Системная технология прикладного экологического исследования для решения поставленных задач состоит из следующих взаимодействующих этапов: 1) формулирование системы целей экологического исследования для конкретного объекта исследования (программа устойчивого развития страны, экологическое районирование регионов, система водоснабжения города или хозпитьевого обеспечения региона, переработка отходов металлургического или энергетического производства, переработка мусора населенных пунктов и т.д.). Цели исследования корректируются в связи с результатами, получаемыми при анализе возможных ресурсов и методов достижения целей, а также по результатам анализа моделирования альтернатив, 2) определение ресурсов системы-объекта, системы-результата и внешней среды, необходимых для достижения системы целей исследования на практике – напр., экологическая емкость окружающей среды, как «способность переработать» воздействия системы-объекта без существенных негативных последствий для себя, или информационные, человеческие, материальные и др. ресурсы, которые система-объект и внешняя среда способны выделить на решение экологических задач, 3) нахождение набора методов использования имеющихся ресурсов для достижения поставленной системы целей. Реализация этого этапа экологических исследований требует, как правило, формулирования варианта принципа системности для данной конкретной ситуации экологических исследований, а также составления математических и иных моделей для каждой системы и для триады «производство – изделие – окружающая среда». Кроме этого, результаты данного этапа постоянно корректируются и увязываются с целями, ресурсами и ограничениями. Результатом этого этапа является определенный вариант системной экологической технологии, 4) установление ограничений на цели, методы и ресурсы. Ограничения, учитываемые при проведении экологических исследований, связаны, во-первых, с возможными объемами использования ресурсов, а, во-вторых, с предельно допустимыми нормами воздействия на окружающую среду. Эти ограничения можно установить, только на основе моделирования совокупности «цели, методы, ресурсы», 5) имитация применения выбранного варианта экологической системной технологии, соответствующей определенному сочетанию «цели, методы, ресурсы». Один из заключительных разделов этого этапа экологического исследования – проведение соответствующих технико-экономических расчетов и обоснований, позволяющих провести затем сравнительный анализ альтернатив, 6) анализ применения выбранного сочетания «цели, методы, ресурсы» и выбор его в качестве альтернативы для развития объекта или признание данного сочетания непригодным (архив). В результате анализа накапливается определенное число приемлемых альтернатив экологических решений для развития объекта исследования. Все «прошедшие» альтернативы передаются в подразделение, осуществляющее этап 7, т.е. координацию исследований, для составления заключительного сводного отчета, 7) координация, в т.ч. взаимосвязанное изучение и корректировка целей, ресурсов, методов, ограничений для построения очередной альтернативы развития. На этом этапе проводится систематизация всех альтернатив, прошедших этап 6 и составление заключительного отчета об экологических исследованиях.

Результатом прикладного экологического исследования является отчет, содержащий исследовательский проект развития взаимодействия системной триады «объект-субъект-результат» человеческой деятельности с окружающей средой. Как правило, такой проект должен представлять собой концептуальную систему с набором исследовательских подпроектов и системой управления их реализацией. Одним из видов экологических исследовательских проектов является экологическая программа.

Экологический проект должен строиться, как правило, на системе надежных знаний о структуре и процессах проектируемых изменений в экосистеме и обо всех последствиях этих изменений для данной экосистемы и для всех других экосистем. Проектные предложения должны быть апробированны на практике при внедрении проектов других экосистем или должны быть надежно изучены с помощью компьютерных, натурных и других моделей и испытаний.