Что касается рейса «Юнайтэд Эйрлайнс» № 175, комиссия утверждает, что военные не получали никаких уведомлений о нём до тех пор, пока самолёт не врезался в Южную башню.[48]

Однако NORAD в своей хронологии событий отмечает, что уведомление было получено в 8:43, то есть, за 20 минут до столкновения с Южной башней. Почему же официальные представители NORAD сделали такое заявление, если оно не соответствовало действительности?

Неясной остаётся также и ситуация с телеконференциями, которые FAA обычно проводит с военными в кризисных ситуациях. В «Отчёте Комиссии» утверждается, что такая конференция была проведена лишь в 9:20, спустя 17 минут после столкновения рейса 175 с Южной башней.[49] Однако, в служебной записке сотрудницы FAA Лоры Браун говорится, что телеконференция была начата «в течение нескольких минут» после столкновения первого самолёта, то есть, где-то около 8:50. В записке также говорится, что FAA также передало сведения обо всех рейсах, которые могли представлять потенциальную угрозу, и в их числе был рейс 175. Член комиссии Ричард Бен-Венист говорил об этой записке на слушаниях в 2003 году.[50] Однако в итоговом отчёте комиссии о ней не упоминается. Вероятно, это является примером полномочий Зеликова, как редактора «Отчёта Комиссии 9/11» исключать из него всё, что может поставить под сомнение официальную версию.

Комиссия проигнорировала и эпизод с капитаном Михаэлем Джеллинэком, канадцем, в чьи обязанности 11 сентября входил надзор за штаб-квартирой NORAD. Джеллинэк разговаривал по телефону с Центром обороны северо-восточного воздушного пространства (NEAD) в то время, как увидел, что рейс 175 врезался в Южную башню, и спросил: «Это был тот захваченный самолёт, за которым вы наблюдали?». NEAD ему ответил: «Да».[51]

В изначальной хронологии NORAD говорилось, что FAA уведомило военных о рейсе 77 в 9:24. Критики впоследствии указывали на то, что это уведомление, поступившее за 14 минут до удара по Пентагону, означает, что военные могли бы предотвратить удар. Новая трактовка событий комиссией обходит эту проблему, называя более раннее заявление NORAD «неверным» и утверждая, что FAA не направляло уведомлений военным до того, как рейс 77 врезался в здание Пентагона.[52] Некоторые члены комиссии обвиняли военных во лжи. [53] Однако зачем же было военным врать, если эта ложь подразумевала, что они были виновны в том, что осознанно допустили возможность удара по Пентагону?

Следующая нестыковка в трактовке комиссии заключается в том, что в служебной записке, где говорится о том, что FAA передавало сведения обо всех рейсах, которые могли представлять потенциальную угрозу, в режиме реального времени, особо подчёркивается: «включая рейс 77». Иными словами, из записки следует, что FAA уведомило военных о рейсе 77 задолго до 9:24. Член комиссии Бен-Венист отметил важность этого факта на слушаниях комиссии, на которых он зачитал этот документ под запись.[54] Однако комиссия Зеликова составила Отчёт так, будто бы этой записки не существовало.

Много вопросов вызывает и отношение комиссии к удару по Пентагону. Комиссия заявляет, что никому не было известно о том, что самолёт направляется в сторону Вашингтона вплоть до 9:36, то есть, всего за одну-две минуты до того, как самолёт врезался в здание Пентагона. [55] Однако министр транспорта США Норман Минета рассказал о разговоре, из которого следует, что вице-президент Чейни и другие присутствовавшие в конференц-зале убежища под Белым Домом, знали о приближении самолёта, как минимум, на 10 минут раньше. Таким образом, комиссия просто не упоминает о заявлении Минеты, хотя оно и было сделано в ходе дачи показаний самой комиссии.[56]

Комиссия также не дала ответов на многие вопросы, которые были связаны с сомнениями по поводу того, что самолёт, врезавшийся в Пентагон, был именно рейсом № 77, где за штурвалом сидел Хани Ханжур.

Например, для того чтобы врезаться в крыло № 1 здания Пентагона, самолёт, как сообщается, двигался по спирали вниз, что было бы сложно выполнить даже опытному пилоту. Ханжур же, как известно, был ужасным пилотом. Комиссия, столкнувшись с этой проблемой, признаёт низкий уровень его мастерства в одной части Отчёта, однако же, в другой утверждает, что ему было поручено выполнить это задание, потому что он был «самым опытным пилотом в этой операции».[57] Известно, однако, что он с трудом мог пилотировать даже одномоторный самолёт.

Комиссия также не смогла объяснить, почему, если террористам нужно было максимальное число жертв и разрушения, то крыло № 1 Пентагона подходило бы им в самую последнюю очередь, Оно было