Еще до завершения летных испытаний «Супер Хорнета» эскадрилью VFA-122 «Flying Eagles», дислоцированную на авиабазе Лимур, шт. Калифорния, определили в качестве базовой для подготовки летчиков F/A-18E/F. Формально переформирование эскадрильи на новый штат завершилось 1 октября 1998 г. Подготовка летчиков-инструкторов и операторов-инструкторов для F/A-18E/F началась в 1999 г. На переподготовку отвели шесть недель. Сначала получили инструкторский допуск к F/A-18E/F летчики и операторы эскадрильи VFA-122. По штату в эскадрилье VFA-122 имелось 35 летчиков-инструкторов и десять операторов-инструкторов, 485 инженеров и техников. На вооружении состояло 37 самолетов, 11 боевых «Е» и 26 двухместных «F», включая восемь полноценных «спарок» с двойным управлением (по штату в тренировочной эскадрилье положено иметь 32 самолета). На практике эскадрилья, как правило, располагала большим количеством самолетов, так как новую технику личный состав перевооружаемых на «Супер Хорнет» эскадрилий получал в Лимуре и часть полетов по программе переподготовки выполнялось на них.
Программа переучивания рассчитана на разный уровень подготовки летчиков. Курс САТ-1 продолжительностью восемь месяцев был рассчитан на молодых летчиков, недавно завершивших обучение. Курс включает ознакомительные полеты, полеты строем, перехват воздушных целей в простых и сложных метеоусловиях, выполнение базовых фигур пилотажа, выполнение атак воздушных целей с использованием РЛС, отработку навыков боевого применения оружия класса воздух-воздух, полеты на малых высотах, нанесение ударов по наземным целям, выполнение взлетов и посадок на авианосец, дозаправку в воздухе днем и ночью. Курс САТ-2 предназначен для летчиков, пришедших с истребителей F-14 и F/A-18, САТ-3 — для летчиков с большим налетом на самолетах F/A-18, САТ-4 — для опытных летчиков самолетов F/A-I8, отобранных для дальнейшего прохождения службы в качестве летчиков-испытателей в Пэтаксен-Ривер или Чайна-Лэйк. Отработка базирования на авианосце (CarQuals — Carrier Qualification) проводилась у южного побережья Калифорнии, «квалификационной» подготовка обеспечивалась авианосцем, для которого эта работа выделялась «отдельной строчкой», а не совмещалась с выполнением того или иного похода. Для летчиков с опытом полетов на F-14 и F/A-18 «Хорнет» переучивание на «Супер Хорнет» с точки зрения техники пилотирования особой сложности не представляло, основные трудности были связаны с освоением нового бортового оборудования, особенностями боевого применения расширенной номенклатуры вооружения и отработкой новых боевых задач.
В первые месяцы существования эскадрильи VFA-122 в новом качестве, ее личный состав тесно взаимодействовал с летчикам, операторами и техниками испытательной эскадрильи VX-9, более того, почти год 1 22-я эскадрилья не имела собственных «Супер Хорнетов» — полеты выполнялись на самолетах эскадрильи VX-9.
Первой в авиации ВМС США к переучиванию на «Супер Хорнет» приступила в конце 2000 г. эскадрилья VFA-115 «Eagles». К середине 2001 г. личный состав эскадрильи был допущен к самостоятельной эксплуатации самолетов F/A-18E. Дальний поход на авианосце «Авраам Линкольн», завершившийся в мае 2003 г., 115-я эскадрилья выполняла вместе с вооруженной истребителями F-14 эскадрильей VF-31.
После VFA-1 15 самолетами «Супер Хорнет» перевооружили эскадрильи VFA-14 (F/A-18E) и VFA-41 (F/A-18F) из авиакрыла авианосца «Нимиц». Инженерно-технический состав встретил новую технику достаточно настороженно — капитан Чарлз Райт из 11-го авиакрыла (авианосец «Нимиц») заметил: «Новый самолет — новые проблемы», отметив вместе с тем отсутствие характерных для F-14 протечек топлива и рабочей жидкости гидросистемы. В целом Райт оценил «Супер Хорнет» как более простой в обслуживании, чем просто «Хорнет». На техническое обслуживание F/A-18E/F уходит времени в четыре — пять раз меньше, чем на обслуживание самолета F-14. Для замены двигателя F/A-18E/F требуется восемь часов, облет самолета после замены двигателя не проводится, в то время как после замены двигателя на самолете «Хорнет» облет обязателен. В начале эксплуатации боеготовность самолетов «Супер Хорнет» поддерживалась на уровне 50 %.
Изначально на вооружение всех трех эскадрилий поступило по 14 самолетов, но вскоре, по причине медленного темпа серийного производства и увеличения стоимости программы самолета F-35 JSF, штатное количество самолетов в эскадрилье сократили до 12. Эскадрилья VFA-115 вместе с самолетами получила контейнеров ATFLIR, изготовленные для испытаний, и считавшиеся устаревшими разведывательные контейнеры AAS-38 Nite Hawk, в эскадрилью VFA-41 поступили первые серийные контейнеры ATFLIR.
Хотя «Супер Хорнеты» пришли на смену перехватчикам «Томкэт», но в отличие от последних не могли нести и применять УР большой дальности AIM-54 «Феникс», что вызвала острую дискуссию в среде палубных летчиков. Большинство посчитало замену адекватной сложившейся в мире ситуации — исчезла угроза со стороны советских дальних бомбардировщиков, вооруженных крылатыми ракетами.
В середине 90-х ВМС США предполагали привести в первой четверти XXI века все палубные авиакрылья (многоцелевое, ударное средней и ударное большой дальности) к новому типовому составу: одна истребительная эскадрилья VF (самолеты JSF), три — истребительно-бомбардировочных УРА(самолеты F/A-18/F) и одна — эскадрилья самолетов обеспечения плюс группа самолетов ДРЛО (всего 70 самолетов, из них 38 — многоцелевые истребители 'Супер Хорнет').
В 2010 г. ВМС США планировали иметь в составе каждого из десяти палубных авиакрыльев по одной эскадрилье одноместных F/A-18E и по одной эскадрилье двухместных F/A-18F, все эскадрильи именуются VFA — эскадрильи истребителей- бомбардировщиков. На вооружении двух других истребительно- бомбардировочных эскадрилий палубных авиакрыльев намечено сохранить самолеты F/A-18А+/С. Часть эскадрилий перевооружили или перевооружают с F/A-18E/F блок I на F/A-18E/F блок II. Штатно на вооружении эскадрилий состоят только одноместные или только двухместные самолеты, но иногда временно эскадрилье придаются F/A- 18Е или F/A-18F. К примеру, в начале 2010 г. эскадрилье VFA-81 «Sunliners» на время похода авианосца «Карл Винсон» вокруг мыса Горн были приданы два F/A-18F; эскадрилью VFA-22 «Fighting Red- cocks» полностью перевооружили с F/A-18E на F/A-18F.
В середине «нулевых» годов из- за нехватки самолетовР/А-1 8А+/С количество истребителей- бомбардировщиков в эскадрильях ВМС и КМП США сократили с 11 до десяти, но во всех строевых эскадрильях, вооруженных самолетами «Супер Хорнет» имеется по 12 машин.
Переучивание и подготовка летчиков для самолетов «Супер Хорнет» ведется в двух эскадрильях — VFA-106 (авиабаза Оушена) и VFA- 122 (авиабаза Лимур), причем на базе 106-й эскадрильи готовят летчиков для «Хорнет» и «Супер Хорнет», в то время как в 122-й — только для «Супер Хорнет».
Помимо строевых эскадрилий самолеты «Супер Хорнет» состоят на вооружении испытательно- исследовательских (test and evaluation) эскадрилий Центра боевого применения авиации ВМС США (авиабаза Фэллон, шт. Невада) и школы летчиков-испытателей ВМС США (авиабаза Пэтаксен Ривер, шт. Мэриленд). Рассматривается возможность перевооружения «Супер Хорнетами» пилотажной группы авиации ВМС США «Blue Angels» и единственной эскадрильи резерва авиации ВМС США — VFA-204 «River Rattlers» (группа и эскадрилья дислоцированы на авиабазе Нью- Орлеан, шт. Луизиана).
В состав палубного авиакрыла, как правило, включают две эскадрильи «Супер Хорнетов» (по одной на F/A-18E и F/A-18F) и две эскадрильи «традиционных Хорнетов».
В 2009 г. рассматривался вопрос о принятии самолетов F/A-E/F на вооружение авиации Национальной гвардии США в связи с нехваткой истребителей, несущих боевое дежурство после атаки террористов-смертников в Нью-Йорке 9 сентября 2001 г.
