шведы захватили Корелию и Ижорскую землю.

Царь находился с войском во Пскове и услышал там о новом поражении своих войск. Все его высокомерие исчезло. Он пришел в ужас и ушел в Москву. На этот раз он не казнил беглецов; он боялся восстания народного и приказал в Москве дьяку Щелкалову успокаивать народ. Назло ему и к большей его досаде, Курбский прислал ему тогда язвительное письмо: противопоставлял прежнюю славу своего отечества с настоящим посрамлением: 'Вместо храбрых и опытных мужей, избитых и разогнанных тобою, ты посылаешь войско с каликами, воеводишками твоими, и они, словно овцы или зайцы, боятся шума листьев, колеблемых ветром; вот ты потерял Полоцк с епископом, клиросом, войском, народом, а сам, собравшись с военными силами, прячешься за лес, хороняка ты и бегун! Еще никто не гонится за тобой, а ты уже трепещешь и исчезаешь. Видно, совесть твоя вопиет внутри тебя, обличая за гнусные дела и бесчисленные кровопролития!'

В январе 1583 года царь созвал собор из всех главнейших церковных сановников, представил им, что неверные соседние государи – литовский, турецкий, крымский, шведский, нагаи, поляки, угры, лифляндские немцы, как дикие звери, распалившись гордостью, хотят истребить православие, а между тем множество сел, земельных угодий находятся у епископий и монастырей, служат только для пьянственного и непотребного жития монахов; иные остаются в крайнем запустении, а через это служилое военное звание терпит недостаток. Собор не смел противоречить, постановлено было, чтобы вперед епископии и монастыри не принимали вотчин по душам, не брали их в залог, а равным образом не продавали вотчин и не давали на выкуп тех из них, которые уже за ними утверждены крепостями. Это уже было не первое распоряжение в таком роде, и замечательно, что царь, делая постановления об ограничении прав епископий и монастырей приобретать вотчины, сам нарушал свои постановления и давал то тому, то другому монастырю грамоты на вотчины.

Главное, чего добивался Иван, было намерение попользоваться временно за счет церкви. Таким образом, постановлением того же собора царю предоставлялось забрать на себя все княжеские вотчины, какие прежде были отданы или проданы церковному ведомству, также и все заложенные земли, а денежное вознаграждение за них предоставлялось милости государя. Наконец, приговорено было в виде проекта составить подробный инвентарь доходам епископов и монастырей и оставить им по ровной части, сообразно их сану, т. е. одинаковую часть всем архиепископам и одинаковую всем епископам, а также всем монахам и монахиням оставить поровну, столько, чтобы они имели достаточное одеяние и пропитание и ни в чем не терпели скудости, а все излишнее брать на устройство войска. Но для этого нужно было время. Современник англичанин говорит, что после этого собора, кроме многих недвижимых имений, которые по соборному постановлению переходили на государя, царь взял с духовенства огромную сумму на военные издержки.

Такими мерами доискивался Иван Васильевич средств для ведения войны, а между тем отправил к Баторию посольство, но уже не приказывал своим послам каких-нибудь оскорбительных выходок, напротив, велел им не обращать внимания, если король не спросит о царском здоровье и не встанет с места, когда